明崇祯初年，陕北地区饥荒严重，民不聊生，马进忠于是率众起义于陕北，号“混十万”。
数年之后，在明军大将左良玉的追剿和引诱下，最终被迫选择投降明军，隶左良玉部，后来多有战功，历官副总兵、都督同知。
明朝覆灭后，马进忠不愿意随从左良玉之子左梦庚降清，便联合王元成、卢鼎等将，退屯于江、楚间。
后来，便归附于南明湖广总督何腾蛟麾下，屯大兵于岳州。
清将杨么进犯常德，时马进忠游食于沅江县，他原与杨么同在左良玉部下为将，故假与其通好，擒杨么斩之，收降其军。
马进忠因此升总兵官，挂将军印。
1647年，马进忠被永历帝封为武昌伯。
1648年，他克复常德，安抚吏民，修缮城廓、积草屯粮，准备长期坚守。
清军骑兵万余人马由荆、澧一线南攻，先击溃敌骑，继伏兵围歼敌水师，取得了南明抗清以来最大的胜利，被以功晋爵为武昌侯，加太子太保、左都督。
永历帝追记麻河战功，晋爵鄂国公，加太子太傅。
1650年夏，马进忠自八十里山出屯于兴安之西延镇。
是年冬，孙可望在贵阳，假诏敕称秦王，总统天下兵马，召马进忠，马进忠率全军附于孙可望。
1652年，李定国出云南，孙可望令马进忠随定国出师湖南，连战皆捷，大破清军，使南明抗清战局复振。
不过，因为孙可望暗中给李定国拆台，命令冯双礼撤军，冯军撤走，马进忠也随之而走，怒坑李定国一把，使得衡州战役没有取得最大效果。
因为马进忠等人的离去，使得李定国大军要孤军作战，李定国确实是百战名将，顶着尼堪大军的巨大压力，仍然将尼堪击毙，但因为所属兵力不足，只能无奈被迫放弃衡州。
不过也正因如此，马进忠被朝廷解除兵权，最终悲愤成疾，卒于贵阳，结束了自己的一身。
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