经此一役后，越后七郡的秩序大乱。
永正四年九月，下越扬北众的本庄时长、色部昌长、竹俣清纲等有力国人领主举兵反对上杉定实继任越后守护。
长尾为景依靠安田家、中条家、筑地家等其余扬北众国人领主的支持，又因为上杉房能之兄、关东管领上杉显定增援越后的节点沼田城和白井城被叛将长尾景春所占据，所以经过一年多的战争，最终平定了本庄时长、色部昌长、竹俣清纲等人的叛乱。
永正六年（1509年）十一月六日，室町幕府发出御内书，补任上杉定实为越后守护，并命令长尾为景悉心辅佐。
永正七年（1510年），上杉显定终于将长尾景春赶到了利根川以东的不动山馆。七月二十八日，上杉显定联络越后国薭生城主平子左卫门佐为内援，率领上野众八千余军势攻入越后，一举占领了越后的上越和中越地区，上杉定实和长尾为景寡不敌众，不得不率残部逃入越中并辗转至佐渡来躲避山内上杉家的兵锋。
逃到佐渡以后，长尾为景就以上杉定实的名义联络京都幕府。获取幕府的支持后，长尾为景又先后获得了奥信浓诸将和佐渡诸将的支持，向越后发起大规模反攻，将山内上杉家的势力赶出了越后，关东管领上杉显定被长尾为景、高梨政盛两军夹击，以及上田长尾家倒戈之下被迫自尽。
重新夺回越后主导权的长尾为景不断加强着自己的权力。
享禄元年（1528年）十二月十二日，长尾为景被时任幕府将军足利义晴授予允许使用白伞袋、毛毡鞍覆等仅限于守护和御供众使用的物品。最早是由将军足利义稙授予越前守护代朝仓孝景，之后这成了幕府授予守护代守护权力的证明。
至此，长尾为景就拥有了和守护上杉定实相同的家格。
长尾为景的行为很快遭到越后国人领主的反抗。享禄三年（1530年）十月六日，上杉定实之弟、上条上杉家当主上条定宪起兵讨伐长尾为景，史称“享禄·天文之乱”。
享禄四年（1531年）正月，越后除上条家以外的上杉一门与扬北众等十八人联名组成一揆，加入上条定宪的讨伐军。二月，将军足利义晴下达了禁止与上条定宪合力的御内书。一时，上条定宪被压制，不得不向长尾为景求和。
到了六月，形势发生了变化，被长尾为景倚为后盾的幕府将军家发生了变故。拥立将军足利义晴的管领细川高国在摄津尼崎被细川晴元和三好元长联军击败。细川高国被俘后被勒令自尽，足利义晴逃到了近江国坂本的长光寺。消息传到越后之后，长尾为景的支持者也随之发生了变化。
天文二年（1533年）九月二十六日，上条定宪再次向长尾为景举起反旗。
虽然上条军一度处于劣势，自家的居城上条城也被烧讨。
但是，随着时间进入了天文四年，上条定宪成功地将上田长尾氏与其旗下的上田众、妻有众和薮神众拉入了自己一方，并下令己方的宇佐美定满、大熊政秀等将做好发起反击的准备。
六月十三日，长尾为景派兵围攻琵琶岛城。十九日，上条定宪趁着长尾为景围攻琵琶岛城之际又拉拢了扬北众中的本庄房长、水原政家和色部胜长等人，并展开了反击。
八月十二日，在“享禄·天文之乱”中一直保持中立的平子弥三郎在中条藤资和黑川清实的劝诱下加入了守护方。
到了年末，南出羽庄内的大宝寺氏和砂越氏、南陆奥会津的芦名氏也先后加入了守护方。
天文五年四月十日，上条定宪于越后三分之一原因柿崎景家的倒戈而被讨取。
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