东土默特部归附后金后，多次参与明清之间的战争，还西征察哈尔、东征朝0鲜，北征索伦部、虎尔哈部。多尔衮率清兵入关后，虽然嫩科尔沁部、阿鲁科尔沁部绝大部分人随多尔衮入了关，但毕竟还有少部分人留守在草原，而东土默特部为了向清廷表忠诚，固穆、善巴竟然率全体东土默特部人入关了。因此关宁军、征西军路过巴彦和硕、翁合时，没有见到一个东土默特人。
留在土默川的土默特部就被称为“西土默特”，也称土默特本部。俺答汗为了逼迫大明向他开放边市，率土默特部、鄂尔多斯部多次劫掠我边境，仅进攻大同的次数就达45次，我军战死的高级将领就有十多名，如都指挥使（正二品）王纲，参将（正三品）关山、张国辅、郑东，指挥使（正三品）殷隆、赵源、赵镗、周岐，被劫掠的人口达20多万。当时的三边总督曾铣多次奏请收复河套，可奸臣严嵩竟然诬告曾铣，嘉靖皇帝也不问青红皂白，听信了严嵩的谗言，于嘉靖二十七年（1548年）把曾铣和主战的另一位内阁大臣夏言杀了，此后朝廷内再也没人敢提收复河套的事。
嘉靖二十九年（1550年），俺答汗再次率土默特人部、鄂尔多斯部进攻大明，在大同击杀了前往阻击的总兵张达，随后东行，自古北口入长城，经密云、怀柔、顺义，兵临京师安定门下。这是自土木堡之变后，蒙古人再次兵临北京，朝廷被迫给俺答汗送去了大量银两、珠宝、玉器，俺答汗拿到银两珠宝，在京城烧杀抢掠够了后，才退兵，史称“庚戌之变”。后来，土默特人又多次入关劫掠，直到隆庆五年（1571年），在俺答汗妻子三娘子的努力下，大明才与土默特达成协议，大明与土默特休战，大明封俺答汗为“顺义王”，向土默特人开放边市。此后，直到林丹汗征服土默特之前，大明与土默特人很少再有战事。
噶尔图去世后，西土默特部由其长孙卜失兔（也称博硕克图汗）统领。
鄂尔多斯部的衮必里克有9个儿子，他按照蒙古人的传统，将12个鄂托克分封给9个儿子。嘉靖二十一年（1542年）衮必里克去世后，由长子诺延达喇（又称吉能）继承鄂尔多斯部首领。诺延达喇继位后，鄂尔多斯部发展出了4个集团和12个鄂托克，4个集团是扣克特、失保嗔（也称锡包沁）、乌喇特（也称乌拉特）、唐古特，是鄂尔多斯部的核心，12个鄂托克是达拉特、杭锦、伯速特、乌审、伯特金、哈里古沁、浩济特、克烈（也称克里野斯）、察哈特（由察哈特、明阿特组成）、科尔沁（由科尔沁、忽雅古沁组成）、郭尔沁、阿玛海。此时，鄂尔多斯部与土默特部保持着联盟关系，全力支持俺答汗进行的对内对外战争。俺答汗与大明结盟后，在他的请求下，大明同意向鄂尔多斯部开放边市，并封诺延达喇为都督同知。隆庆六年（1572年），诺延达喇去世后，由长子布延巴图尔鸿台吉继承鄂尔多斯部首领。次年，布延巴图尔鸿台吉率部随土默特部进攻卫拉特蒙古，击败了辉特部，不久布延巴图尔鸿台吉被收降的辉特部首领额色勒贝所杀。布延巴图尔鸿台吉死后，由长子卜失兔（也称博硕克图汗，与土默特部的首领同名）。鄂尔多斯部的博硕克涂(卜失兔)后因信奉佛教，得转金轮匝噶喇斡尔第彻辰济农汗称号（简称彻辰济农汗、车臣济农汗）。彻辰济农汗继位后，认为与土默特部比起来，明朝对他封赏不均，于是在万历十五年（1587年）不顾母后的劝告，与大明重开战端，被明军屡次打败，损失惨重，自己也受了伤。天启六年（1626年）彻辰济农汗去世后，由长子额璘臣继承鄂尔多斯部首领。
天启七年（1627年），皇太极率清兵及科尔沁部联合出击林丹汗，林丹汗知道自己不敌皇太极，就让多罗特部留守察哈尔旧地，自己率数十万部众西迁右翼，年末进攻喀喇沁部，接着进攻土默特部左翼，攻陷了归化城。崇祯元年正月，林丹汗又扫荡了蒙古永谢布部，此后东部永谢布部溃散，就不再存在了。林丹汗摧毁永谢布部后，又在归化城再战喀喇沁部，获得了胜利。崇祯二年（1629）年，林丹汗进攻土默特右翼，缴获了土默特部卜失兔的金印。西土默特部的卜失兔（也称博硕克图汗）遂西遁后套平原，躲到了鄂尔多斯部，不久就死在了那里。卜失兔死后，其子俄木布继承土默特部首领。不久，林丹汗又向西进攻鄂尔多斯部，鄂尔多斯部不敌，额璘臣不得不率部向林丹汗投降，被他收留的土默特部残部也在俄木布的率领下投降了林丹汗。
林丹汗收服土默特部、鄂尔多斯部后，在成吉思汗陵前举行庄严的仪式，宣称自己为全蒙古的“林丹巴图鲁汗“。崇祯十年（1631年），林丹汗为了夺回阿鲁科尔沁蒙古各部，遂兴师进攻阿鲁科尔沁部，阿鲁科尔沁部在后金的支援下，击败了林丹汗，林丹汗并没有获得预期的战果，仅仅带走了色棱阿巴亥的部分属民。这是林丹汗在漠南的组织的最后一次大规模军事行动。
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