枢密院与内阁的设立，如同在平静的湖面投入巨石，新机构的运行并非一帆风顺，初期的磨合伴随着看不见的权力博弈，在珀斯的宫墙内外悄然上演。
内阁议事堂内，气氛时常微妙，老莫顿作为首辅，沉稳地主持着会议，但并非所有阁员都能立刻适应新的角色。
一位由威尔亲自提拔、以精通律法着称的寒门进士阁员，在针对某条商路管理细则进行票拟时，引经据典，逻辑严密，却引来了另一位出身传统贵族家庭、靠着家族余荫和旧有关系得以留任内阁的阁员的隐隐抵触。
“阁下引述法令固然精当，”那位传统阁员语气温和，话语却带着绵里藏针的意味，“然则，此商路涉及卡梅伦氏族利益，彼等惯于依祖制行事，若骤然以新法苛求，恐生事端。是否……稍作变通，以示怀柔？”
他的意见代表了部分旧式贵族的思维，治理重于法理，人情先于条文。而寒门阁员则坚持认为，新朝当立新规，否则法令威严无从树立。
争论虽不激烈，却反映了新旧治理理念在最高政务机构内的碰撞，最终老莫顿不得不将两种意见并列票拟，呈送威尔决断。威尔朱批：“法令既立，当为圭臬。卡梅伦氏之事，着内阁派员晓谕，限期整改。”这明确支持了寒门阁员的立场，但也要求内阁去做沟通工作，算是稍稍照顾了执行的难度。此类细微处的博弈，几乎每日都在发生。
而在枢密院，情况则略有不同。阿德里安凭借其军中威望和国王的绝对信任，迅速树立了权威。华莱士虽然性子粗豪，有时不耐烦繁琐的文书和战略推演，但他对阿德里安的战场能力和对威尔的忠诚并无异议，且涉及具体作战计划时，他往往能提出一针见血的见解。
莫雷专注于海军建设，与小布鲁斯也无直接冲突。主要的磨合在于，枢密院试图更系统地掌握全国各地贵族的私兵数量和布防情况，以便统一规划国防时，遭遇了或明或暗的抵制。许多贵族仍视私兵为自身权力的保障，不愿将底细完全交予宫廷中央。
威尔冷眼旁观着这些摩擦，他深知这是制度变革必然伴随的阵痛。他并不急于用强权压服一切，而是在关键处给予明确支持，维护新制度的权威，同时，也开始着手进行更深层次的布局，那就是充实中层，吸纳合作者。
他清楚，仅靠格伦莫尔系核心和少数寒门进士，无法支撑起整个王国的官僚体系。必须将那些愿意合作、至少不公开反对新政的旧贵族，也拉入到这个新体系中，给予他们一定的位置和利益，将其绑定在战车上，从而分化、瓦解整体的反对力量，并为新制度提供更多熟悉地方事务的“干才”。
于是，几份新的任命状悄然发出。
一位在之前清算中保持中立、领地内治理尚可、且对科举制度未发表过激烈反对言论的伯爵，被任命为南方边境巡查使，隶属枢密院，负责协调南部几个郡的防务，并监督当地贵族私兵的训练情况。这既给了他一定的权力和面子，也将他置于枢密院的管辖之下。
另一位以擅长管理家族庄园、精于农事而闻名的男爵，被征召入内阁下属的农政司，担任副主管，协助推行新的农业技术和田亩管理方法。这是用其所长，也让他在中央层面有了发言权，同时切断了其与领地基层的直接联系。
甚至，对于像阿索尔伯爵这样受过惩戒但势力犹存的贵族，威尔也没有一棍子打死。在阿索尔伯爵上表请罪、并表示愿意“为国效力”后，威尔将其家族中一个颇有算术天赋、曾在王家学院短期进修过的侄子，任命到了度支署下属的某个清闲但级别不低的职位上。
这些任命，如同精准的外科手术，避开了最顽固的贵族核心，比如老罗伯特·布鲁斯他们，而是挑选那些相对边缘、或有实际才干、或家族内部有分化可能的对象，授予他们新体系内的职位，职位未必很高，但意义重大。
这些被纳入体系的贵族，心态复杂。一方面，他们获得了国王的“认可”和一定的官方身份，家族利益得以在新的权力结构中得到部分体现，这削弱了他们彻底走向对立的意愿。另一方面，他们也被套上了枷锁，需要遵循新的规则，接受中央部门的考核，其影响力开始从独立的领地，转向依赖王权授予的职位。
这种“掺沙子”的策略，开始逐渐生效，内阁和枢密院的中层职位被这些“合作贵族”以及更多通过科举上来的寒门官员充实，机构的运转虽然依旧存在摩擦，但至少脉络逐渐通畅，命令得以层层下达。反对派贵族们发现，他们不仅被排除在最高决策圈外，连中间执行层面，也开始被国王扶持的新贵和“叛徒”们占据，能够响应他们号召、共同抵制新政的力量，正在被一点点地蚕食和分化。
威尔坐在王座上，看着手中关于新任命官员开始赴任的报告，眼神深邃，权力的博弈，不仅仅是刀光剑影，更是润物无声的渗透与重构。他正在用新的制度框架，一点点地吸纳、消化旧的力量，将苏格兰这艘大船上的每一块木板，无论新旧，都更紧密地铆接在由他掌舵的龙骨之上。
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