《内篇》共有二十卷，每卷的大致内容如下：《畅玄卷第一》论天地本体“玄”，倡导玄道；《论仙卷第二》论证神实有，驳斥所谓俗人因亲眼见不到而不信神仙；《对俗卷第三》以动物长寿为例，论证神仙不假；《金丹卷第四》述金丹神功妙用及制造方法；《至理卷第五》论形神相离，讲述服药、行气、禁咒诸法，倡导弃世求仙；《微旨卷第六》驳斥不信神仙的所谓各种“浅见”，讲述九丹金液诸法；《塞难卷第七》论成仙有命；《释滞卷第八》说孔子等圣人不学仙，不等于无仙，佐时和轻举可兼修；《道意卷第九》论道为宇宙本体，其本无名；《明本卷第十》论道本儒末；《仙药卷第十一》述丹砂、金银、芝玉、草药；《辨问卷第十二》论圣人不必仙，仙人不必圣；《极言卷第十三》劝人积功学仙；《勤求卷第十四》劝人求真学师、勤修炼；《杂应卷第十五》阐述辟谷、服药、吞气、隐沦、变化、导引、召神、存思；《黄白卷第十六》讲述黄白术；《登涉卷第十七》讲述入山远游中诸术；《地真卷第十八》论述金丹与守真一；《遐览卷第十九》介绍道经书目；《社惑卷第二十》讲述如何辨别真假仙。纵观《内篇》二十卷，重点是围绕成仙长生这一问题，以下从两个方面加以阐述。
一是关于成仙长生思想的哲学体系。葛洪试图站在天地观、本体论的高度来论证神仙长生的思想，以建立一套较为系统的道教哲学。他吸取汉代杨雄《太玄》的思想，在《抱朴子内篇·畅玄卷第一》中便提出概念“玄”，认为它是天地的本源，世上一切都是“玄”产生的，即“玄者，自然之始祖，而万殊之大宗也”。并对“玄”进行描述，是一个极其微妙、极其深邃、至高而又至广、至刚而又至柔、亦方亦圆、忽有忽无、来无影、去无踪、变幻莫测、飘渺无际而又无所不在无所不能的东西。且天地的形成、事物的变化，都是“玄”造成的，它先于一切事物而存在，是一切事物的操纵者。
这个超自然的神秘主义的天地本体“玄”，构成了葛洪神仙道教思想体系的理论基础。与“玄”相联系的，《内篇》还提出“道”与“一”这两个概念。“道者，涵乾括坤，其本无名。论其无，则影响犹为有焉；论其有，则万物尚为无焉。”“道”也是无所不在、无所不包的。“道”又起于“一”，与“一”密不可分。“一”的作用神通广大，无所不能，所以，“人能知一，万事毕。知一者，无一之不知也。不知一者，无一之能知也。”
甚至他把神仙之道，概括为“玄道”或“玄一之道”。在阐述“玄”之性能以后，葛洪指出：世俗声色享乐只会损人寿命，世间的荣华富贵也如过眼烟云，转瞬即逝。只有“玄之所在”，才会“其乐无穷”。故人们要想永享自由自在、快乐惬意的神仙式的生活，就必须修玄道。“得之者贵，不待黄钺之威。体之者富，不须难得之货。”而且得了玄道，就可以逍遥自在地徊徉于人间天上，无忧无虑，怡然自得。怎样才能修得“玄道”呢？《内篇》认为要靠思守一，这样将道教哲学的本体论与具体的修炼方法结合起来。“人能守一，一亦守人。所以白刃无所措其锐，百害无所容其凶，居败能成，在危独安也。”并将抽象的“一”人格化为神，居在体内，这样，“守一”就是“思见身中诸神”，或意守三丹田，成为一种仙道长生的内修方法。后来上清派汲取这种方法并加以发展，使之成为该派最主要的修炼方法。葛洪还将守一分为守真一与守玄一两种。守真一，就是存思真神，遵行口诀。守真一的作用在于守形却恶，“可令内疾不起，风湿不犯。”“玄一”与“真一”相通同效，而且“守玄一”还可以得到分形术和内视法，天地神灵都可以接见，山川河岳之神可以驱使，甚是神妙。
二是关于成仙长生的具体方法。神仙道教的主要目的是成仙长生，“长生之道，道之至也，故古人重之也。”针对当时有人对此道的怀疑，葛洪在《抱朴子内篇》中以古今种种神仙传说，并运用形而上学的方法来极力论证神仙的存在和成仙的可能，认为神仙与凡人不同，是超出一般之外的个别，是脱离普遍的特殊，凡人是有生有死的，而神仙是长生不死的。在论述了神仙的存在和成仙的可能之后，他详细地介绍了各种长生之道，大体可分为外修与内养两个方面，内养主要是行气保精，外修主要是服用丹药。此外，还须积善立功，忠孝为本。
内养的方法主要包括两种，一种叫做好气，一种叫做房中。所谓好气，是指有关体内元气新陈代谢的理论，主要是“胎息”，“得胎息者，能不以鼻口嘘吸，如在胞胎之中，则道成矣。”初学行气者，以鼻中引气而闭之，阴以心数一、二、三至一百二十，然后用嘴慢慢吐出，要做到“入多出少”，在吸入和吐出时，都不能使自己的耳朵听到气出气的声音，故在练习的时候，应该用鸿毛附在鼻口之上，以检验气出入的时候鸿毛是否摇动，应以鸿毛不动为准。心数渐渐增多，到了能够数至一千而仍然能保其纳气的时倏，就渐有“变得年轻些”的作用了。行气的时间，应当在每天的子夜到日中这段时间，这段时间是天地“生”之时；而不要在日中到夜半这段时间行气，因为这段时间是天地“死”之时，“死”之时行是没有用的。
行气者，也不能多吃，食物之气多了就难闭真气；也不要发怒，因为发气发怒会使气乱，无益于行气。
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