早在室町幕府统治时期，越后守护上杉家与府中长尾家之间是有着千丝万缕的关系。
在南北朝之时，室町幕府的首任征夷大将军足利尊氏就派遣自己的从兄弟上杉宪显（山内上杉家之祖）率军进入北陆道诸国讨伐南朝方的势力。
上杉宪显也因功获任关东执事（关东管领）的役职，负责辅佐镰仓公方管理整个关东；另一方面，上杉一族又分别担任了东国各地的守护职，控制地方。
关东管领的主要职责是辅佐镰仓公方在其治内的政务。具体事务有三项：第一，根据镰仓公方出具的御教书发出奉书和施行状（室町时代专指免除段钱和授予守护不入特权的文书）；第二，担任镰仓公方及其治内诸侯与室町幕府的交流中介；第三，受理镰仓公方所领收入的有关诉讼，并选定镰仓公方下属机构的管理人员。
可关东管领的权力来源不是镰仓公方，而是在京都的征夷大将军。
在南朝天授五年、北朝康历元年（1379年）发生的“康历之变”中，受镰仓公方足利氏满之命上洛的上杉宪方就是在伊豆获得当时的征夷大将军足利义满任命他为关东管领的御内书后，返回镰仓，迫使足利氏满取消了上洛干预幕府的计划。
在足利义满仿照公家的五摄家（有资格担任摄政关白一职的近卫、九条、鹰司、一条、二条五家）、七清华（地位仅次于五摄家、有资格担任太政大臣的久我家、三条家、西园寺家、德大寺家、花山院家、大炊御门家和今出川家。江户时代又增加了醍醐和广幡家两家家）家格设立的三职（担任室町幕府管领一职的细川京兆家、斯波武卫家和畠山吾家三管管领家）七头（担任室町幕府侍所所司的四职，即丹后一色氏、但马山名氏、播磨赤松氏和北近江京极氏四家，以及担任侍所头人的美浓土岐氏、担任政所执事的山城伊势氏和担任关管领的上上杉氏。）中，关东管领上杉氏就名列七头之一。
在这种一仆二主制的结构下，关东管领就成了室町幕府遏制镰仓府的第一道关口。
其中，山内上杉家（上杉氏一门总领）世袭上野和伊豆守护，有时兼任相模守护、武藏守护；扇谷上杉家世袭武藏守护，有时兼任相模守护；越后上杉家世袭越后守护；犬悬上杉家世袭上总守护。因此，镰仓公方在关东八国行使权力时，必须要依靠上杉一族的支持。
作为上杉家笔头重臣的长尾一族是出自相模国镰仓郡长尾乡，该地的御灵宫更是长尾一族祭祖的地方。
长尾景忠（白井长尾家、足利长尾家之祖）作为上杉宪显的重臣，也随上杉宪显一同进入越后，并转战北陆道诸国以及关东八国，立下了赫赫战功，甚至还因此被足利尊氏许可使用二引两的旗印。
之后，长尾景忠的子嗣大都被任命为关东八国的守护代，而其弟长尾景恒（长尾景春）则是留在了越后，担任越后守护代，负责辅佐担任越后守护的上杉宪显之子上杉宪荣。
而长尾景恒为了稳固自身在越后的权势，先后将子嗣入驻鱼沼郡坂户城、蒲原郡三条城、古志郡栖吉城，并让他们世袭代官、郡司等职。这就是鱼沼郡的上田长尾家、蒲原郡的三条长尾家（府中长尾家）、古志郡栖吉长尾家（古志长尾家）的来源。
至于上条家，家祖为上杉宪显之孙上杉房方之子上杉清方。
上杉清方在其兄上杉宪实隐居之后，兼任山内上杉家当主，并出任关东管领、武藏守护等役职。之后，还节制长尾忠政（山内上杉家家宰）、长尾景仲（武藏守护代）等诸将于结城合战中讨伐谋反的关东公方（镰仓公方）足利持氏，使关东八国恢复了一段时间的静谧。
当时越后一国下辖七个郡，是位于扶桑北部沿海的一个狭长令制国，北起念珠关，南迄“亲不知子不知”，领国面积仅次于陆奥、出羽、信浓等国。
越后一国在地理上可以细分为上越、中越、下越。上越有颈城郡，中越有鱼沼郡、刈羽郡、古志郡、三岛郡（析刈羽郡、古志郡各一部而置），下越有蒲原郡、岩舟郡（岩船郡）。
而越后一国之中人口最为稠密、农田最为肥沃、海运贸易最为发达之地则是位于上越颈城郡的府中平原。在这战国之世里，人口就是兵源，农田就是粮草来源，海运贸易就是军费来源。
前任越后守护上杉房能在继任家督以及越后守护职后，就决心扩大守护的权力，在明应七年下令停止守护不入权。此事受到了以长尾为景为首的诸多重臣强烈抵制。
永正四年（1507年）正月十七日，长尾为景为其父长尾能景复仇开始攻打越中，而上杉房能则开始为讨伐长尾为景准备资金。八月，长尾为景先发制人，拥立上条上杉家家督上杉定实为新任越后守护，攻打上杉房能的府中御馆。
上杉房能不敌，在逃跑的路上于天水越切腹自尽，殉死者多达数百人。
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