随着王锡爵的到来，国本之争压倒了此前风头正盛的谤君案，一时之间成为京师百官的新焦点、
为此，京师局势自然也出现了新的动向。实学派官员们开始不顾寻常“规矩”，三番五次上门拜访高务实或者许国。在拜访高务实的官员中，甚至出现了张学颜与吴兑这两位阁臣的身影。
心学派的官员们也没闲着，包括申时行在内，都去了王锡爵的府上拜会，美其名曰是庆祝他起复回京，实际上自然是就近期的局势举行一个内部会议。
王锡爵在内阁排名虽然最末，但毕竟身份特殊，而且一来就抢足了风头，申时行也乐意给他这个面子，在这次会晤之中把绝大多数发言的机会都让给了他，看起来一副亲密无间、其乐融融的模样。
其实申时行与王锡爵虽然关系不错，但往日也并没有好到这个份上。但正如同《明史》中对他们两人个性的评价一样，“然时行柔和，而锡爵性刚负气。”
王锡爵幼时便好名，常有惊人之语，又因为是学霸，名头很是不小。昔日在高拱当政之后，他因为自己的耿直和端方之名，逐步引起了高拱的关注，把他从南京国子监司业转任北京国子监司业，不久升为右春坊右中允。
之后，因为一段时间以来王锡爵都表现得很正常，于是又是在高拱的主持下，将他升任为国子监祭酒和詹事府詹事等职。
尤其要提国子监祭酒一职，这是高拱自己当初做过的，他很重视这个位置，任命得很谨慎。若不是名声素佳、学问扎实之人，高拱是绝不肯乱给的。
不过，国子监祭酒就算是小九卿之一了，詹事府詹事也是一样。王锡爵到了这一步，大概是觉得自己翅膀已经硬了，开始暴露出他完全是心学派官员的一面，忽然上疏弹劾内阁忙于政争而懈怠政务，终于成功触怒了首辅高拱，被贬到南京翰林院掌院事。
当时高拱已经在高务实的帮助下击败张、冯联盟，完全掌握内阁，心学派没有人敢出手相助王锡爵，因此王锡爵老实了下来，也明白自己不可能和高拱硬刚，态度有所软化。
如此过去两年，高拱认为王锡爵应该是“想通了”，查其吏部档案，他在南京翰林院的表现也很优秀，于是高拱又把他调回了北京。
这次回京，只“锻炼”了一年左右，王锡爵就被高拱提拔为翰林院侍读学士之职，并依旧让他充经筵日讲官——彼时，王锡爵是日讲官中正式职务最高的翰林学官，正经的帝师地位就是这么来的。
本来，如果时间到此为止，王锡爵几乎就算是身在曹营心在汉的表现了，虽是持心学派立场的南榜官员，但偏偏又还挺得高拱器重。
可惜，此时已经到了万历六年，高拱突然逝世，实学派虽有郭朴接过权柄，但一时之间也要先稳住阵脚，顾不得太多其他事。
于是王锡爵又出来说话了，他看似非常公允地上了一道疏文，表示高拱在时，以首辅兼掌铨务，权力太大，不符合祖宗至意。不过考虑到当时高拱是顾命首辅而皇上年幼，这么做也还可行，然而现在既然顾命首辅已经身故，皇上的年纪也逐渐大了，这种兼任就不该继续下去。
因此王锡爵表示，请首辅郭朴辞任吏部尚书。
王锡爵的这一手其实很有想法，不仅道理说得过去，而且时机把握很好，郭朴虽然也是老臣，毕竟不像高拱那么刚直，这样堂堂正正的讲道理，是有可能说服他的。
然而王锡爵还是算漏了一些事。
皇帝虽然年纪逐渐大了，但其实也才十六岁，而且李太后当时根本不觉得皇帝能做得好，她那时候的说法是等皇帝三十岁再让首辅放权——这话估计不是真心话，但至少反应了李太后对皇帝“不成熟”的一种担忧。
在这样的情况下，郭朴又是“顾命辅臣”之一，凭什么不能兼任吏部尚书呢？高先生兼任了八年，难道出了什么乱子了吗？没有嘛！
于是两宫懿旨直接下给了郭朴，让他不准辞去兼职。
王锡爵的主意就此落空，不过经此一事，他就彻底洗脱了自己和实学派的瓜葛，正式被当做心学派大佬之一了。
申时行当时是深知这一幕的，也认为王锡爵是个很有想法的人，开始关注起他来，并很快打算力推，成就一段佳话。(因为申时行、王锡爵、余有丁是同年，而且是三鼎甲。)
可惜那时候郭朴的地位已经巩固，作为唯一还在任的顾命辅臣，申时行在他面前只有唯唯诺诺的份，于是王锡爵也就被卡死在了翰林院，根本挪不动位置。
王锡爵左等右等，觉得不是路，恰好其父病重，于是干脆借口回乡照顾老父，强行辞官而去了。
他这一去，一是避一避实学派的锋芒和对他的压制，二是借机养望。这一去倒也算成效显着，王锡爵的名声地位出现了大幅上涨——要不是他那女儿搞升仙一事对他略有影响的话，恐怕还能更成功一些。
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