缘朱市的钟声在暮色中悠扬回荡，结束了浅葱道馆的钢铁碰撞，一行六人——小辰、小蓝、小智、小霞、小刚，以及小椿，再次踏入了这座充满历史厚重感的城市。
与原着不同的是，由于小辰先前收服的那群戴鲁比在大木博士后院尽职尽责地“看家护院”，维持着秩序，大木博士并未如原本轨迹那般，需要小智将妙蛙种子长期留在真新镇。因此，小智的队伍依旧完整，伙伴们一个不少。
然而，轻松的氛围还未持续多久，一个令人不安的消息便在宝可梦中心传开了：缘朱市郊外，那片名为清澈崖的宁静之地，近来被一群行为异常的宝可梦占据。
它们由一只神秘且力量骇人的超能系宝可梦领导，已经接连击败并击伤了许多试图前去收服或探查的训练家的宝可梦。
“强大的超能系宝可梦…领导一群宝可梦…”小辰眉头微蹙，与身旁的小蓝、小智等人交换了一个眼神。
几乎是不约而同地，数个月前在新岛宝可梦城那惊心动魄的经历，以及那只名为超梦的禁忌存在和它的复制体大军，瞬间浮现在他们的脑海。
“难道…是超梦？”小霞抱着波克比，语气带着不确定与一丝忧虑。
“很有可能。”小刚双手抱胸，神情严肃，“除了它，我想不出还有哪只野生的超能系宝可梦拥有如此强大的力量和组织能力。”
小椿虽然未曾亲历那场风暴中的对决，但一路行来，早已从小智那添油加醋、充满惊叹的叙述，以及小辰、小蓝偶尔凝重的补充中，了解了超梦的存在。她那双锐利的龙之瞳闪过一丝兴趣：“就是那只由人类制造，拥有媲美传说力量的宝可梦？它竟然来到了这里？”
“我们必须去看看。”小辰做出了决定，眼神坚定，“无论是确认情况，还是…或许它需要帮助。”他始终记得，在新岛最后，超梦眼中那抹迷茫与离去时带着的决然。
意见迅速统一，六人即刻动身，朝着郊外的清澈崖进发。
清澈崖，如其名，山崖陡峭，涧水清澈，植被葱茏，本该是一处静谧祥和的所在。但如今，越是靠近山顶，空气中弥漫的那股无形精神威压就越是明显，带着一种生人勿近的警告意味。
终于，在山巅一片较为平坦的草地上，他们看到了那道熟悉的、悬浮于空中的紫色身影——超梦。
它依旧闭着双眼，双手抱胸，长长的尾巴轻轻摆动，散发着令人心悸的冰冷与强大。
而在它身后，跟随着数量不少的复制品宝可梦——妙蛙花、喷火龙、水箭龟，以及其他一些常见的宝可梦复制体，它们眼神中的空洞似乎减少了些许，但依旧缺乏普通宝可梦的灵动，只是静静地守护在超梦身后。
“超梦，果然是你。”小辰上前一步，朗声道。
超梦缓缓睁开了眼睛，紫色的瞳孔扫过六人，在小辰和小智身上略微停顿，声音直接在他们脑海中响起，依旧平淡无波：“是你们。看来命运的丝线，尚未斩断。”
“超梦，你为什么要在这里袭击训练家？”小智直接问道，带着关切而非指责。
“袭击？”超梦的意念带着一丝嘲讽，“是他们觊觎我的力量，或是妄图收服我的同伴。我们只是…自卫。寻找一处安宁之地，竟也如此困难。”
它环视着身后的复制品们，眼中闪过一丝极难察觉的柔和，但随即又被更深的困惑取代：“人类，我一直在思考，思考你上次说过的话，思考我们存在的意义。这些与我一同诞生的个体，它们因我而存在，但它们存在的意义，究竟是什么？仅仅作为我的附庸？还是…某种错误的证明？”
小辰看着那些复制品宝可梦，能感受到它们体内那股不稳定的、仿佛被强行固定的能量波动。
他深吸一口气，尝试提出建议：“超梦，或许…可以尝试和宝可梦联盟合作。联盟旗下有很多顶尖的博士，像大木博士，正辉博士他们，或许他们有办法研究出解决你们基因问题的方法，让这些复制品宝可梦能够像普通宝可梦一样稳定存在，拥有更长的寿命。联盟也可以提供官方保护，让你们免受不必要的打扰，尤其是…火箭队的骚扰。”
“火箭队？”超梦的意念瞬间变得冰冷，“他们从未放弃。像跗骨之蛆，一直在追寻我们的踪迹。”它的声音里带着明显的厌恶与不信任，“联盟？官方？我如何能相信另一群人类？信任的代价，我承受不起。”
小辰还想再劝，试图用更具体的方案打动它。然而，就在他开口的瞬间，一股巨大的压迫感从天而降！
阴影，如同死亡的幕布，瞬间笼罩了整个清澈崖山顶。
众人猛地抬头，只见一艘巨大无比、印着显眼“R”字标志的飞艇，如同狰狞的钢铁巨兽，遮蔽了阳光，悬浮在头顶。
飞艇的舱门打开，一个穿着黑色西装，拄着拐杖，眼神锐利如鹰隼的中年男人出现在舷梯旁，身后跟着大批全副武装的火箭队精英队员——正是火箭队的首领，坂木！
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