在修治海口及下河问题上，于成龙与靳辅产生了分歧。于成龙主张疏浚海口以排泄积水，而靳辅则认为下河海口高出内地五尺，如果疏浚海口会引来潮水内浸，反而会带来更大的危害。他建议从高邮东车逻镇开始筑堤，经过兴化的白驹场，将所泄的水引导入海。堤内涸出的土地，丈量后归还给人民，剩余的土地则招募民众进行屯垦，收取佃价作为河工的费用。这一建议传到康熙帝那里后，康熙帝担心收取佃价会给人民增加负担，因此并未立即批准。
康熙二十四年（1685年）十月，靳辅接连上奏三份奏疏，分别是挑浚高、宝等七州县的下河使其入海，帮筑高家堰的堤岸，以及修理黄河两岸的堤防。靳辅在这几份奏疏中所持的观点与康熙帝和其他人有所不同。鉴于此事关系重大，加之正值寒冬季节，河工相对空闲，康熙帝决定召见靳辅和于成龙，让他们迅速进京，与九卿共同详细讨论此事。这次讨论持续了很长时间，首次讨论从十一月二十日至二十二日，连续进行了三天。第一天，内阁大学士明珠向康熙帝汇报了河工事宜，重点介绍了靳辅主张开凿大河，修建长堤，堤高一丈五尺，束水宽度一丈，以抵御海潮。于成龙则提出开浚原有的河道。两人意见相左，各执己见。这个问题提交到与会的九卿讨论时，大多数人都认为于成龙虽然是一名着名的清官，但在河工方面缺乏经验，而靳辅长期负责河务，已有一定的成效，因此倾向于采纳靳辅的意见。然而，通政使参议成其范、给事中王又旦、御史钱珏等人支持于成龙，认为他的意见更有道理。经过反复争论，清廷最终决定开浚下海，并任命礼部侍郎孙在丰负责此事。
这场争论对靳辅极为不利，不仅否定了他的意见，而且还使康熙帝对他的信任产生了动摇，这也引发了更多的人对靳辅展开了猛烈的攻击。例如，在关于开海口的争论尚未结束之时，工部就提出靳辅治河九年未获成功，浪费了大量的钱粮，应该交由部里严厉处理。康熙帝表示：“河工重大，因一时不能成功，即行处分，另差人修理，恐反致贻误。且俟一、二年后，看其如何？”由于得到皇帝的谅解，靳辅免遭革职处分，仍然保留原职。然而，康熙帝已经开始认为靳辅言辞浮夸，所说的不能完全兑现，于是开始寻求其他的解决方案。
一波未平，一波又起。康熙二十五年（1686年）年底，关于堵塞减水坝的争论再次掀起。尽管靳辅试图通过提出一些较小的问题来表明自己无意与孙在丰对立，但清廷仍然决定暂时堵塞高邮州、高家堰等处的闸门，并计划在次年堵塞黄河以南的各个堤坝。这使得靳辅越来越处于被动的局面。
七、跌宕岁月
康熙二十七年（1688年），对于靳辅来说是一段跌宕起伏、充满挑战的日子。这年正月，江南道御史郭琇上疏弹劾靳辅，指责他在治理河流的过程中，听命于陈潢，今天提议筑堤，明天又提议疏浚，浪费了数百万两白银，而且没有明确的终结期限。郭琇还批评靳辅将朝廷的职位作为个人恩惠，频繁更换河工官员，从未达到用人得当的效果。此外，郭琇还指责靳辅侵占民田，以屯垦为名，实际上却将收获的粮食跨省贩卖，并且违背皇帝旨意，阻碍开浚下河的工作。
紧接着，二月份，给事中刘楷上疏进一步批评靳辅用人不当，指出河工中的道厅官员中杂职人员众多，而治河成效甚微，每年只听到河水冲决的消息。御史陆祖修更是激烈地弹劾靳辅，使用了“积恶已盈”的措辞，并引用了舜殛禹的故事，暗指应当处死靳辅。
面对这一系列指控，靳辅感到非常委屈，他上疏为自己辩护。他列举了自己的成就，并逐一反驳了攻击他的人，如郭琇、于成龙、慕天颜、孙在丰等，揭露他们企图陷害他。靳辅特别指出，那些攻击他的人大多是在下河流域拥有土地的豪强地主，他们在自己的利益受到侵害时才会如此激烈地反对他。
康熙帝意识到这些针对靳辅的弹劾并不客观，因此决定给予靳辅一个申辩的机会。三月八日，康熙帝召集了大学士、学士、九卿、詹事、科、道，以及总督董讷、巡抚于成龙、原任尚书佛伦、熊一潇、原给事中达奇纳、赵吉士等人，让靳辅以河道总督的身份参加讨论。在讨论中，出现了两派观点：一方以董讷为代表继续攻击靳辅及其副手陈潢；另一方以佛伦为代表，虽然在为自己开脱的同时，还是支持靳辅。讨论过程中，靳辅与于成龙之间的矛盾尤为突出，康熙帝发现于成龙在河务方面确实缺乏足够的知识。最终，康熙帝决定革除靳辅的河道总督职务，并任命福建总督王新命接替他的位置，陈潢也被解除了佥事道的职务。
靳辅被革职后不久，就有臣下向康熙帝报告了两件事情：一是漕运出现阻滞的情况，有人建议派遣靳辅去解决；另一件是中河已经开通，这是对靳辅工作的肯定。这两件事情让康熙帝感到为难，他意识到靳辅在治河方面的贡献，并担心新任河道总督王新命可能会推翻靳辅的所有工作，导致前功尽弃。为此，康熙帝派大臣进行调查，并指示他们保留靳辅所制定的规章制度，不要轻易更改。
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