师保卫战胜利后，于谦并没有放松警惕。他知道，瓦剌虽然撤退了，但实力并未受到根本性的打击，随时可能再次南下。因此，他继续加强边防建设，调集各地兵马，巩固京师的防御，同时整顿内政，恢复生产，稳定社会秩序。
而此时，另一个棘手的问题摆在了于谦和朝中大臣的面前——如何处理被俘的英宗朱祁镇。也先见挟持英宗无法达到攻占京师的目的，又想利用英宗来要挟明朝，于是派人送信给明朝，表示愿意将英宗送回，希望明朝派人前来迎接。
消息传到京师，朝中大臣们又陷入了争论。有人主张立刻派人迎接英宗回朝，认为英宗是大明的皇帝，理应迎回；有人则担心英宗回朝后，会与监国朱祁钰争夺皇位，引发宫廷内乱，主张暂时不要迎接英宗回朝。
朱祁钰的心情也十分复杂。他在京师保卫战期间，被大臣们拥立为皇帝，年号景泰。现在，他已经坐稳了皇位，自然不希望英宗回朝，威胁自己的地位。因此，他对于迎接英宗回朝的事情，一直犹豫不决。
“陛下，上皇乃大明之君，如今瓦剌愿意将上皇送回，我们理应派人迎接。若不迎接，不仅会被天下人指责我们不忠不义，还会让瓦剌有借口再次南下。”于谦说道。
朱祁钰皱了皱眉，说道：“于爱卿，朕也想迎接上皇回朝，但上皇回朝后，如何安置？会不会引发内乱？”
“陛下放心。”于谦沉声说道，“上皇回朝后，陛下仍是大明的皇帝，上皇可以尊为太上皇，居于南宫。臣会联合朝中大臣，保证上皇不会干预朝政，不会威胁到陛下的皇位。而且，迎回上皇，有助于稳定人心，彰显我大明的国威，让瓦剌无机可乘。”
于谦知道，迎回英宗是必然的趋势。如果不迎回英宗，不仅会落下不忠不义的骂名，还会给瓦剌留下把柄。而且，英宗回朝后，只要处理得当，就不会引发内乱。
在了你谦的反复劝说下，朱祁钰终于同意派人迎接英宗回朝。他任命杨善为使者，前往瓦剌迎接英宗。
杨善不辱使命，经过一番周旋，终于将英宗朱祁镇从瓦剌接了回来。景泰元年八月，英宗回到了京师。朱祁钰率领朝中大臣，在东安门迎接英宗。兄弟二人见面，场面十分尴尬。朱祁钰将英宗尊为太上皇，安置在南宫，派人严加看管，实际上是将英宗软禁了起来。
英宗回朝后，朝中的局势变得更加复杂。虽然英宗被软禁在南宫，但他的旧部仍然在朝中任职，暗中支持英宗。而景泰帝朱祁钰为了巩固自己的皇位，开始大力提拔自己的亲信，打压英宗的旧部。朝中形成了两大派系，一派支持景泰帝，一派支持太上皇英宗，双方明争暗斗，矛盾日益尖锐。
于谦深知宫廷斗争的凶险，他不想卷入其中。他始终坚持以国家社稷为重，致力于整顿内政，加强边防，恢复生产。他多次劝谏景泰帝，要以大局为重，善待太上皇，不要株连英宗的旧部，以免引发内乱。
“陛下，太上皇已经被安置在南宫，不会威胁到陛下的皇位。现在，国家刚刚经历了土木堡之变和京师保卫战，百废待兴，需要稳定的政治环境。陛下应该善待太上皇，安抚英宗旧部，团结朝中大臣，共同治理国家。”于谦说道。
景泰帝表面上答应了于谦的请求，但实际上并没有停止打压英宗旧部的行动。他先后罢免了一批英宗的旧部，将自己的亲信提拔到重要岗位上。
不久之后，景泰帝又开始盘算着更换太子。原来，景泰帝在即位之初，曾立英宗的儿子朱见深为太子。但现在，他已经坐稳了皇位，想立自己的儿子朱见济为太子，以巩固自己的皇位。
更换太子的事情，在朝中引起了轩然大波。很多大臣都反对更换太子，认为朱见深是合法的太子，更换太子会破坏皇位传承的正统性，引发内乱。于谦也反对更换太子，他多次劝谏景泰帝，不要轻易更换太子，以免动摇国本。
“陛下，太子乃国之根本，不可轻易更换。朱见深殿下已经被立为太子多年，深得民心。若陛下强行更换太子，不仅会引起朝中大臣的不满，还会让天下人失望，动摇国本。”于谦说道。
但景泰帝更换太子的决心已定。他为了达到目的，采取了拉拢和打压相结合的手段。他给朝中的重要大臣们加官进爵，赏赐金银珠宝，拉拢他们支持更换太子；对于反对更换太子的大臣，则进行打压和贬谪。
在景泰帝的高压下，很多大臣都屈服了，同意更换太子。景泰三年五月，景泰帝下旨，废黜朱见深的太子之位，立自己的儿子朱见济为太子。
于谦对此深感无奈。他知道，景泰帝的这一做法，必然会引发更大的矛盾和危机。但他此时身负重担，无法过多地干预宫廷斗争，只能尽力做好自己的本职工作，维护国家的稳定。
然而，命运似乎开了一个玩笑。景泰四年十一月，太子朱见济突然病逝。朱见济是景泰帝唯一的儿子，他的病逝，让景泰帝陷入了绝望之中。储位再次空悬，朝中大臣们又开始讨论复立太子的事情。
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