1638年，皇太极决定讨伐喀尔喀蒙古，多尔衮被留驻国内负责留守事宜。期间，他修建了辽阳都尔弼城，并将其命名为屏城，同时还修建了一条从盛京到辽河的道路。同年八月，多尔衮被任命为“奉命大将军”，率领大军南征明朝。这次南征兵分两路，其中一路由多尔衮亲自率领，从墙子岭、董家口入关，横扫山西，攻陷济南，并在战斗中杀死了明朝宣大总督卢象升。随后，多尔衮率军北掠天津、迁安等地，最终于1639年三月返回盛京。在这次战役中，清军共攻陷36座城池，招降6座，俘获人畜26万。
1640年六月，多尔衮与豪格被派遣到义州，代替济尔哈朗驻扎，负责屯田并骚扰锦州。在接下来的一年里，多尔衮和豪格每三个月与济尔哈朗、阿济格轮换围困锦州。1641年三月，由于围困锦州不力和遣兵回家等行为，多尔衮被皇太极贬为郡王，并被罚银一万两，剥夺了两牛录户口。同年八月，皇太极亲自出征松山，与明朝将领洪承畴决战。在这一关键战役中，多尔衮与豪格被要求调兵合围松山、杏山。尽管多尔衮与豪格起初并不赞同，但最终遵照皇太极的命令行事。松锦之战后，多尔衮于1642年七月恢复了和硕睿亲王的爵位，但这场战役也给他留下了长期的健康问题。
在行政管理方面，多尔衮被赋予了极大的权力。皇太极在改革官制时，将六部之首的吏部交由多尔衮负责。多尔衮推荐了希福、范文程、鲍承先、刚林等文臣担任要职，利用他们的才智治理国家。他还建议对政府机构进行重大改革，确立了八衙官制，并负责文臣武将的晋升和任命。通过这些职务，多尔衮锻炼了自己的行政管理能力，为后来的摄政打下了坚实的基础。
四、拥立幼帝
1643年八月初九，清太宗皇太极在盛京清宁宫突然去世，他生前并未明确立嗣。这一突发事件引发了一场关于继承人的激烈争夺。此时，代善的两红旗势力已经有所削弱，而皇太极的长子豪格则成为了一个有力的竞争者。豪格不仅军功卓着，而且在皇太极称帝之初就被晋封为肃亲王，掌管户部事务，地位与几位叔辈相当。由于豪格在两黄旗中的地位，两黄旗大臣普遍希望由皇子继位，以保持两旗的优越地位。
另一方面，多尔衮凭借自身的文武才能以及背后的支持者——两白旗和两位勇猛善战的兄弟，也成为了一位强有力的候选人。除了两白旗的支持外，正红旗、正蓝旗和正黄旗中也有部分宗室暗中支持多尔衮，使得他在权力争夺中占据了有利位置。镶蓝旗主济尔哈朗虽然不大可能直接参与竞争，但他倾向于哪一方将会对局势产生重大影响。
在这一关键时刻，多尔衮面临着巨大的挑战。一方面，两黄旗的反对声音十分强烈，另一方面，多尔衮自立为帝的条件尚未成熟。1643年八月十四日，礼亲王代善、郑亲王济尔哈朗、豫亲王多铎、睿亲王多尔衮等宗室成员齐聚崇政殿，讨论皇位的归属问题。在激烈的辩论中，矛盾主要集中在豪格与多尔衮之间。双方相持不下，无法达成共识。
在这种情况下，多尔衮提出让皇太极的第九子、年仅六岁的福临即位。这一提议得到了大多数人的支持，特别是代善和其他几位王爷。最终，代善等宗室成员共同奉福临为帝，各王贝勒大臣共同签署誓书，昭告天地，宣布以郑亲王济尔哈朗和睿亲王多尔衮辅政，改元顺治。
多尔衮的这一方案在客观上避免了八旗之间的内乱，同时也确保了上层统治集团的基本一致。为了稳固新的统治格局，多尔衮随后处决了劝他自立为帝的郡王阿达礼和贝子硕讬，并肃清了反对这一格局的豪格及其下属。多尔衮的权势也在这一过程中不断攀升，济尔哈朗谕令诸大臣，凡事先向睿亲王多尔衮汇报，文书中的签名也以多尔衮为先。
1644年四月，顺治帝在笃恭殿拜多尔衮为大将军，并亲自赐予大将军敕印，令他统率大军南下，开始了与李自成和南明争夺天下的征程。
五、定鼎燕京
1644年，顺治帝即位时，关内正处于一片混乱之中。李自成领导的农民起义军于同年三月攻克了北京城，导致崇祯帝自缢于煤山，结束了明朝长达276年的统治。然而，李自成的政权并未稳定，四月初四日，吴三桂在山海关叛明，并向清朝请求援助。
面对这一局势，内院大学士范文程向多尔衮进言，指出这是夺取中原的绝佳时机，应当立即出兵。范文程强调，清军必须改变以往的屠戮抢掠政策，要争取民心，因为“战必胜，攻必取，贼不如我；顺民心，招百姓，我不如贼”。多尔衮接受了范文程的建议，并同意了吴三桂的请兵请求。
李自成得知吴三桂叛变后，于四月十三日亲自率领部队前往山海关，意图讨伐吴三桂。然而，李自成仍然抱有一丝招降吴三桂的侥幸心理，因此行军速度缓慢，直到十九日才到达山海关附近。在此期间，吴三桂已经派出使者向清军求援，并于四月十五日见到了多尔衮，递交了吴三桂的信函，表示愿意割地酬谢清军的援助，但尚未明确表示投降。
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