一年分为春夏秋冬四时，在这四时里，天地二气交互作用，就生产了影响万物、作用于万物，并主持万物新陈代谢的木火土金水五行之气。这五行之气是物质之气，生化之气，融入万物体内的新陈代谢之气。五行之气是由天所布化，又是实实在在的客观之气。
《内经》中涉及五运的篇幅有很多，但都是与天之六气，即寒、暑、燥、湿、风、火共同讨论，称为五运六气学说，对中医理论的发展有启奥升堂之功。
运气之学把阴阳五行拓展为五运六气。《内经》理论素以阴阳五行为框架。阴阳五行是认识自然的观念、方法也是基本的思维模式和对自然事物的分类判据。华夏古代自《易经》起，就把阴阳作为本体，用以说明万事万物的发生、发展变化，之后又为方法、思维方式和抽象为哲学理论。五行从《尚书·洪范》的五种势力形式，经《管子·五行》的“作立五行，以正天气”，到《史记·历书》“黄帝考定星历，建立五行”，《史记·日者列传》也概言：“人取于五行者也”。由是而五行从物而及天地人，是对自然图式及规律的认识。但是随着人类对自然认识的发展，阴阳五行的原初框架在术数和医学中己经不敷所用了，正值期待突破之际，运气理论把阴阳五行发展为五运六气。阴阳的一分为二演为一分为三的三阴三阳，五行又有五运太过不及之化和相胜等，突破生克。五运又和六气交叉联系。仅从气象因素而论，五运六气及其太过、不及的气候模式，比按时序的五季就更为丰富。而且因于对运与气交叉的“与天地同和”的观察中，人们认识到更多的自然现象，特别是生命现象，其解释能力也远远超越了以前的相生、相克、离合等等。五运六气发现了许多自然和生命的规律，例如气候和生命的周期现象，人在不同气候模式中的常见病多发病情况，自然和人的气化规律和病机问题等等。这一拓展和增益了的新理论框架，不仅纳入了东汉时以前的医学实践，其后的一些医学成果，也往往续接在这个框架上。
自王冰推出七篇大论以后，或因非《素问》原文而被视为伪书而不取，或因过于重视格局推演的准确性而争议不休。以致对其构建《内经》理论框架的重要意义反而被忽略了。对于运气的推演，《素问·五运行大论》就说过，应该持“不以数推以象之谓也”的态度。大论本身也没将推演视为第一要义。倒是《灵枢·五变》“先立其年，以之其时”，一语概括了运气推算的总则。由是也可见七篇大论与《内经》诸篇的理论联系。
《素问·天元纪大论》开宗明义论述人之元气和天地元气之一体，是由其生生化化而来：“太虚廖廓，肇基化元，万物之始，五运终天，布气真灵，总统坤元。九星悬朗，七耀周旋，曰阴曰阳，曰柔曰刚，幽显既位，寒暑弛张，生生化化，品物咸章。”这一元气一五运一阴阳一时空一万物的宇宙演化模式，是对《难经·十四难》元气或东汉王充元气论的发展，比宋代的气一元论早一千多年。此论认为人和天地一样，都是元气所化，比“人与天地相参”，更进一步表达了结人与天地万物的统一性。这也是以运气理论认识疾病的依据。也是运气推演格局“善言始者，必会于中”的理论依据。运气以五、六为万物规律，是对《易·系辞》，“天一地二，天三地四，天五地六“的继承。五运六气推演格局，在逻辑学上也深具价值。其推演分三步：依天文知识定历法和值年干支；据干支推五运和六气，以及两者的制约关系；根据各年各运季节气的气候特点，进一步确定疾病流行和防治原则。这种运气应象的逻辑形式，为当代逻辑学家所关注。
华夏先民进入农牧社会以后，对季节等时间因素和六气非常重视。《内经》多篇论述四时和六气的致病问题。在七篇大论里，把五运主病和六气为病，论述得最为确实而系统，不仅是病象逼真准确，而且奠立了中医病因学和时病疫病的理论基础。五运六气的总则是“顺天察运，因变以求气。”五运是五行之气运行于气交之中，运气学说指认它源于五星，以其五行的特征和时序的五季相应而影响人的健康，五运可以用天干为符号来表达，在五种不同气候模式中，对人体的脏象经络呈不同的亲和性，这种以时间时序为特征的致病为五运主病。《素问·天元纪大论》指出五运主病原因是：“五气更立，各有所失，非其位则邪，当其位则正。”即按一年五季的当令时序提前或错后，都是“非其位则邪”而致病。《素问·气交变大论》详述了岁运太过和不及所累及的脏腑和主要症状表现的十种情况，论中虽然没有述及是否有其统计资料为凭，但这种概括具有理论模型的价值己经是成熟的病因学内容了。又在《素问·六元正纪大论》叙述了五运回薄，盛衰不同，郁积乃发，发生了五郁的情况。以其天人相应，气候有五郁，人的五脏也呈现五郁而发生五种郁证。此中论述了五郁之证的特征，也推论出相应的治则治法。这也是对中医证候学的丰富。
气化之论是华夏古代传统科学与哲学的核心。五运气化来自“河图”。是以天人合一和气的运行来阐述自然造本体、造化之变和人体功能的发生、运行、转化的学说。气化的认识来源大致有三个方面：一是对自然现象包括天文气象大地等自然现象的观察；二是对生命现象的观察；三是《易经》和华夏古代哲学中气的理论。《易经》的变易思想，泰卦的阴阳升降交泰，到汉代荀爽详述升降之后，己经把易理和气论结合，《易纬》提出了“元气变易”。《图书编·乾象典》说：“气至而物感，则物感而候变”，以气化感应论气候之变。汉代王延寿在《鲁孟光殿赋》中道：“包阴阳之变化，含元气之烟温”以阴阳和元结合来本根万物。气化论是构建《内经》理论的思想骨干之一。
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