然而，在这段时间内，福康安也遭遇了一些波折。和珅之弟、巡漕御史钮祜禄·和琳参奏湖北按察使李天培，指控其利用湖广粮船私运木材。调查过程中，发现福康安曾致信索取木材的事实。乾隆帝对此事非常重视，命令福康安自我检讨，并处罚他三年的总督养廉银，另外加上十年的公俸，虽然福康安被革职留任，但很快乾隆帝便减免了这一处罚，显示出乾隆帝对福康安的宽容和信任。
六、驱廓保藏
乾隆五十三年（1788年），廓尔喀沙阿王朝因为不满西藏当局征收的贸易税过高，派兵入侵西藏边境。到了乾隆五十六年（1790年），廓尔喀再次兴兵，这一次直接侵犯了班禅额尔德尼驻锡的日喀则地区，造成了大量的破坏和抢劫。面对这一严峻形势，驻藏大臣保泰表现出了软弱的态度，甚至考虑将达赖喇嘛和班禅转移至青海避难。
清廷在得知这一情况后，迅速作出反应，决定派遣福康安为将军，与参赞大臣海兰察及福康安的堂兄富察·奎林一同率领两千索伦兵从西安出发，入藏迎击廓尔喀军队。九月二十九日，福康安从北京启程，经由山西、青海一路驰驿赴藏。尽管乾隆帝在十一月的谕旨中建议福康安改道以避开冬季的恶劣气候，福康安仍然坚持按照原计划从西宁入藏，认为军情紧急不容迟缓。
在这一过程中，福康安面临着重重困难。冬季的高原上，草木尚未生长，马匹疲惫不堪，粮食和军饷时常短缺。据记载，负责运输粮食的地方官员甚至在和珅的指示下，企图通过断粮的方式来让福康安的军队自行瓦解，但福康安快速的行军速度使得这一阴谋未能得逞。
十二月一日，福康安在西宁停留了四天之后，便轻装简从，带领部队从当噶尔东廓尔（今青海西宁西）一带启程入藏。尽管条件艰苦，福康安及其部队仍然克服了重重困难，于翌年（1791年）正月初三到达青藏边界，正月二十日抵达拉萨。这段行程全长四千六百里，福康安及其部队用了六十天的时间徒步穿越，其间经历了极寒天气和高原缺氧的考验，堪称历史上的壮举。
福康安抵达西藏后，乾隆帝命令他迅速出兵作战，不让廓尔喀军队有喘息的机会。此时，西藏已有军队一万六千余人，并且粮饷充足。福康安在各路人马到齐后，立即准备进剿。
乾隆五十七年（1791年）四月二十五日，福康安亲自前往绒辖（今西藏定结境内）和聂拉木（今属西藏）视察地形，并确定了进军路线。两天后，福康安从西藏南部边境的第哩浪古出发，五月六日到达擦木附近。擦木地区的地形复杂，两侧高山夹峙，中间有一条山梁，廓尔喀军队在山高处扎营，形成了易守难攻之势。
面对这一难题，福康安制定了周密的作战计划。他利用夜色作为掩护，将部队分成五队，其中两路深入敌寨左右山梁进行堵截，两路绕至敌后切断其退路，海兰察则率领一队正面进攻敌寨。福康安亲自督军往来截杀，指挥作战。次日凌晨，福康安率军登山，接近位于大河与山梁之间的两座石碉，摧毁了高达两丈的城垣，与敌军展开了激烈的肉搏战，最终攻克了这座防守坚固的碉寨，夺取了擦木
乾隆年间，清军与廓尔喀（今尼泊尔部分地区）的冲突，是一场关乎清朝边境安宁与领土完整的重大战役。起初，清军在福康安的率领下，迅速攻克了济咙，展现了强大的军事实力，不仅收复失地，还重创敌军，乾隆帝对此大加赞赏，赐物嘉奖。
然而，乾隆帝并未满足于现状，他深谋远虑，决定乘胜追击，直捣廓尔喀都城，以求彻底解决问题。福康安奉命深入敌境，面对崇山峻岭与恶劣环境，清军克服重重困难，连续攻克多处要塞，迫使廓尔喀国王求和。然而，福康安因轻敌冒进，在热索桥附近遭遇反击，损失惨重，加之环境恶劣，清军士气受挫。最终，在乾隆帝的谕旨下，福康安接受和议，结束了这场旷日持久的战争。
此役不仅彰显了清军的英勇善战，也体现了乾隆帝维护国家领土完整的坚定决心。福康安因功受赏，被实授武英殿大学士，并获得多项殊荣，其军事才能与智勇双全得到了乾隆帝的高度评价。
战后，福康安留在西藏，参与制定了《钦定藏内善后章程》，这一章程对于加强中央政府对西藏的管辖，促进民族团结，维护国家统一具有重要意义。
七、恩宠无二
乾隆五十八年（1793年），清廷收到了安南国王阮光平（即越南西山朝皇帝阮惠）去世的消息。乾隆帝担心这一变故可能导致安南国内发生内乱，便命令福康安前往广西进行防范。然而，就在福康安准备出发之际，他收到了母亲在京中病逝的消息。由于身处千里之外，且事务繁重无法脱身，福康安只能在任上守孝。在前往广西的途中，福康安自己也不幸染病。乾隆帝得知后，派遣御医前往诊治。福康安在病情好转后，以“安南无事”为由上疏请求返回京城，得到了乾隆帝的批准。乾隆帝不仅同意了他的请求，还加封他为忠锐嘉勇公，以表彰他的贡献。
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