康熙二十一年（1682年）十一月二十三日，清廷大学士、学士、九卿、詹事、科、道官员开会，在靳辅本人参加的情况下，讨论了他的治河事宜。会上，康熙帝命令靳辅口头说明自己的意见。靳辅表示：“臣受河工重任，不敢不尽心竭力，以期有朝一日大功告成。萧家渡的工程将在来年正月一定完工。其余河堤，估计需要一百二十万两白银，逐处修筑，可以完成。”康熙帝追问：“你以前所筑的决口，杨家庄报完后又有徐家沟；徐家沟报完后又有萧家渡。河道冲决，你总是无法预料。现在萧家渡筑好后，其他地方你能保证不再决口吗？河工事关重大，关系到民生和运道，应当通盘考虑，确保效果，不可固守一己之见。”
靳辅主动转移话题，指出人为因素有时比自然灾害的影响更大，指出河堤的建设必须根据地势的高低来决定高度，有的地方需要十五丈，有的地方只需要七八丈，不能一概而论。康熙帝当场表示“崔维雅所奏无可行者”。五年后崔维雅去世，议给恤典时，康熙帝仍然认为他是“不端之人”，并说如果当时将治河重任交给他，“不但工不得成，必至事体败坏”。
这次大争论最终以崔维雅的方案被否决而告终。靳辅被宽大处理，免除了赔偿责任，继续按照原计划督修。康熙二十二年（1683年）四月，他上疏报告萧家渡工程合龙，黄河回归故道。同时，他提出大水直下，导致清口附近的七里沟等四十多处出现险情，天妃坝、王公堤及运河闸座都需要修筑。他还另外上疏请求让河南巡抚修筑开封、归德两府境内的河堤，以防上流壅塞。康熙帝看到靳辅治河的情况，“成与不成在此一举”，因此凡是靳辅请求的钱粮都迅速拨付。
到了七月，当康熙再次向户部尚书伊桑阿、学士胡简敬等人询问河道情况时，他们都报告说黄河已经回归故道，船只往来无阻。康熙帝高兴地说：“先前见到靳辅时觉得他似乎有些轻躁，担心他难以成功。现在听说河流已经回归故道，实在是令人欣慰。”到了十二月，靳辅官复原职。
五、再获成功
康熙二十二年（1683年）以前，靳辅基本上解决了黄河、淮河回归故道的问题。到了康熙二十三年（1684年）十月，三十一岁的康熙帝进行南巡。十七日，康熙帝到达山东郯城县红花铺，靳辅陪同康熙帝在黄河与淮河之间巡视，详细查看黄河、淮河和运河的水势、灾情以及治河工程的进展。
二十一日，康熙帝特别向靳辅表达了自己的感受和对治河的看法。靳辅听后立即表示了自己的观点：“黄河为患最大，为功最艰，目前急务，不得不治其大而略其小，故借减水诸坝，使决口水分势弱，人力易施。待黄河尽复故道之后，臣当更议筑塞减水诸坝。”这意味着靳辅将治河的重点放在解决黄河的大水患上，通过减水坝分散水流的力量，以便于施工。他承诺在黄河完全回归故道后，会进一步讨论关闭减水坝的问题。
康熙帝这次南巡还注意到治河民工的生活条件十分艰苦，他指示靳辅不能让贪官污吏克扣民工的食物供应，对他们应加以关怀和照顾。十一月十四日，在返回的路上，康熙帝将自己的诗作《阅河堤诗》亲笔书写赠予靳辅。诗中写道：“防河纡旰食，六御出深宫。缓辔求民隐，临流叹俗穷。何年乐稼穑？此日是疏通。已着勤劳意，安澜早奏功。”这首诗表达了康熙帝对治河的重视，以及他看到沿河人民生活贫困后，认识到只有治理好黄河，人民才能安居乐业的决心。他鼓励靳辅在已有的基础上继续努力，向着大功告成的目标前进。靳辅得到皇帝赠诗后，深受感动，决心更加努力工作。
根据康熙帝关于解决减水坝可能导致淹没民田问题的指示，靳辅在宿迁、桃源、清河三县黄河北岸堤内开凿了一条新河，称为中河。随后，又在清河西仲家庄建造了一座闸门，引导栏马河减水坝泄出的水流进入中河。这条新河连接张庄口和骆马湖的清水，下游则经过桃源、清河、山阳、安东等地，最终流入平旺河到达大海。漕船起初从清口出发，在河中航行，到达张庄运口。中河建成后，漕船可以直接从清口截流，穿过北岸，通过仲家庄闸，避免了走黄河一百八十里的危险路程。这项工程始于康熙二十五年（1686年），并于康熙二十七年（1688年）完工。
六、争论迭起
此时，靳辅仍然主张修建更多的减水闸，而康熙帝则认为减水闸虽然有利于河工，但对百姓并无益处，他命令靳辅对此进行详加考虑。康熙二十四年（1685年）秋季，靳辅考虑到河南位于上游，如有不慎，可能会导致下游的江苏地区发生淤淀，于是他开始筑建考城、仪封堤，以及封丘荆隆口的大月堤和荥泽埽工等。此外，还在睢宁南岸的龙虎山开凿了四个减水闸。不久之后，一场新的治河之争拉开了序幕。这场争论的起因与康熙帝有关。他注意到高邮、宝应等州县的湖水泛滥，导致大量民田被淹，因此提出要把这些地方减水坝泄出的水引到海里。这实际上是由于靳辅在治河方面取得了一定的成就，使得包括康熙帝在内的某些人提出了更进一步的要求。康熙帝任命安徽按察使于成龙负责此事，但仍需接受靳辅的领导。
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