当时土默特部有7个鄂托克，分别是多伦土默特（也称多罗土蛮）、蒙古勒津（也称满官嗔）、巴林、茂明安（也称麻古明安、毛明安）、杭锦、达拉特（也称打郎）、布格勒斯（也称布喀勒斯），也即土默特部是由多个部落组成的联盟，其中多伦土默特鄂托克是本部，而布格勒斯鄂托克又是由布格勒斯、依德、依客、撒尔珠特、吉尔肯等小部落组成的小联盟。
正德十二年（1517年），达延汗去世后，由巴尔斯博罗特继承汗位。
正德十四年（1519年），巴尔斯博罗特也去世了，按照蒙古草原古老的传统，蒙古右翼对牧地和部众又一次进行财产、土地的分封。
巴尔斯博罗特的长子衮必里克分得鄂尔多斯万户，他的手下也有十二个鄂托克，分别为失保嗔（也称锡包沁）、乌拉特（也称乌喇特）、达拉特、杭锦、乌审、诺木达尔（由卫新、百速特二部组成）、布扬浩（由伯特金、哈里古沁二部组成）、畏0吾儿、阿玛海、班尔扎（由浩济特、克列两部组成）、察哈特（由察哈特、明阿特二部组成）、科尔沁（由科尔沁、忽雅古沁二部组成）。
巴尔斯博罗特年仅13岁的次子俺答汗（也称阿勒坦汗）分得了土默特万户的大部分，并增加了畏0吾儿（也称畏0吾儿沁）、乌审（也称兀慎、乌古新）、巴岳特（也称叭要、摆要）、乌鲁特（也称兀鲁）、弘吉剌特（也称王吉喇）五个鄂托克，这样俺答汗手下有了12个鄂托克。
巴尔斯博罗特的其他后裔领有少部分土默特牧地。
正德十六年（1521年）达延汗的长孙博迪继承了汗位。在东蒙古平叛兀良哈部叛乱及在西征卫拉特部中，土默特部、鄂尔多斯部功勋卓越，俺答汗被封为“索多汗”，衮必里克被博迪汗授予“墨尔根汗”。
后来，土默特部在长期的征战中，分为三部分，即青海土默特、东土默特、西土默特。
亦不剌到了青海后，大明在关西七卫中的蒙古王公纷纷投靠了亦不剌，这部分蒙古人被称为“西海蒙古”。嘉靖十一年（1532年）俺答汗西征青海，打败了“西海蒙古”，青海“永谢布部”消失，此后在相当长的时间里青海成了土默特部的‘飞地’，嘉靖三十九年（1560年），俺答汗为了保证自己及后代能自由来往于漠南、青海参拜活0佛，就把儿子丙秃及部分部众留在了青海，而俺答汗的侄孙、鄂尔多斯的宾图台吉留在了凉州的松山滩草原（今属甘肃天祝县），共有29名贵族留在了青海，这部分蒙古人被称为“青海土默特”。
土默特俺答汗的长子是辛爱黄台吉，也叫僧格，16世纪中叶，当察哈尔部南下控制了“兀良哈三卫”的北部诸部时，南部的朵颜卫并不愿归附察哈尔部，在领主恩克兄弟9人的带领下，携带着成吉思汗母亲诃额伦祭祀宫帐投奔了土默特部的俺答汗。俺答汗将恩克弟弟4人所部收为自己的属民，由长子辛爱黄台吉统领；将恩克兄弟另5人所部赐予其弟弟巴雅思哈勒昆都仑汗的喀喇沁部。土默特部为了管理投诚的朵颜卫，辛爱黄台吉、巴雅思哈勒昆都仑汗就携其子孙、部众向东迁徙。不过，随辛爱黄台吉东迁的土默特人中，并不都是“多伦土默特人”，绝大部分是土默特部落联盟中的“蒙古勒津人”。辛爱黄台吉来到东部后驻满套儿（也称满桃，今河北丰宁县一带），与朵颜卫一起游牧，原“兀良哈三卫”中的朵颜卫人就逐渐融入了土默特部，这部分土默特被称为“东土默特”。
从那时起，土默特部分成了三部，即东土默特、西土默特（本部）、青海土默特。
辛爱黄台吉于万历元年（1573年）被明朝封为“龙虎将军”，他有14个儿子，其中噶尔图（也叫赶兔、扯力克）、朝兔、土剌兔、土力巴兔、摆言、明安这6个儿子是辛爱黄台吉娶自兀良哈部朵颜卫诸妾所生，可见朵颜卫与土默特部的关系之深，朵颜卫中的很多首领成了塔布囊（与蒙古黄金家族通婚者的称号）。万历十年（1582年）俺答汗去世后，辛爱黄台吉回到了归化城，继承了土默特部首领和“顺义王”位，留在东部的土默特部由辛爱黄台吉的长子噶尔图统领。
辛爱黄台吉回归化城后，将布格勒斯部分给了第五子苏弥尔岱青黄台吉（也称松木儿），驻宣府边外的察哈揉尔（今商都县察汗诺尔），松木儿的第四子长大后去了西0藏，成了第四世达0赖0喇0嘛云丹嘉措。
万历十三年（1585年），辛爱黄台吉也去世了，由其长子噶尔图继承了土默特部汗。万历三十五年（1607年），噶尔图去世后，东土默特部由噶尔图的长子鄂木布楚琥尔统领。17世纪20年代，林丹汗为了统一蒙古各部，首先对东土默特发起了进攻，鄂木布楚琥尔率东土默特部进行了抵抗，无奈不敌林丹汗而失败，迫于这种情况，鄂木布楚琥尔于崇祯元年（1628年）归附了后金。崇祯三年（1630年），鄂木布楚琥尔奉皇太极之命，与塔布囊善巴一起，率东土默特部从游牧地满套儿（今河北丰宁县）启程，沿着长城开始东迁到翁合地区（今朝阳、阜新、北票一带）。崇祯八年（1635年），后金封鄂木布楚琥尔为札萨克，把他所管辖的部众和牧地编为土默特右翼旗，驻地在巴彦和硕（今北票附近）；封塔布囊善巴为札萨克，把他所管辖的朵颜卫和牧地编为土默特左翼旗，驻地就在翁合（今阜新）。同年鄂木布楚琥尔就去世了，由鄂木布楚琥尔的长子固穆袭札萨克。
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