道光二十八年（1848年），琦善第三次担任协办大学士，并继续担任总督职务。直到道光二十九年（1849年），他被任命为陕甘总督，并在咸丰元年（1851年）兼任青海办事大臣。
四、咸丰时期
咸丰时期，清朝面临着内外交困的局面，太平天国运动的兴起给清廷带来了巨大的挑战。博尔济吉特·琦善在这个动荡的时代再次被委以重任，成为了应对内乱的关键人物之一。
咸丰二年（1852年），琦善被任命为河南巡抚（署），这是一次临时性的任命，显示了朝廷对他的信任。然而，这一年也是太平天国运动迅速扩张的时期，清廷急需有能力的将领来平息叛乱。因此，琦善很快又被赋予了更重要的使命。
咸丰二年，他被授予都统衔，并且担任钦差大臣，负责建立江北大营，以对抗太平天国的军队。江北大营是清廷为了镇压太平天国起义而在长江以北设立的一个军事基地，目的是集结兵力，加强对太平天国的军事打击。琦善在这期间展现出了出色的组织能力和军事指挥才能，他不仅负责江北大营的建设和管理，还亲自参与了对太平军的作战部署。
建立江北大营是一项艰巨的任务，它需要整合各地的军事力量，并确保后勤保障到位。琦善在这项工作中投入了大量精力，努力提高军队的战斗力。江北大营的存在对于遏制太平天国向北扩展起到了一定的作用，但也面临着物资供应不足、士气低落等问题。
咸丰四年（1854年），琦善的努力得到了朝廷的认可，他被追赠为太子太保、协办大学士。这两个头衔都是极高的荣誉，显示出朝廷对他工作的肯定。同年，他还被加授总督衔，进一步提升了他在军事和行政上的地位。
然而，就在咸丰四年，琦善在军中病逝。他一生经历了多次起伏，从早年的辉煌到鸦片战争中的争议，再到晚年对抗太平天国的努力，琦善始终保持着对国家的责任感。他病逝的消息传回京城后，朝廷给予他高度评价，按照总督的标准赐予抚恤，并追赠他为太子太保、协办大学士，谥号文勤。
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