同年三月，郑军抵达广东大星所（今广东惠东）。此时，清福建巡抚张学圣得知郑成功主力远赴广东，厦门防务空虚，便命令马得功、王邦俊等趁机攻击厦门。马得功挟持了郑芝豹，利用他的身份获得了船只，顺利渡海攻击厦门。面对清军的突然袭击，负责厦门防务的郑芝莞没有做好充分准备，只顾着将个人财物转移至私人船上逃亡。这使得清军轻易地攻破了厦门，并将郑家的财富和装备洗劫一空。郑成功的妻子董夫人与长子郑经只来得及带着祖宗牌位逃离，避免了被俘。
清军得手后并未打算长期驻守厦门，而是迅速撤离，满载战利品返回内陆。此时，郑鸿逵率军赶来支援厦门，正好在海面遭遇返航的马得功部队。但由于马得功威胁要伤害郑鸿逵的母亲和兄长（郑芝龙），郑鸿逵被迫放走了马得功。
不久，郑成功在广东得知厦门被袭的消息。原本他想继续南下勤王，但因士兵思归心切，最终决定返回厦门。收复厦门后，郑成功追究责任，将胆怯逃亡的叔父郑芝莞斩首示众，而郑鸿逵则主动交出兵权，退隐东石镇白沙，不再过问政事。
同年五月，郑鸿逵麾下的大将施琅因叛变事泄而擅自处决了郑成功部将曾德。郑成功以此为由想要诛杀施琅全家。施琅在友人的帮助下逃脱，但他的父亲和弟弟都被处决。自此，施琅与郑成功结下了不解之仇，决定重新降清。
六、相持局面
1651年（清顺治八年，永历五年）下半年，郑成功在闽南地区发动了一系列军事行动，逐渐巩固了自己在这一区域的地位。在小盈岭、海澄等地，郑军取得了磁灶战役、钱山战役和小盈岭战役的胜利，收复了平和、漳浦、诏安、南靖等地。随着这些胜利的到来，郑军的声势日益高涨，包括定西侯张名振在内的多位将领前来投靠。
1652年（清顺治九年，永历六年）正月，郑成功在海澄地区取得了另一项重要进展，清军海澄守将赫文兴投降。二月，郑军开始进攻长泰县。面对郑军的攻势，清朝派遣陈锦率领大军前来救援。两军在江东桥展开了一场激烈的战斗。郑成功凭借对闽南地形的熟悉，在江东桥附近布设了大量伏兵，最终大败陈锦，歼灭了大部分清军，取得了江东桥战役的胜利，并随即攻克了长泰县。
攻克长泰之后，郑成功集结大军进攻漳州府城，将之重重包围。同年四月，为了缓解漳州的压力，清军决定从海上进攻厦门，企图迫使郑成功回师救援。为此，清军集结了百艘船舰，向厦门发起进攻。郑成功派遣陈辉、周瑞等将领率领百余艘战舰迎击，双方在崇武海域爆发了激烈的海战。郑军在这场海战中大获全胜，从而确保了对漳州府城的持续围攻。
漳州府城的守军表现出了顽强的抵抗，使得郑军的围攻持续了超过半年的时间。长时间的围困导致城内水粮枯竭，士卒和平民饥饿致死的情况层出不穷。史料记载，城中出现了极其悲惨的情景，军民互相争夺食物，甚至出现了人吃人的极端情况。
同年九月，清军将领固山额真金砺率领大军抵达福建，并进入泉州府。面对强敌，郑成功下令解除对漳州的围困，以便集中力量对抗金砺。郑成功将部队部署在漳州龙溪古县，意图复制先前击败陈锦的方式，使用伏兵战术对付金砺。然而，金砺的军队识破了郑军的计谋，两军展开了一场混战。在这场战斗中，郑军损失惨重，多名将领阵亡，最终不得不撤退以确保海澄和厦门的安全。清军乘胜追击，收复了南靖、漳浦、平和、诏安四县。
1653年（清顺治十年，永历七年）四月，金砺再次进犯海澄。在激烈的战斗中，郑军遭受了重大损失，许多部将牺牲。面对严峻的形势，郑成功亲自上阵鼓舞士气，甚至险些遭到清军炮火的直接打击。五月，郑成功发现清军的火药和粮食供应出现问题，于是设计诱敌深入，待清军大举渡河之际，发动火攻，大破金砺的军队，取得了海澄战役的胜利。这场胜利不仅保住了海澄的安全，也使得金砺被清廷召回京城，双方再度进入了相持的局面。
七、力拒清廷
1653年（清顺治十年，永历七年）五月，郑成功在海澄战役中大败清军将领金砺之后，双方进入了短暂的相持阶段。同年八月，双方在泉州府安平报恩寺内进行了一次议和，郑军得以暂时休兵，筹备粮饷，整顿军备。然而，清廷并未放弃招降郑成功的努力。同年十一月，顺治帝再次敕封郑成功为“海澄公”，并承诺给予泉州府之地安置兵将，但郑成功仍旧拒绝接受。
1654年（清顺治十一年，永历八年），郑成功继续坚持抗清。这一年，定西侯张名振见清军主力集中在福建，认为江浙等地的防务空虚，于是请求郑成功派兵北上。张名振率领百艘战舰北上，图取江南地区，一度攻至金山寺，威胁南京城。然而，由于后援接济不及，最终不得不回师。同年的二月，清廷再次派遣使者与郑成功议和，提出给予兴化、泉州、漳州、潮州四府地方的条件，但郑成功以“兵马繁多，非数省不足安插”为由，再次拒绝了清廷的提议。同年八月，清廷再次派遣使者进行谈判，郑成功的亲弟弟郑渡、郑荫也在使者之列。郑成功认为清廷并无诚意，表示“我一日未受诏，父一日在朝荣耀”，又一次拒绝了清朝的条件，坚持抗清。
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