三月间，高杰死后，麾下军队分裂成数个派系，其中亲丁队伍大约有三千多士兵，此时都拥护邢氏和世子。高杰妻邢氏担心儿子幼小，不能压众，她知道史可法没有儿子，提出让儿子拜史可法为义父。民间舆论认为是高杰身死，其妻子软弱无力，无法统辖各派系，才导致这次兵变。邢氏希望将儿子过继给史可法作为义子，互相结盟。
幕府内部讨论，担心大太监高起潜的态度。因为高起潜属于江北提督，皇帝亲信，专门监视扬州幕府，影响举足轻重。有幕僚建议，可以让邢氏母子拜高起潜为义父。邢氏设宴，母子拜高起潜为义父，而高起潜同意了。高起潜设宴邀请史可法，又表示让邢氏母子拜史可法为义父，这时史可法勉强同意。
邢氏母子和三千多士兵，都表示愿意跟随史可法。南京朝廷得知此事，于是发出新任命，以原翰林院编修卫胤文总督淮扬军事，专门管辖高家军队。而高家将士对此不满，卫胤文抵达扬州就任督抚，高家军没人迎接他。此时的扬州，竟然有三个督府，分别是卫胤文、高起潜、史可法。幕府内部讨论，认为南京朝廷在分权，这是忌惮且不信任史可法。无奈之下，史可法只好离开扬州，转而驻扎泗州。
此时，清朝豫亲王多铎率领大军从陕西省出发，过虎牢关，进入河南省，占领洛阳府、开封府、归德府。并在境内招降纳叛，扩充兵力，整顿队伍，储备物资。徐州一带的高营军李本深等队伍崩溃逃跑。清朝又抽调八旗军，合计派遣八名参将队伍前往济宁一带驻守。从此南下进攻邳州、宿迁。当地的幕府军防守严密，并传信至史可法。黄河报警，史可法发奏疏请求弘光皇帝亲自下圣旨，调集江北四镇联合，进入黄河战场防御，并多发钱粮犒赏，但是不了了之。
四月初一，史可法传令参将刘恒祚、游击孙桓、都司钱鼎新、于光等船队集结出发先与黄河守军的队长黄日芳在淮安城清江浦会合，然后渡过洪泽湖，向泗州进发。
初二，幕府考核提拔礼贤馆的诸生。应廷吉进行选拔试验，嘉禾归昭、昆山孙元凯等人被授予甲等或乙等官职，还有唐大章、唐妍、张大武、陆燧等人被任命为通判、推官、知县等官职。大约二十多人被提拔，之后有十九人在扬州与史可法殉国。这天，弘光帝发诏书给史可法，要求幕府军调集兵力到长江上游，抵御左良玉。
同年四月，左良玉率数十万兵力，由武汉举兵东下，要清君侧，“除马阮”。当时，史可法移军驻泗州，保护明朝祖陵。
初五，清朝豫亲王多铎在归德府集结大军，沿汴水顺流而下，往东南进攻泗州。
南京朝廷举行议论，一些大臣请求加强江北防御，因为清军似乎看起来更强大。内阁首辅马士英站在皇帝身边，大骂这群大臣，说：“你们这群东林党人，借口防守江北，实际上是在纵容叛逆左良玉进犯！如果清军到来，朝廷可以考虑谈判，但如果‘左逆’到来，那么我和皇帝就会死定了！”弘光皇帝表态，支持马士英。
马士英命令史可法尽撤江防之兵以防左良玉。史可法只得兼程入援，抵达燕子矶，导致淮防空虚。
左良玉被黄得功所败，呕血而死，子左梦庚率全军投降清朝。
史可法带队亲兵前往长江，并把令箭授予应廷吉，便宜行事。应廷吉率领其余队伍前往泗州。刘泽清要求取军器、火药、饷银等物。应廷吉拒绝了，并说“我们是朝廷任命的官员，是皇帝授权史可法组建的幕府，不是被藩镇委派的。藩镇的令箭，为何传到我这里！这些军器、钱粮，是受命于阁臣史可法去泗州的。我将亲自去见藩台刘泽清，面议是否交付。”应廷吉带队在高邮城，汇合李成栋，就地扎营，既是防备刘泽清，也是相机行事。
初十，史可法带兵到达南京城外草鞋峡，才得知黄得功队伍已经击退了左良玉。弘光皇帝发圣旨，清军开始南下，要求史可法速速回去扬州料理，不必进入南京。旋即皇帝又下诏书，史可法速奔赴泗州城驻守。史可法请求进入南京朝拜面见皇帝，讨论军机并请求南京派兵协防扬州，而皇帝拒绝见面。然后史可法登上燕子矶，面向南京拜了八次，悲痛地哭泣后离开了。
幕府队伍驻扎在高邮城时，接到传令：左良玉威胁南京，幕府队伍和所有军器、钱粮至南京城外浦口港。午刻又接到令箭，上面说：清军正在南下，幕府队伍驻守扬州听从调遣。晡后，又接到令箭，上面说：盱眙城紧急求援，幕府队伍可以准备前往天长城驻守。应廷吉对诸将说：这些命令显然很混乱。岂有一日三次调遣军队和粮饷？频繁的紧急情况令人惊急。扬州城必定有内部变故，南京朝廷制造了太多的干扰。应廷吉继续带队驻扎在高邮城。
史可法奉命北返，此时盱眙降清，泗州城陷。史可法遂至扬州，继续抵抗清军的进攻。
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