柔佛，在是大明在拿下吕宋后的重要目标。但王东在摸清楚了柔佛情况后也很清楚，大明要想用打吕宋的方式拿下柔佛倒也不是不可以，不过占住此地后，大明就会面对柔佛顽强的反扑，这对于大明在柔佛的通知，和未来以此控制住海峡的政策会造成矛盾。
所以，面对柔佛大明采取了令一种政策。由于柔佛王国原本就是大明的属国，而且现在的国王并非是柔佛王室血脉。这个国王之前只不过是前国王的首相罢了，是通过篡位上的台，所以从这点来讲，柔佛王的王位名不正言不顺。
再者，大明复国后，柔佛一直未有派使臣归顺大明，这也给了大明正当出兵的理由。当即王东就打起了替柔佛前王室复国，并且上国讨伐属国不臣的名义出兵，再加上柔佛原本就有不少华人居住，这么多年来这些华人早就和柔佛当地人融为了一体，在他们的宣扬之下，大义自然是站在大明这边，而如今的柔佛王只是野心勃勃的乱臣贼子罢了。
除此之外，王东还从民间找了一个号称是柔佛王室的遗孤，至于这个还不懂事的娃娃身份真假对于王东来讲并不重要，重要的是有这么一个棋子在手，大明就能理所当然地联合柔佛百姓和忠于前王室的臣子、将领、甚至军队，然后解决掉现在的柔佛国王，在名义上复兴真正的柔佛王室。
事实也是如此，在大明高举大义旗帜，还有前王室继承人在手的情况下，原本铁板一块的柔佛很快就从内部瓦解了。尤其是随着大明的舰队出现在柔佛，并且用大炮轰击城市，又派出陆战部队向柔佛王国展开进攻的时候，那位篡位者身边的支持人越来越少，而同时有更多的人转投向大明这边，投靠了他们所认为的真正的国王。
柔佛之战，前期准备足足花了好几个月时间，可当战争爆发后却很快就有了结果。当大明的将士踏上柔佛的土地一刻起，前后不到半个月的时间，众叛亲离的国王就被自己亲信所杀，而他的脑袋也成了以献给真正国王的礼物。
拿下柔佛，王东当众宣读朱怡成的圣旨，册封那孩子为柔佛国王，并授金印以示正统。同时，效仿之前的琉球故事，大明理所当然地在柔佛取得了军港和国内驻兵权，同时因为考虑到国王年幼，大明将派干臣以辅助国王，同时再由德高望重之人担任太傅。
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