林羽和清瑶带着鸿蒙卵的力量回到共生神殿，发现殿外聚集了来自四海八荒的修士。一位身着金纹道袍的老者拄着拐杖上前，正是修真界炼器大宗「天工阁」的阁主。他颤抖着取出一枚锈迹斑斑的青铜鼎：“三百年前，我宗祖师用共生之道锻造了这口「万灵鼎」，可惜后来被黑暗力量污染……”
清瑶将灵植灵力注入青铜鼎，鼎身突然浮现出无数灵植纹路。林羽则用星辰之力净化鼎内的魔气，鼎中竟传出微弱的心跳声。“它有了灵智！”清瑶惊喜地发现，鼎灵正通过共生之力与她交流。
“万灵鼎需要吞噬九种天地奇火才能完全复苏。”鼎灵的声音稚嫩如孩童，“但最后一种「鸿蒙净世火」，只有共生神殿的共生碑能召唤。”林羽将手按在共生碑上，碑顶突然喷出一道金色火焰，鼎灵欢快地吸收后，鼎身绽放出七彩光芒。
就在此时，太虚镜突然显现出海外仙岛「蓬莱」的画面。那里的修士因过度开采灵脉，导致整座岛屿正在下沉。林羽和清瑶立即启程，用共生之道将岛上的灵植、灵兽与修士绑定。当他们将万灵鼎沉入海底时，鼎中涌出的共生之力竟让仙岛重新浮出水面，海底还生长出能净化海水的发光珊瑚。
此事震动修真界，越来越多的势力开始接受共生之道。但就在林羽和清瑶准备前往下一处时，太虚镜再次显现异象——西域沙漠中，被他们摧毁的虫巢核心竟在吸收共生之力，逐渐形成新的黑暗图腾。
林羽和清瑶赶回西域，发现虫巢核心已进化成一座悬浮在空中的“黑暗共生塔”。塔顶站着一位黑袍女子，竟是当年被共生之道净化的赤焰仙姑。她冷笑着张开双臂：“你们创造的共生之道，如今成了我操控万物的工具！”
塔身上浮现出无数魔修残魂，他们与沙漠中的灵植、灵兽强行签订共生契约。清瑶感受到灵植们的痛苦，泪如雨下：“必须阻止她，否则整个西域都会沦为黑暗共生体。”林羽将星辰战戟刺入沙漠，施展出“星辰禁术·万灵共鸣”。
刹那间，西域所有生灵的心跳声汇聚成震耳欲聋的共鸣波。黑暗共生塔上的残魂在声波中痛苦哀嚎，被迫与宿主分离。赤焰仙姑试图反抗，却被鼎灵喷出的鸿蒙净世火包围。当火焰触及她体内的共生契约时，竟净化出她被黑暗侵蚀前的记忆——原来她曾是西域最出色的灵植师，因被魔修陷害才误入歧途。
“我……错了……”赤焰仙姑跪倒在地，任由火焰将自己的黑暗本源焚尽。林羽和清瑶将她的灵植本源与鼎灵融合，万灵鼎竟化作一位身着红衣的小女孩，欢快地称呼清瑶为“姐姐”。
战后，西域沙漠变成了绿洲，沙漠狐与仙人掌建立了共生关系，就连沙虫都开始帮助灵脉生长。林羽和清瑶将黑暗共生塔改造成“万灵图书馆”，收藏了所有与共生之道相关的典籍。
回到共生神殿，他们发现神殿的共生碑已被来自三界的手印覆盖。当最后一个手印落下时，整个修真界的灵脉同时亮起，形成了一张巨大的共生网络。太虚镜显现出最终的画面：鸿蒙卵的力量扩散到宇宙深处，无数星辰开始与各自星系的生命建立共生关系。
林羽和清瑶相视一笑，携手飞向宇宙深处。他们知道，鸿蒙新纪元的真正篇章，才刚刚翻开第一页……
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