李斯的谋划，如同浸毒的蛛丝，悄无声息地从丞相府蔓延而出，缠绕向正在急速扩张的格物总院及其触角所及之处。他深知，在始皇的密切关注和秦科手握的绝对权力下，任何直接、粗暴的对抗都是愚蠢的。他的“小麻烦”，精妙而阴损，旨在利用规则，制造裂痕，埋下隐患。
第一根毒刺，指向了命脉——资源运输。
河东郡，通往新建格物分司矿场的崎岖山道上。一支由格物总院持节吏员押运的车队，满载着从总院运来的、用于改进采矿和冶炼的精巧工具、标准量具以及一批急需的优质耐火砖。车队行至一处狭窄路段，前方竟被一场“意外”的、规模不大的山体滑坡阻塞了去路。
押运吏员焦急万分，督促随行民夫尽快清理。然而，负责这段道路维护的地方小吏却慢悠悠地出现，拿着竹简公文，声称此路段维护归属地方，需按流程上报郡守府，勘验损失，核定预算，方能调动劳役清理，否则便是“擅兴力役”，有违秦法。
任凭总院吏员如何出示金牌节钺，强调格物事务的优先性，那小吏只是躬身赔笑，口称“法度如此，下官不敢擅专”。公文旅行，层层报批，这一耽搁，就是整整五天。等到道路终于疏通，车队抵达矿场时，工期已被延误，而那股被精心算计的“效率”，已然受挫。
类似的事情，发生在不同线路的物资运输上。运往汉中分司的一批特制钢制齿轮，在漕运码头“恰巧”与另一支运送皇家贡品的船队档期冲突，被迫延迟发运；一批用于会稽分司船舶研究的珍贵楠木，在出库时被少府文书“发现”手续上存在一个小小的、以往可以被忽略的瑕疵，从而被暂扣核查……
这些手段，并未完全切断资源，却如同给狂奔的巨兽脚下不断投放绊索，使其无法全力冲刺，消耗着其精力与时间。每一处“意外”都看似合规合理，追查下去，最多只能处置几个无足轻重的小吏，无法直接牵连到更高层。
第二根毒刺，扎向了核心——人才与内部团结。
在格物总院内部，随着规模急剧膨胀，人员构成也愈发复杂。李斯授意下，一些背景微妙、心思活络的工匠，被“推荐”或通过其他渠道进入了总院。
这些人并非无能之辈，甚至在某些传统手艺上颇为出色。但他们带进来的，是旧行会的习气和固有的门户之见。在推行标准化、强调协作与知识共享的总院氛围中，他们显得格格不入。
“王师傅，您这榫卯做法，与总院颁布的《木工标准三》不符，请按标准修改。”一名年轻墨家子弟检查工作时提出意见。
那位被称作王师傅的老匠人，眼皮一抬，冷哼一声：“黄口小儿，老夫做了一辈子木工，这‘燕尾榫’就是这么做的！你们那什么标准，懂不懂老祖宗传下来的手艺？这榫头，就得带三分‘活气’！”
类似的争执在多个工组发生。这些老师傅们固守经验，对“标准”嗤之以鼻，认为那是外行指导内行。他们私下串联，形成小团体，对由墨家子弟和总院培养的年轻工匠担任技术骨干心怀不满，散播着“墨家余孽把持工院，排斥异己”的流言。
更阴险的是，有人开始暗中打听“火龙”炼钢法中关于温度控制的“诀窍”，或者试图复制船用蒸汽机的关键图纸。他们的目的并非学习，而是企图将这些核心技术窃取出去，或作为自己晋升的资本，或待价而沽。
黑娃带领的执法队察觉到了这些异常，处理了几起窃密未遂事件，但那种弥漫在部分工匠中的抵触情绪和暗中滋生的不信任感，却如同霉菌，在光鲜亮丽的总院内部悄然滋生。
第三根毒刺，最为致命，瞄准了格物体系的根基——信任。
这一日，一封来自北疆军前、加急送达咸阳的奏报，被悄然呈送到了嬴政的案头。奏报并非来自蒙恬等主将，而是一名负责军械接收的底层军侯。信中详细禀报：新近运抵边军的一批、由格物总院汉中分司制造的制式弩机，在例行校验中，发现部分弩臂强度不足，连续击发后有断裂风险；另有一批箭簇，规格与弩机卡槽存在微小偏差，影响了射击准度。虽未造成实战损失，但已引发部分将士对这批新式装备的疑虑。
几乎同时，河东郡守也送来一份“情况说明”，提及格物分司在当地推广新式犁铧，因过于追求“标准”形制，未充分考虑当地特殊的板结土壤，导致部分犁铧在使用中卷刃或断裂，引起数户农家的不满和索赔。
这两件事，单独来看，都算不上惊天动地。新工艺推广初期，出现瑕疵在所难免。但将它们放在一起，在李斯有意无意的引导下，呈现在嬴政面前时，其意味就变得不同了。
“陛下，”李斯在例行奏对时，语气平和，仿佛只是陈述事实，“格物之术，利国利民，其心可嘉。然，秦总监急于求成，摊子铺得过大，这标准推行、质量把控，难免有所疏漏。军国大事，农事根本，皆不容有失啊。长此以往，恐伤陛下爱民之心，损将士信赖之基。”
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