次日，大臣们再次讨论朱由崧是否应该监国。张慎言认为国家不可一日无主，福王应该即位。史可法提出太子生死不明，如果太子出现会如何处理。刘孔昭则坚决支持福王即位，而史可法建议稍后再做决定。最终，朱由崧被确立为监国。
在推选内阁大臣时，史可法、高弘图和姜曰广被一致推荐。刘孔昭想要加入内阁，但被其他大臣以本朝无勋臣入阁的先例所阻。刘孔昭提议让马士英加入内阁，最终，马士英也被推举为内阁大臣。接着，他们讨论填补其他重要职位的候选人，郑三俊、刘宗周、徐石麒被推选为候选。
两天后，史可法被任命为礼部尚书兼东阁大学士，与马士英、高弘图一同被启用。史可法继续负责兵部事务，而马士英则继续督军镇守凤阳。为了稳定局势，他们参照北京的旧制，重建了京军制度，将侍卫部队和锦衣卫各军纳入军队进行操练。同时，减少了锦衣卫东西两司房和南北两都的抚司官的数量，以避免过多的告密行为，从而稳定人心。
四、调解诸将
马士英一心想要成为首辅大臣。当他得知朝廷的任命后感到非常不满，于是将史可法之前列出的朱由崧不应该即位的七个理由提交给了朱由崧。随后，马士英带领军队入宫觐见朱由崧，递交了奏章后便离开了。史可法意识到朝中权力斗争的复杂性，于是请求统帅军队，外出镇守淮安、扬州两地。五月十五日，朱由崧在武英殿即位，宣布次年为弘光元年。史可法入朝辞别，被加封为太子太保，改任兵部尚书、武英殿大学士。马士英也在同一天入朝值班，讨论将江北地区划分为四个军事镇守区，分别由四位将军统领。具体分配如下：
东平伯刘泽清管辖淮、海等地，驻军泗水，负责管理开、归一带。
总兵官刘良佐统辖凤、寿等地，驻扎在临淮，负责管理陈、杞一带。
靖南伯黄得功统辖滁、和等地，驻军庐州，负责管理光州、固始一带。
史可法动身后，派遣使者寻找已故帝、后的灵柩以及太子、二王的下落，并奉命前往祭告凤、泗二陵。
南明朝廷此时面临着来自清朝和李自成势力的双重压力。史可法及其支持者采取的主要策略是“联虏平寇”，希望通过与清朝合作，先消灭李自成的流寇势力，然后再考虑如何应对清朝。然而，南明朝廷内部却陷入了党争和内讧，东林党人与马士英、阮大铖之间的矛盾日益加剧，姜曰广、高弘图、刘宗周等人相继辞职，显示出南明朝廷无法团结一致对抗外敌。
崇祯十七年（1644年）七月二十八日，多尔衮致书史可法，宣称要“联闯平南”。史可法在回复多尔衮的信件中主要为弘光朝廷的合法性进行辩护，但并未提出有效的对策来对付清军。到了九月，清河道总督杨方兴建议多尔衮不惜一切代价夺取江南地区。与此同时，清朝对南明的态度也发生了变化，多尔衮致书史可法，宣称清朝才是正统，要求南明君臣无条件投降。
史可法离京后，马士英和刘孔昭等人更加肆无忌惮。刘孔昭因为张慎言推举吴甡一事而在朝堂上大吵大闹，并持刀追赶张慎言。史可法得知此事后上疏劝解，最终阻止了福王任命吴甡。史可法完成祭拜二陵后，上书表达了对朱由崧的期望，希望他能够善始善终，时刻不忘先帝和国家的危难。朱由崧给予了史可法口头嘉奖。
史可法失势后自请督师江北，前往扬州统筹刘泽清、刘良佐、高杰、黄得功等江北四镇军务机宜。当时，黄得功、刘泽清、高杰都想驻军扬州。高杰率先率军抵达扬州边境，并沿途烧杀抢掠，使得城中居民惶恐不安，纷纷登城守备。高杰对扬州进行了两个月的围攻。刘泽清也在淮河流域大肆掠夺。临淮不接纳刘良佐的军队，结果也遭到了攻击。朱由崧命令史可法前往调解，黄得功、刘良佐、刘泽清都听从了命令。当史可法到达高杰那里时，高杰一向惧怕史可法，得知史可法要来，他连夜挖掘土坑掩埋地面上的尸体。第二天早上，高杰在军营中拜见史可法，面色和言语都显得十分紧张，汗流浃背。史可法真诚地接待了他，并用温和的语气与他的副将交谈，这让高杰感到意外。此后，高杰虽对史可法表示尊重，但也开始轻视他，并利用自己的兵力优势保护自己，对于文牒也必定亲自过目才肯传递。史可法简要汇报了情况给福王，并安排高杰的兵力驻守瓜洲，这让高杰非常满意。等他离去后，扬州得以安定下来，史可法于是在扬州开设府署。
史可法集结了一千多名精锐士兵渡江北上，并计划以此为基础在扬州招募新兵，扩充军队。他还请求南京城支援盔甲、倭刀、盾牌、火炮、锣锅、军费等物资，并提出了具体的装备需求。六月，李自成被清军击败，放弃北京后率兵向西逃跑，各地开始出现杀死李自成任命官员的情况。史可法请求朱由崧颁布监国、登极两个诏书，以安抚山东、河北军队和百姓的情绪。他还设立了礼贤馆，招揽各地有才智的人士，并委任监纪推官应廷吉负责此事。有人献策让官府出租一些街坊地产给商贾，并让商贾筹集钱粮支持军饷，史可法认为这是好建议并予以采纳。
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