“深潜”基地的通讯在最后一声“请求立刻撤离”的嘶喊后，彻底被狂暴的电磁噪音吞噬，归于死寂。水下入口处，持续强光与不明巨物的异常举动，预示着深水危机一触即发。然而，就在林澈与核心层紧急磋商应对方案，防卫军进入最高警戒状态，整个方舟如同被拉满的弓弦之际，另一场并非源自外部敌人，而是来自内部高速运转、日益精密的管理机器自身的“阵痛”，也到了必须正视和调理的关键时刻。
法典颁布，架构成型，部门各司其职，效率提升显着。但硬币的另一面也随之显现：当五个职能清晰的庞然大物（防卫、内务、后勤、技术、外交）开始全力开动，为了各自的优先级任务争夺有限的资源——尤其是最核心、也最紧张的资源：人力时，矛盾与摩擦便不可避免地滋生、积累。
矛盾首先在具体任务的执行层面爆发。防卫部（老周）拿着林澈亲自批准的、紧急加固主据点及所有前哨防御工事的命令，要求内务与建设部（赵大山）立刻调派至少一百名最强壮的劳力，并优先供应建材。赵大山却苦着脸摊手：“老周，不是我不支持！‘第二居住区’二期地基刚挖了一半，停下来损失巨大！而且，王部长（王娟，后勤与生产部）那边天天催我派人去‘青禾站’抢收秋粮，说再不收就要烂在地里了！我手底下能调动的，总共就那么多能干重活的，拆了东墙补西墙啊！”
后勤与生产部（王娟）同样焦头烂额。秋粮丰收在即，但“青禾站”面积扩大，人手本就紧张，又抽调了一批去参加民兵训练和同盟联合培训。她不仅要抢收，还要协调“黑石堡”的煤炭运输、工坊的生产原料供应、以及日益增加的内部物资调配和贸易交割，忙得脚不沾地。对于防卫部和内务部的“抢人”行为，她虽然理解，但也难免焦虑。
更深层的矛盾，则在贡献积分制度的执行细节上发酵。法典确立了“多劳多得，贡献有价”的原则，但在实际操作中，如何精确量化“贡献”却成了难题。技术研发部（李爱国）下属的研究员、工程师，因为攻克了火药难关、改进了船只设计，获得了丰厚的奖励积分，晋升迅速。防卫军的精锐战士、战斗英雄，积分也水涨船高。内务部和后勤部的管理骨干，因统筹有功，积分也不低。
然而，那些在建设工地挥汗如雨、在码头扛包装卸、在农田面朝黄土背朝天的普通劳动者，他们的工作同样繁重、不可或缺，甚至风险不低（工地事故、搬运受伤），但积分增长却相对缓慢、固定。一些心直口快的汉子，在工间休息时忍不住发牢骚：“咱们累死累活，一砖一瓦地垒墙，一袋一袋地扛粮，积分涨得像蜗牛爬！那些在屋里写写画画的，摆弄瓶瓶罐罐的，动动嘴皮子的，积分蹭蹭往上涨！这公平吗？没有咱们流汗，他们那些图纸、那些药水，能变成房子和粮食吗？”
怨言虽未成势，但如同细小的沙砾，若不及时清理，也可能磨损精密的齿轮。民政部（内务部下设）的调解员们，开始频繁接到类似的抱怨。
林澈敏锐地察觉到了这些涌动在平静水面下的暗流。在初步敲定了应对水下危机（加强监控、疏散“深潜”基地非必要人员、但暂不采取直接军事干预）的紧急方案后，他立刻召集五大部门正副职，召开了一次坦诚而务实的“部门协调与制度完善会”。
会议没有在庄重的议事厅，而是在相对宽松的、摆着长条桌的会议室进行。林澈没有坐在主位，而是坐在长桌一侧，示意大家畅所欲言。
“今天不开战备会，开的是‘家务会’。”林澈开门见山，“家里日子好了，活多了，难免有磕碰。都说说，各自有什么难处，觉得哪里不顺，有什么想法。”
起初，大家还有些顾忌。但在林澈的鼓励和赵大山率先“诉苦”（人手紧缺、任务打架）后，会场气氛迅速活跃起来。老周抱怨防御工事进度因人手不足而滞后，王娟担忧秋粮抢收和物资调配的压力，连一向沉稳的吴远也委婉提出，情报分析和对外联络需要更专业、更有文化的人手，而目前这类人才大多被技术院“掐了尖”。
轮到李爱国发言时，他先是对各部门的支持表示感谢，然后话锋一转，提出了一个更“重磅”的请求。
“林队，各位同僚，”李爱国推了推眼镜，神情严肃，“水下的情况，大家都知道了。‘公司’的技术，神秘信号，还有‘蛟爷’笔记中提到的‘能量场’和驱赶巨兽的方法……这些谜团不解开，我们就是蒙着眼睛跟人打架，跟未知的自然力量对抗。我请求，从首批优秀学员和现有技术骨干中，抽调一批最顶尖、最有潜力的，组建一个‘特别技术攻坚项目组’。这个组不干别的，就专注于逆向‘公司’技术、破译神秘信号、研究‘能量场’原理！这需要集中最优秀的大脑，给予最高的资源优先权，甚至……可能需要调用部分本应投入生产和建设的物资和设备！”
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