八月，史可法外出巡视淮安，检阅了刘泽清的军队。回到扬州后，他向朝廷请求粮饷，作为北伐的费用。然而，马士英吝啬不肯拨款，史可法上疏朱由崧催促马士英。借此机会，他对朱由崧说：“现在人才日益减少，入官途径日益混乱，人们追求名声的心态超过了求实的心态，议论多而成功的少。当前的局势与以往不同，必须专心讨伐乱贼，报复国仇。除了筹兵筹饷，不应有其他议论；除了治兵治饷，没有所谓的人才。如果有只会空谈，谋取高官厚禄的人，必须严惩不贷！”朱由崧仅以诏书回应了史可法。
当时的军阀各自在地盘上私设关税，导致商贾不敢通行，影响了盐务的正常运作，给民生带来了困难。史可法在扬州建立了幕府，尽力平息各军阀之间的纷争，并派遣官员监督军阀的纪律。他还设立了户部，让施凤仪主持扬州盐务，以保证食盐市场的畅通。同时，他还设立了理饷总兵周某，开展米豆贸易以补给军队，并拉拢了一些商贾加入运输贸易，分享利润。
高杰一直请求驻扎在扬州城内，而扬州士绅极力反对。史可法同意了高杰的请求，并安排幕府驻扎在城东官邸，让高杰居住在城西官邸。高杰入城之日，其妻邢氏管理士兵，号令严明，保持了秩序。邢氏本是李自成的妻子，后来与高杰私奔，她美丽而严厉，士兵们都服从她。
黄得功驻扎在仪真县。史可法前往视察黄得功的军队，在营地全面检阅，并赏赐了三军白银一千两。起初，史可法担心高杰蛮横不法，派黄得功驻军仪真以防备高杰。九月，黄得功与高杰发生冲突，高杰处于不利地位。在史可法的调解下，冲突才得以平息。当时，黄蜚从山东登州率军南下淮扬，黄得功率领三百骑兵前往迎接，在邗关外五十里的土桥遭遇高杰的伏击。高杰成功偷袭，俘获了黄得功队伍的战马，而黄得功则逃脱了。高杰还派出一千余士兵夜袭黄得功驻扎的仪征城，但被城内的黄得功部队击退。黄得功和高杰的关系因此恶化，双方准备开战。史可法出面调解，高杰表示虽然损失了一千多士兵，但仍愿意和解。史可法抵达仪征，停舟在吾台庵附近。当时，黄得功的母亲去世，史可法前往祭拜，并调停一番。史可法请高杰归还三百匹战马给黄得功，但高杰只愿意归还一百匹瘦弱的马。当马送到黄得功的营地时，黄得功只接受了其中一半。剩余的五十匹马中，史可法挑选了二十匹并强行要黄得功收下，而其余三十匹马不久后病死了。史可法发出了三千两白银，并要求高杰交出一千两白银作为丧葬礼金给黄得功，最终使双方和解。
北京投降大顺的大臣们此时纷纷南下回朝，史可法上书建议：“原籍在北方的大臣，应该让他们到吏部、兵部听候录用，否则恐怕会使他们南下回朝之心绝灭。”他又说：“北京的祸变，凡属臣子的都有罪。在北方的官吏如果都应当随先帝一道殉国，难道在南京的就不是先帝的大臣吗？像我这样的人，在南京主管枢机，马士英沾了国恩担任凤阳总督，都没有能率领东南的全部优势兵力迅速支援北都。镇守大臣刘泽清、高杰因兵力不能支持，反而向南方逃跑。先应该追究的，是我们这些大臣的罪过。竟然因为圣明的陛下您入继王位，不仅没加诛杀，而且一次次得到恩典。南方的大臣如此，而单单对于在北方的大臣们毫毛不放，一概绳之以法，岂不是闲散小吏，罪责反比南枢、凤督还要重大了吗？我认为应该选择那罪状显着的降官，严加惩治，以示指教。如果大臣未曾接受乱贼的任命，或曾受乱贼刑罚的，可以撇开不加问罪。那些在北方逃避战乱，犹豫多时而后才到朝廷来的，允许他们戴罪入官，讨伐敌人，这些人可以到我领的军队里酌情录用。”朝廷经过讨论，听取了他的意见。
高杰驻扎在扬州，行为很不驯服。史可法对他开诚布公，用君臣大义启发、开导他，最终高杰有所感悟，接受上方的领导。十月，高杰率领军队北伐，史可法到达清江浦，派遣官吏在开封屯田，为经略中原做准备。各镇兵力划分防守地区。从王家营向北到宿迁一带是最为重要的战略要地，史可法亲自负责，并沿着黄河南岸筑起了堡垒。
五、北伐宿邳
十一月，爆发了邳州之战。十一月四日，史可法乘坐船只驻扎于鹤镇。这天是史可法的生日。清晨，幕府收到了侦察兵的紧急报告：清朝的总兵夏成德从剡城出发，在前一天夜里已经进入了宿迁境内。
初五日，史可法亲自统帅大军，乘坐船只沿大运河抵达白洋河（今洋河镇），在那里设立了大本营的旗纛，并举行了誓师典礼。随后，他命令总兵刘肇基的部队和李栖凤的部队前往宿迁。
初八日，黎明时分，幕府的军队乘坐船只抵达宿迁。清军随即撤离宿迁，并转头攻打邳州。邳州城内的官吏坚守城池，并向幕府军请求支援。刘肇基的部队和李栖凤的部队继续前进，抵达邳州城外扎营，与清军对峙。
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