在道光帝去世后不久，僧格林沁受命前往密云县剿灭当地的土匪活动，并因此被授予左翼监督的职务。同年十二月，由于成功清除匪患，他获得了嘉奖，并被赏赐四团正龙补服，这是一种非常高的荣誉。
进入咸丰朝后，僧格林沁继续担任御前大臣，并一度署理銮仪卫事。他积极参与地方治安事务，包括请求出兵镇压科尔沁左翼后旗佃农的抗租斗争，并在咸丰二年（1852年）上书捕获抗租领头人吴宝泰等，将其下狱。这一系列行动表明了僧格林沁在维护社会稳定方面所发挥的作用。
僧格林沁自从入京以来，长期担任侍卫职位，与道光、咸丰两位皇帝有着密切的接触。他不仅擅长骑射，体力充沛，而且深得皇上的信任。《清史稿》中对他的评价极高，认为他是当时最受恩宠的大臣之一
三、大破太平军
咸丰三年（1853年），太平天国天王洪秀全派遣天官副丞相林凤祥和地官正丞相李开芳率领两万余人的北伐军向北挺进，意图推翻清廷统治。五月，北伐军攻入河南，形势紧迫之下，咸丰帝命令僧格林沁督办京城巡防事宜。僧格林沁随即统率健锐营、外火器营、两翼前锋营、八旗护军营、巡扑五营以及察哈尔各路官兵，并征调哲里木、卓索图、昭乌达等地的蒙古精锐部队，出京迎战。
八月，太平天国的北伐军逼近京畿重地，形势危急。咸丰帝亲自将清太祖努尔哈赤使用过的宝刀授予僧格林沁，以示对他寄予厚望，并命其率军进剿叛军。九月，僧格林沁在紫荆关设防，加强防御工事。到了十月，双方在天津南部的王庆坨地区展开激战，太平军遭受重创，被迫撤退至连镇一带。
咸丰四年（1854年），僧格林沁继续追击太平军，在连镇再次大败北伐军。咸丰帝对此战功给予了高度认可，并赐予僧格林沁“湍多巴图鲁”（意为“勇猛的英雄”）的称号，表彰其卓越战绩。
咸丰五年（1855年）正月，僧格林沁重整军队，再次与太平军交锋。在东连镇的战斗中，太平军奋力抵抗，但最终被僧格林沁的部队全歼，太平天国北伐军统帅林凤祥被活捉。咸丰帝对此功绩极为满意，于二月加封僧格林沁为博多勒噶台亲王，并赏赐朝珠一盘、四团龙补褂一件，同时下令允许其爵位世袭罔替，俸禄加倍。六月，僧格林沁在山东冯官屯彻底消灭了太平天国另一名将李开芳的部队，并生擒李开芳。
僧格林沁在这两年的时间里，历经数百场战斗，彻底摧毁了太平天国的北伐军，林凤祥和李开芳这两位太平天国的名将均被擒获。僧格林沁因此威名远扬，与南方镇压太平天国起义的曾国藩并称为“南曾北僧”，成为清朝晚期重要的军事将领之一。
四、大沽之战
咸丰七年（1857年）五月，僧格林沁被任命为署镶红旗汉军都统。然而，随着第二次鸦片战争的爆发，清廷面临着前所未有的外部压力。咸丰八年（1858年），在直隶总督谭廷襄和直隶提督栋鄂·托明阿防守天津大沽海口失败后，清廷与英国签订了《天津条约》。僧格林沁得知后，强烈反对这种妥协的做法，并向咸丰帝奏请撤回谈判代表，主张动员全国兵力和资源来对抗侵略者。但由于当时主和派占据主导地位，僧格林沁的意见并未被采纳。
到了咸丰九年（1859年），咸丰帝任命僧格林沁负责天津大沽口及其周边地区的防御工作。僧格林沁吸取了之前大沽口战役失败的教训，积极加强防御工事，整顿军队，为抗击外来侵略做了充分准备。当英法联军的新任驻华公使普鲁士和布尔布隆率领舰队试图强行进入大沽口时，遭到僧格林沁指挥下的中国军队的坚决抵抗。在这次战斗中，清军击毁了三艘英军战舰，并造成了英军严重的伤亡，其中包括英海军司令何伯受伤。这场战斗被视为中国军队抵抗西方列强入侵所取得的重大胜利，受到了国内外的高度赞扬，包括德国思想家卡尔·马克思的肯定。
然而，咸丰十年（1860年），英法联军再次扩大了对中国的侵略行动，攻占了舟山、大连湾、烟台等地，并封锁了渤海湾。六月，英法联军再度进攻大沽口，尽管僧格林沁坚守炮台，但最终仍未能阻止联军的攻势。随着联军占领天津，僧格林沁的部队败退至通州。咸丰帝对此次失败极为不满，下令剥夺了僧格林沁的部分荣誉和职务。当英法联军继续向北京推进时，僧格林沁再次领军迎战，但在张家湾和八里桥的战斗中接连失利。咸丰帝被迫逃离北京，前往热河避难，而英法联军则攻入北京，造成了圆明园被毁的历史悲剧。事后，僧格林沁虽被革去了郡王爵位，但仍保留了钦差大臣的职务。
五、复起剿捻
咸丰十年（1860年）九月，随着捻军在直隶、山东及河间府一带的兴起，清廷面临着新的内部挑战。为了应对这一危机，清廷恢复了僧格林沁的郡王爵位，并命令他率领一万多名清军前往山东，对抗捻军。僧格林沁随即投入了这场艰巨的任务，带领部队与捻军展开了激烈的战斗。
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