在这几天的时间里，双方都没有发生大规模的战斗。幕府军在城外搜集物资，而清军则宣传说他们是南明的朋友，希望占据城池以便共同对抗其他的流寇。幕府军依然驻扎在城外，与清军相持了半个月才解除了邳州之围。
战后，清军的总兵夏成德向北京发送战报，声称杀伤了明军六千多人。实际上，这场战斗并没有造成如此严重的伤亡。战后，夏成德的部队继续驻扎在山东省南部，与幕府军在沂水和邳州一带对峙。
史可法的胜利战报传到南京后，首辅马士英既没有给予表彰也没有犒赏。相反，他任命了内臣高起潜为提督江北兵马粮饷，驻扎在扬州府城，以监视史可法的幕府。
史可法急于筹集军费，传令光复地区要清理屯田，以补助军饷。为此，他指派陆逊之负责开封府一带的清理屯田工作，而应廷吉则负责邳州、宿迁一带的工作。史可法传令，尽可能多地收集牲畜和粮食，以支持军队的需求。
在这一过程中，史可法采取了一系列措施来保障军队的供给。他不仅关注军事上的胜利，同时也重视后勤保障，确保前线战士有足够的资源可以持续作战。史可法的这一系列行动体现了他对战争全局的深刻理解，以及对军队后勤保障的高度关注。
然而，史可法的努力并没有得到朝廷的全力支持。马士英的任命内臣高起潜为提督江北兵马粮饷，实际上是对他的一种牵制。这种内部的政治斗争削弱了南明军队的战斗力，也让史可法的北伐行动变得更加艰难。
六、防御黄河
十二月，冬季来临。高杰率领大军抵达徐州，当地有一支盗匪队伍由程肖宇领导，他们归附了高杰军，并订立了契约，歃血为盟，交换了礼物。然而十天后，高杰在一次酒宴上杀害了程肖宇及其亲信，并吞并了这支盗匪队伍。高杰大军继续沿着黄河西进，抵达了永城市。当地有一个乡绅富豪献上了数千两白银，高杰表面上与乡绅结盟，但很快趁机杀死了乡绅，并吞并了富豪的财产。
高杰的北伐行动让史可法感到高兴，但随后发生的事件让他忧虑。史可法派遣幕府官监纪通判张鑻前往河南招抚土匪一把沙刘洪启、李际遇、杨四等，特别嘱咐要避开高杰的队伍。此时，北伐军一路光复了归德、开封、河南洛阳三府，南京朝廷任命了文武官吏。张缙彦在河南省北部担任总督兼巡抚，管辖各地驻军武将，如王之纲、许定国、李际遇。越其杰在河南省南部担任巡抚，管辖汝宁、南阳、黄州三府，管辖各地驻军武将，如刘洪起、黄鼎、毛显文。凌駉担任巡按河南，兼督各镇，兼理河北、山东招抚。
正月十二日夜，高杰在睢州被河南总兵许定国杀害，史称“睢州之变”。清军乘机南下。史可法闻讯后，长叹无法克复中原。
正月十八日，史可法得知高杰被害的消息，立即穿戴盔甲，率领幕府军出发前往徐州城。当时各将领之间互相争夺权力，都想获取更多的地盘和兵力。
二十二日，各将领争执几乎到了兵刃相见的地步。史可法出面处置，与众多将领商讨一夜，直到次日天亮才得出善后方案。高杰的嫡甥李本深担任扬州提督，高杰嫡弟高某担任副将，胡茂桢继续担任先锋总兵，李成栋继续担任徐州总兵。其他将领也都得到了相应的地盘和兵力分配。高杰的儿子高元爵作为世子继承伯爵，继续做贵族。史可法与众将结盟，原高杰部将都表示愿意继续效忠于明朝。
春季元旦之后，天气异常恶劣，有大风吹折树木，积雪深达数尺至人的腰部。从冬季到春季，天气持续阴冷，没有出现晴朗的迹象。飘雪和雨水洒落不断，违反了日历节气。白洋河的河床已经干涸，堆积了白雪和杂木，像是织就了一幅美丽的锦缎。运河无法使用，因此粮饷运输困难，黄河前线的粮饷短缺。幕府军在当地采集蔬菜茶叶，勉强度日。
寒风强劲，黄河一带军情严峻。幕府军秦士奇带队在黄河以南沿岸筑墩，放置火炮，岸墩数量极多且质量完备。多年以后，岸墩的地基依然完好。清朝调集各地军队，从山东省、北直隶抽调八旗军，在黄河沿岸对峙幕府军。
二月，高杰死讯传遍各地，黄得功带领军队抵达扬州城下，威胁当地高营家眷。扬州城幕府军开始防守。初九，史可法得知消息，集结幕府军大队，班师前往扬州，并吩咐徐州李成栋等队伍继续防御黄河。幕府军黄日芳队伍则作为黄河守军，驻守宿迁、邳州一带，随时支援前线。
当时有山东人阎尔梅抵达史可法军前，请求幕府军放弃扬州，转入山东、河北、河南的三省交界处，在这一带流动游走。但史可法拒绝了这个请求，因为幕府军士兵大多源自扬州，家庭财产大多在扬州。史可法表示，如果阎尔梅能在北方召集义军，可以在黄河一带与幕府军汇合。
十五日，史可法抵达大运河邵伯镇，减免了高杰曾经设立的关税，扬州商民都很高兴并赞美史可法。并传令扬州府同知曲从直、幕府中军马应魁，直入黄得功营地质问。黄得功想要分配得到更多的地盘，他要求得到兴化、泰州、通州，包括地盘和盐务权力，但是高营将领并不答应，双方各自准备大战。幕府军支持高营军队。一直到皇帝出面，发出圣旨，由大太监卢九德手持圣旨直达军营，表态皇帝谴责黄得功，于是黄得功才撤走。
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