他的本事，多得数不清。当初魏徵他们奉皇帝命令修编齐、梁、周、隋这五代的历史，怕有遗漏，三番五次跑来请教孙思邈。孙思邈就像亲眼见过似的，张嘴就能把前朝旧事说得清清楚楚。还有个叫孙处约的大官，带着五个儿子孙侹、孙儆、孙俊、孙侑、孙佺去拜见孙思邈。孙思邈看了看，指着说：“孙俊会最先发达，孙侑会大器晚成，孙佺将来官位最高，但要小心，灾祸可能出在带兵打仗上。”后来这几个儿子的命运，果然跟他预言的一模一样！
太子詹事（东宫高级属官）卢齐卿，小时候就问过孙思邈关于前程的事。孙思邈说：“你五十年后，能当上地方大员（位登方伯）。到时候，我的孙子会在你手下当差，你可得照顾着点啊。”后来卢齐卿果然当了徐州刺史，孙思邈的孙子孙溥，真的就在他手下当萧县县丞。最绝的是，孙思邈说这话的时候，孙溥还没出生呢！他就已经知道了！像这样神奇的事，在他身上数不胜数。
孙思邈活到唐高宗永淳元年（682年）才去世。他留下遗嘱：薄葬！不许陪葬那些金银玉器的明器，也不许用活牲口祭祀（不奠生牢）。下葬时怪事发生了：他的遗体放了一个多月，脸色一点没变！抬起来放进棺材时，感觉轻飘飘的，好像只剩下一身空衣服！当时的人都觉得太不可思议了。
他生前注释过《老子》、《庄子》，还写了《千金方》三十卷、《福禄论》三十卷、《摄生真箓》、《枕中素书》、《会三教论》各一卷。这些书可都是宝贝！
故事还没完！到了唐玄宗开元年间（713-741年），又有人在终南山看见孙思邈了！他还跟当时着名的高僧道宣律师有来往，经常互相探讨学问。有一年大旱，西域来的和尚请求在昆明池设坛求雨。皇帝同意了，让官府准备好香烛灯油。这和尚折腾了七天，池水倒是降下去几尺，可雨一滴没下！一天夜里，昆明池的龙王慌慌张张跑到道宣律师那儿求救：“大师救命啊！我是昆明池的龙王！这么久不下雨，真不是我偷懒啊！是那个西域和尚，他想取我的脑髓配药！他骗皇帝说求雨，其实是要害我性命！我命在旦夕，求大师用法力救救我吧！”道宣律师赶紧推辞：“哎呀，老龙王，贫僧只会持戒修行，法力不够啊！你赶紧去找孙思邈先生，他或许能救你！”
龙王赶紧又跑到孙思邈那儿。孙思邈不慌不忙地说：“我知道你们昆明池龙宫藏着三十个仙方。你把这些方子给我看看，我就救你。”龙王急得直跺脚：“这…这可是玉帝严令不许外传的啊！可现在我命都快没了，顾不上了！”不一会儿，龙王就把仙方捧来了。孙思邈收了方子，说：“行了，你回去吧，那和尚害不了你了。”说来也怪，龙王刚走，昆明池的水突然暴涨，几天功夫就漫上了岸！那西域和尚一看法术被破，阴谋败露，又羞又气，竟活活气死了！
还有一回，有神仙下凡来点化孙思邈：“你写的《千金方》，救人无数，功德无量。可是啊，里面用了不少活物（入药，杀生太多啦！这样下去，你将来只能做个‘尸解仙’，不能‘白日飞升’了。以前真人桓闿也这样提醒过陶弘景，结果也一样，这你是知道的。”孙思邈一听，深感惭愧。后来他就修订药方，尽量用草木药代替那些虫类，还专门写了《千金方翼》三十篇。每一篇里，他都加了一个从龙宫得来的仙方，让这些方子在世上流传。
再往后，到了“安史之乱”，唐玄宗逃难到四川。刚到成都，玄宗就做了个梦：一个胡子头发全白的老头，穿着黄短袄，跪在他面前磕头，然后说：“老臣孙思邈，在峨眉山住了很多年了。听说皇上您到了成都，特意赶来拜见。”玄宗在梦里说：“孙先生的大名，我仰慕已久啊！您老远跑来，是有什么事吗？”孙思邈回答：“老臣隐居山泉，喜欢炼制金石丹药。听说四川出产上好的雄黄，斗胆向皇上讨要八十两。若能满足老臣这个请求，就麻烦您派人送到峨眉山来吧。”玄宗答应了，然后一惊，醒了过来。
他立刻命令心腹太监陈忠盛，带上八十两雄黄，去峨眉山找孙思邈宣旨赏赐。陈忠盛带着雄黄进了峨眉山，走到屏风岭，果然看见一个相貌清奇、穿着黄短袄的老头站在岭下。老头主动开口：“你是皇上派来的使者吧？我就是孙思邈。”陈忠盛赶紧说：“皇上命我赐您雄黄。”老头躬身接了过去。然后又说：“我蒙皇上赏赐雄黄，得写个谢恩表。可我这山里没笔墨，麻烦您借我纸笔，我口述，您帮我写下来带回去。”陈忠盛立刻叫随从拿出笔墨纸砚准备记录。老头指着旁边一块大石头说：“谢恩表就在那石头上刻着呢，您照着抄下来就行。”陈忠盛一看那石头，上面果然浮现出一百多个红字，正是谢恩表的文字！他赶紧抄写下来。刚抄完，再一抬头，老头和那块刻着红字的石头，全都不见了！
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