随着弥彦死亡，长门继承他的意志，成为组织的首领。可他一改组织的行事风格，主张以暴制暴创造和平，从此这个组织便成了到处收集尾兽的恐怖暴力组织——晓。
听完长门的自述，鸣人有了自己的想法。他拿出自来也写的小说，说虽然现在痛恨长门，但愿意相信自来也，放下仇恨，实现真正的和平。
此言一出，长门嗤之以鼻，他根本不信自来也说的美好愿望，更不愿等待鸣人去实现。可听到鸣人的话，一股似曾相识的感觉涌来——他想起自己以前也曾这样说过，还为此奋斗了许久，只是遭遇变故后才放弃。如今再听这番话，长门被触动了。
他不知道的是，这些话是自来也以他为灵感创作的第一本书里主人公的自述。自来也想以此书化解人们心中的仇恨，带来和平。长门深受震撼，想起了以前的美好时光、自来也对自己的深信不疑，以及自己追求和平的初心。
看着鸣人如此坚定，长门质问他是否能坚持下去，是否会像自己一样，遭逢仇恨后放弃初心，选择用极端方式实现和平。
鸣人说，自己经历过许多痛苦：被周遭人歧视排斥，没能亲自带挚友回来，经历过失去之痛，腹内还有一只不稳定的“定时炸弹”。但他继承了自来也的意志，哪怕前方有再多苦难，都会坚持下去。
作为师兄的长门被鸣人的“嘴遁”打动，选择相信他。长门再次不顾小南的反对，使出“外道·轮回天生之术”，召唤出阎罗王，用尽全部力量复活了木叶村的所有人。至此，两位预言之子完成了命运的交接。
小南决定尊重长门的选择，带着两位挚友的遗愿退隐于雨隐村。而鸣人回村时累得快要跌倒，复活的卡卡西背起了他，接受全村人的掌声。鸣人终于成为村子的英雄，实现了儿时的愿望——得到村里人的认可。
只因带土要拿回长门的轮回眼，他找到了隐藏在雨隐村的小南。小南深知对方的目的，利用纸分身将带土引到了专属战场。她知道带土迟早会来，只是没想到这么快。带土不解：“为何长门和你会为鸣人背叛我，甚至为外人使用轮回天生之术？”
想起鸣人，小南看到了长门是如何被他一点点感动的。既然长门付出生命都选择相信鸣人，那自己也选择相信他，相信鸣人才是这个世界的光。
小南穿着晓组织的衣物，带土轻易粉碎了她的精神依赖，声称：“晓组织是我促使弥彦建立的，长门的轮回眼更是我给的，你们三人从头到尾都是我的棋子。”带土说小南太单纯，还小瞧了宇智波的写轮眼。
见带土如此挑衅，小南不再客气，直接使出“纸遁·纸舞”急速攻来，漫天纸片穿透了带土的身躯。小南深知带土的能力，想利用无数纸片抓住他的一丝破绽，可带土怎会不知？他顺势抓住藏在纸片中的小南，准备吸收她。没想到小南在自己身体的纸片里藏了一堆起爆符——她是故意被带土抓住，想拉着他一起自爆。但最后时刻，带土只把起爆符吸了进去，两人都保住了性命，却都伤势不轻：带土没了半只手，小南的查克拉也所剩无几。
见小南没了后续，带土准备“半场开香槟”，却没想到小南为他准备了一份大礼。
此时海里裂开一条巨缝，带土随即掉落下去。小南为他准备了六千亿张起爆符——小迪（迪达拉）看得眼泪都要流干了，自己拿命挣来的晓组织团费，全被小南花完了。
小南知道，带土在吸收或移动时会实体化，虚化也只能维持五分钟，于是她准备了能爆炸十分钟的起爆符。爆炸即将席卷之际，带土赶紧扯开左边的面具，露出写轮眼，使用“伊邪那岐”，颠覆了自己被炸死的结局。
小南本以为这样能解决带土，可没想到在她最放松的时候，带土从背后出现，用一根铁棍穿透了她的心脏。见小南疑惑，带土透露了更多往事：千手一族和宇智波一族本是六道仙人的血脉，各有能力；若有人能同时具备两者能力，便可使用能扭转生死的“伊邪那岐”改变战局。
小南忍痛撑着，临死之际，她依旧信任鸣人。此时，常年下雨的雨隐村迎来久违的阳光，小南沐浴在彩虹下，使出最后的力量，想为鸣人再做些事。她凝聚出一轮花圈扔向带土，被轻易避开；又扔出一个，刚刚飞出去的花圈折返回来，两轮花圈汇合引发爆炸，带土跳到空中躲开。小南再凝聚多个小花圈攻击，却被带土拿铁棍硬生生顶着杀到面前。
此时小南已无力反抗，带土一把掐住她的脖子，用幻术得知了长门的位置。小南最后的一张纸片随着大风轻轻飘落。梦回最初，师徒四人（自来也、长门、弥彦、小南）在此刻仿佛再次团聚。
解决小南后，带土拖着残缺的身体找到长门的遗体。看着长门脸上的微笑，带土嗤之以鼻，下一秒便把长门吸进了空间。眼下轮回眼已到手，带土将其移植到了左眼。稍作休息、修复身躯后，他找到了药师兜，决定根据鬼鲛用生命传来的情报，前去抓捕八尾和九尾。
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