海疆初定的捷报余音未绝，一场更为凶险、直击帝国心脏的危机，已如幽灵般悄然降临。
夏末暴雨连绵，京畿、山东等地洪水泛滥。水退后，一种名为“瘪螺痧”（霍乱古称）的时疫，如同地狱之火，骤然爆发。患者上吐下泻，四肢厥冷，几个时辰内便形容枯槁、脱水而亡，疫情传播极快，死亡枕藉。各州县八百里加急如雪片般飞入通政司，太医院按古方配发的“辟瘟丹”、“雷击散”毫无效用，地方官员束手无策，民间恐慌沸腾，甚至出现了“修铁路动土，惹怒瘟神”的恐怖流言。
谨身殿内，药草焚烧的烟雾也压不住凝重得令人窒息的气氛。朱元璋脸色铁青，将一份报告某县一日内死伤百人的急报狠狠摔在御案上，对着跪伏在地、浑身颤抖的太医院院使、院判怒吼：“废物！全是废物！平日里自诩国手，悬壶济世，真到了要命的时候，你们的岐黄妙术呢？都喂了狗吗？！”
太医院院使叩首如捣蒜，声音带着哭腔：“陛下息怒！此疫凶猛诡谲，寒热错杂，变化万端，实非《伤寒》、《温病》典籍所能囊括……非臣等不尽力，实乃天行戾气，人力……人力有时穷啊！”
“天行戾气？”朱元璋眼中寒光爆射，几乎要择人而噬，“朕看是你们学艺不精，草菅人命！”
就在这绝望的氛围中，李景隆稳步出列，声音沉静却清晰地传入每个人耳中：“陛下，此刻非追责之时，当务之急乃控制疫情，抢救生灵。臣恳请陛下，允准格物院医学馆即刻介入疫区防治！”
此言一出，满殿皆惊。太医院众人更是怒目而视，院使猛地抬头，嘶声道：“李大人！医道精深，关乎人命，岂是尔等摆弄奇技淫巧、窥探微末之物所能妄加置喙？若任由尔等胡为，以邪术试于万民，恐酿成滔天大祸，陛下！三思啊！”
李景隆毫无惧色，目光如炬，直视院使，言辞犀利如刀：“敢问院使大人，太医院现有之法，可能遏制疫情蔓延？可能降低十之一二的死亡率？若不能，为何不能试新法？难道要坐视州县为墟，黎民成批倒毙，以全太医院‘正统’之颜面吗？”他旋即转向朱元璋，拱手深深一揖，语气恳切而坚定：“陛下！臣不敢妄言必能根治此疫，然医学馆于‘防疫’一道，确有新得。即便不能立起沉疴，或可阻其蔓延，为研制对症之药争取时间！请陛下给臣、给医学馆一个机会，亦是给挣扎于生死线上的万千百姓一条生路！”
龙椅上，朱元璋胸膛剧烈起伏，目光在李景隆坦荡的面容和太医院众人苍白的脸上扫视。他想起李景隆救治太子、防控皇庄疫病时那些看似“离经叛道”却卓有成效的方法，更清楚此刻太医院已然无能为力。死马当活马医！一股破釜沉舟的决断涌上心头。
“准！”朱元璋声如雷霆，斩钉截铁，“即日起，设立‘京师防疫总署’，由太子朱标总领，李景隆副之，太医院及各衙门全力配合！一应防疫举措，由李景隆拟定，报太子核准后，即刻颁行天下！敢有阳奉阴违、推诿塞责者，无论官职，立斩不赦！”
“臣（儿臣）领旨！”李景隆与面色凝重的朱标齐声应诺。
退朝后，李景隆与朱标即刻奔赴格物院医学馆。馆内早已灯火通明，气氛紧张如临大敌。李景隆没有任何寒暄，直接下达一连串指令，语速快而清晰：
“第一，所有学员教员，按预定应急方案，编成三队，携带全部显微镜、消毒药剂（高浓度酒、石灰水）、简易隔离服，分赴疫情最烈的通州、沧州、济南！记住，首要任务不是治病，是控制传染源，切断传播途径！立即出发！”
“第二，即刻以防疫总署名义，发布《时疫防控紧急条令》，六百里加急发往各州县：一、严格隔离病患，设立临时疫病营，与民居隔绝；二、大力推行‘水需沸饮，饭必熟食’，严禁饮用生水、食用生冷；三、深挖厕所，及时清理粪便污物，死者尸体必须火化或深埋；四、广泛喷洒石灰水消毒水源、街道；五、各地官医局每日定时向总署飞马报送疫情人数、死亡人数！”
“第三，馆内所有实验室，集中力量，分析病患呕吐物、排泄物样本，寻找病原！尝试用不同药剂进行体外抑制试验！重点测试上次皇庄防疫有效的几种草药提取液，加大提纯剂量！”
赵铁柱早已候命，立即带人调配物资，组织车队。学员们虽面色紧张，却无一人退缩，迅速检查器械，他们学医数年，等的就是这等救死扶伤、验证所学的时刻。
朱标看着李景隆在瞬间展现出惊人的组织效率和清晰的防控思路，眼中闪过激赏，沉声道：“九江，物资调配、人员协调、安抚地方之事，交由孤来统筹。你全力应对疫病本身！”
“谢殿下！”李景隆重重点头。此刻，他太需要这位储君在政治上的全力支持了。
医疗队冒着被感染的风险，星夜奔赴疫区。他们建立的隔离区虽然简陋，但严格的消毒和分区管理，初步遏制了疫情在健康人群中的疯狂扩散。推广喝开水、熟食的措施，虽遭一些百姓不解甚至抵制，但在官府强力推行和血淋淋的死亡案例面前，也逐渐被接受。更重要的是，显微镜下，医学馆的学员们首次清晰地观察到了霍乱弧菌（他们称之为“钩状邪微”），尽管无法立即研制出特效药，但明确了敌人，使得防治有了更明确的方向，李景隆根据微生物知识，指示使用特定草药煎剂进行保守治疗，重点放在补液和维持电解质平衡上，奇迹般地降低了一些重症患者的死亡率。
然而，阻力如影随形。地方保守派官员对“隔离”、“火化”等“有违人伦”的措施阳奉阴违；太医院派往各地的医官，对医学馆学员的“消毒水”和“显微镜”嗤之以鼻，仍坚持自己的“升降散”、“甘露消毒丹”；甚至有心怀叵测者，散播“格物院以人为饵，试炼妖法”的恶毒谣言。
就在疫情似乎得到初步控制时，一个惊天噩耗传来：太子朱标因连日操劳防疫，巡视灾情，不幸感染时疫，病势凶险，已卧床不起！
消息传入宫中，朱元璋如遭雷击，几乎晕厥。整个紫禁城，瞬间被前所未有的恐慌笼罩。
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