到了七月，福康安等人终于攻破了石峰堡，处死了起义军领袖马四圭，并俘虏了其他重要人物如张文庆等。随着这次起义被彻底平定，福康安因功被晋封为嘉勇侯。
在平定起义之后，福康安并未停止对当地社会的关注。鉴于甘肃一带的回民普遍崇尚武艺，而愿意通过科举考试进入仕途的人却很少，福康安为朝廷的长治久安考虑，上奏乾隆帝，提出了“教导回民”的善后措施。他提议在循化厅设立学校，以教授儒家经典和其他知识，希望能够引导回民走上文明的道路，同时也为政府培养更多可用之才。乾隆帝对此提议表示赞许，并予以支持。
此外，福康安还关注当地的经济发展，他曾上奏请求修建宁夏的水利设施，以促进农业灌溉和发展。这些措施不仅有助于改善当地民众的生活条件，也促进了边远地区的开发与繁荣。
乾隆五十年（1785年）七月，福康安返回京城担任户部尚书，次年（1786年）又转任吏部尚书，并被授予协办大学士的职位。
五、转战台湾
乾隆五十一年（1786年），台湾爆发了由林爽文领导的天地会起义，这场起义迅速发展成了一场大规模的民变。林爽文利用天地会的教义号召民众，迅速集结了大量的追随者，对清廷构成了严重的威胁。起义军在林爽文的带领下，与清军展开了激烈的战斗，并接连攻克了多个县城。
清廷最初派遣闽浙总督佟佳·常青前往台湾镇压起义，但由于常青的镇压行动未能取得预期效果，起义军的声势反而越来越大，甚至一度包围了府城。面对这一局面，清廷不得不采取更加果断的措施。
乾隆五十二年（1787年）七月，乾隆帝改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察共同前往台湾平叛。福康安与海兰察率领大军渡过台湾海峡，于同年十一月抵达鹿仔港（今台湾彰化的鹿港），并在登陆后迅速展开行动。福康安选择从新埤进兵，首先向包围诸罗（今台湾嘉义）城的起义军发起进攻。
在仑仔顶的战斗中，起义军从竹林中出击，试图抵挡清军的攻势。福康安命令部队保持队形，自己则亲自率领精锐的巴图鲁侍卫冲锋陷阵，起义军最终被击败。随后，清军攻克了俾长等十余个村庄，迫使起义军撤退，解除了诸罗城的围困。福康安率军追击至大排竹，通过决溪引水的方式渡过军队，并焚烧了起义军的营地。凭借这一战，福康安扭转了战局，解除了诸罗城的危机，因此被封为一等嘉勇公，并获得了红宝石帽顶和四团龙补服作为奖励。
到了十二月，福康安继续指挥清军对起义军进行围剿。他率兵从内陆山区搜索至打铁寮等地，并分兵堵截海口及各个重要隘口，以防起义军逃窜。为了避免林爽文在追捕过程中自杀，福康安秘密派出十名巴图鲁侍卫和数百名士兵，乔装打扮后深入山林，最终在乾隆五十三年（1788年）正月，在老衢崎成功捕获了林爽文。
林爽文被捕后，福康安并没有放松警惕。同年二月，他继续督兵前往台湾南部，追剿起义军残部。福康安率领清军追击至台湾最南端的郎峤，并采取水陆并进的方式，最终在乾隆五十三年（1788年）俘获了南路起义军的首领庄大田。至此，台湾的起义军被彻底镇压下去。
在平定台湾林爽文起义之后，福康安因其在此次战役中的杰出表现，获得了清廷的高度评价和丰厚的奖赏。乾隆帝赐给他黄腰带和金黄珊瑚朝珠作为表彰，并下令在台湾郡城及嘉义县为福康安建立生祠，以示对他的敬仰和感谢。同时，乾隆帝还在紫光阁绘制了“平定台湾前二十功臣”的画像，福康安位列第四，仅次于大学士阿桂、钮祜禄·和珅和王杰，这表明了他在乾隆帝心中的重要地位。
乾隆帝还亲自作诗赞美福康安，诗中提到：“金川领兵，已着伟名。几处封疆，吏肃政成。解围擒逆，能人不能。崇封殊爵，嘉尔忠诚。”这充分表达了乾隆帝对福康安在金川之役和平定台湾起义中的英勇表现的肯定。
在处理台湾问题上，福康安不仅展现了他的军事才能，还表现出了卓越的政治智慧。他亲自考察了台湾的情况，并向乾隆帝上疏提出了处理台湾问题的十六项善后措施，其中包括强化军事训练、清除奸佞、整顿吏治、改革邮政等，旨在消除台湾再次发生民变的隐患。乾隆帝对福康安的建议一一采纳，并付诸实施。
乾隆五十三年（1788年）十一月，福康安被调任为闽浙总督。然而，就在次年（1789年）正月，由于两广总督孙士毅在安南（今越南）的军事行动中失利，未能成功扶持后黎朝的黎维祁，乾隆帝决定调派福康安为两广总督，负责处理安南事务。
福康安于乾隆五十四年（1789年）二月抵达兴化府，并提出了通过军事威慑迫使西山朝的阮惠畏惧清军实力，进而请求和谈的战略。这一策略得到了乾隆帝的高度认可。到了三月，福康安到达镇南关（今友谊关），在阮惠多次请求投降的情况下，清廷最终决定停止军事行动，接受对方的投降。
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