同年，南明西宁王李定国与郑成功联系，希望双方能从东西方向同时进攻广东，使明朝势力得以合流。若再沿长江北伐，攻取赣、皖、苏各省，则复兴大业有望。郑成功派遣林察、周瑞督军西进，但由于种种原因，他们未能按时与李定国会师。李定国孤军奋战，虽然一度攻克肇庆，但在广州城外遭遇大败。李定国原本期望与郑成功会师北伐，甚至促成了李、郑两家的联姻以巩固同盟，但由于郑成功未能按时会师，导致了这次合作的失败，李定国对此感到相当失望。
同年，清朝漳州协守刘国轩向郑成功投降，引领郑军进入漳州府城。漳州总镇张世耀见大势已去，与属下官员一起向郑军投降。十二月，郑军分兵进击，先后拿下同安、南安、惠安、安溪、永春、德化诸县，并进入兴化地方。
1655年（清顺治十二年，永历九年），永历帝鉴于与郑成功势力相隔遥远，特别批准郑成功设置六官及察言、承宣、审理等官方便施政，并允许他委任官职，武官可达一品，文职可达六部主事。郑成功每次拜封官员时，都会请宁靖王朱术桂等明朝宗室在旁观礼，以示尊重体制。郑成功还将厦门（当时称中左所）改名为“思明州”，并建造演武亭，以便亲自督察官兵操练。同年九月，清朝定远大将军、郑亲王世子济度率领三万大军入闽，准备进攻厦门。郑成功一方面巩固金门、厦门的防御，另一方面派遣部将率领舟师分别北上浙江、南下广东，使清军腹背受敌。
1656年（清顺治十三年，永历十年）四月，济度调集各路水师进攻厦门，在围头海域遭到郑军痛击，清军大败而归。郑军取得了泉州战役的胜利。同年十二月，郑成功部队又在闽东北取得了护国岭战役的胜利。这些胜利进一步巩固了郑成功在东南沿海地区的地位，并为他日后收复台湾打下了坚实的基础。
八、北伐南京
1658年（清顺治十五年，永历十二年），郑成功计划进行一次大规模的北伐行动。他统率水陆军共计十七万人与浙东的张煌言会师，准备大举北伐。在进军长江之前，郑军舰队在羊山海域遭遇了强烈的飓风，损失惨重，不得不暂时撤回厦门进行休整和补给。
1659年（清顺治十六年，永历十三年），郑成功再次率领大军北伐。这一次，郑军与张煌言的部队顺利进入长江，一路势如破竹，接连攻克了镇江和瓜洲，取得了定海关战役、瓜洲战役和镇江战役的胜利。郑军包围了南京，开始了江宁白土山之役。与此同时，张煌言部也收复了芜湖一带的十多个府县，一时之间江南震动。
然而，在南京之战中，郑成功不慎中了清军的缓兵之计，意外遭到清军的突袭，导致郑军大败，损失惨重。在这次战役中，包括甘辉、万礼、林胜、陈魁、张英等多位郑军的重要将领阵亡。郑成功兵败后，试图攻取崇明县，以作为再次进攻长江的阵地，但久攻不下，最终不得不全军退回厦门。南京之战是郑成功生涯中最辉煌的一役，但却以大败告终，这对他的反清大业造成了严重的打击。
1660年（清顺治十七年，永历十四年），郑成功在福建海门港（今龙海东）与清军进行了一次关键性的战役。在这场战役中，郑军歼灭了清将达素率领的四万余人的水师，取得了厦门战役的胜利，使得郑成功的声望再次回升。
九、驱荷收台
1661年4月（清顺治十八年，永历十五年农历三月），在经历了多次抗清斗争后，郑成功决定采取一项重大举措——收复台湾。此前，郑军一直在东南沿海地区辗转作战，多次帮助明朝宗室与民众渡海定居台湾及东南亚各地，并通过海外贸易筹备粮饷。然而，北伐南京的失败使得郑军元气大伤，且面临军粮不足的问题。为了解决大军的后勤给养问题，郑成功决定收复由荷兰殖民主义者占据的台湾岛。
1661年4月，郑成功留下儿子郑经防守厦门、金门，亲自率领将士二万五千人、战船数百艘，从金门料罗湾出发，经澎湖，横渡台湾海峡，向台湾进军。荷兰在台湾岛西南部建立了两大防御要塞：位于大员（今台南市安平区）的热兰遮城和位于台江内陆赤崁地方（今台南市中西区）的普罗民遮城。郑军进入澎湖海域时遭遇狂风暴雨，但郑成功果断命令大军连夜破浪前进。4月初一，郑军利用海水涨潮的机会，由鹿耳门水道进入台江内海，并在禾寮港（今台南市北区开元寺附近）登陆。郑军随即在台江海域与荷兰军舰展开海战，击沉荷军舰赫克特号，取得台江内海控制权，并在北线尾地区击败荷兰陆军，以优势兵力包围普罗民遮城。不久，于4月初五迫使普罗民遮城守军投降。
在取得普罗民遮城后，郑军随即从海、陆两面围困热兰遮城。起初，郑成功试图胁迫荷兰军队投降，但遭到荷兰大员长官揆一的拒绝。郑成功随后下令强攻热兰遮城，但由于强攻未果，加之大军粮食短缺，他被迫改变策略，派出大部分军队至南北各地屯田、征收钱粮，以解决大军乏粮的问题，并对热兰遮城采取长期包围的战略。
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