三年前公孙止与李莫愁大闹绝情谷后，各自离去。李莫愁中了情花之毒再不知下落，公孙止却守在谷外，那日见洪凌波独自离开绝情谷，暗中跟随。
他担心在绝情谷附近动手惊动凌云，是以跟了她一日，待到终南山附近，才出手将她擒住。洪凌波武功是李莫愁亲传，其实已有几分火候，但此时公孙止武功比她高了太多，不过仗着轻功斗了二三十招，便被公孙止封了穴道。
他有小龙女陆无双等人的前车之鉴，也不用花言巧语去骗洪凌波，就近找了个村子，当晚便与洪凌波做了夫妻。
洪凌波自小跟随李莫愁长大，便是少女怀春，每寻得一个如意郎君，听到李莫愁的恶名，当即双腿发软，绵软无力。
直到此刻，才尝到洞房春暖之乐。但少女矜持，前三次总还是反抗过的。公孙止见她抗拒之力渐小，便说了些花言巧语，又答应帮她找李莫愁寻仇，果然骗的洪凌波甘心相随。
两人到的赤霞庄中，却未见到李莫愁身影，等了数天，也不见李莫愁归来。公孙止心想剑冢附近的蛇胆已给自己取尽了，短时间内无法再靠它来提升功力。正好趁此机会学一些上等武学。
这日将洪凌波伺候的舒服了，趁机说道：“凌波，李莫愁中了情花之毒，只怕已经死了，但你我仇人实力太强，我们必须要学习上乘武功，才有机会长久生活下去。”
洪凌波道：“你说的不错，可是我们要去哪里学习上乘功夫？”
公孙止道：“我听说古墓中记载有九阴真经上的武功，你去过古墓，一定知道进去的方法吧！”
洪凌波点头道：“啊哟，我倒是把此事忘了，师父武功那么高，还在寻找玉女心经，我们要学上等武功，去古墓再好也没有啦！”
两人当下沿着溪流，进入古墓之中。其时杨龙二人伤势未愈，正自墓中静养，哪料到公孙止竟然闯了进来。
杨过与公孙止之前恩怨不小，心想未受伤时两人联手或不惧他，可如自己伤势未愈，龙儿内力未复，怎可能是他的对手，二话不说，拔腿就跑。
公孙止好容易遇到两人受伤，岂可错过拿下小龙女的机会。当下对两人出手，可惜对墓中机关不熟，还是让杨过与小龙女逃了出去。
两人鸠占鹊巢，在古墓中一番寻找，果然发现了墓中记载的玉女心经，只是要练玉女心经，需先学会古墓派武功和全真派武功。
公孙止好不容易见到如此高深武功，自是不肯放过，他内力不弱，修习武功往往能事半功倍，洪凌波又已熟悉古墓派武功，于是两人在山下抓了几个全真弟子，分别让他们背了全真派的心法口诀，相互印证，察觉无误后便开始修炼。
时光匆匆，转眼已过去三年，这日两人已练会了玉女心经。但玉女心经自第七篇开始便需两人同练，公孙止每次与洪凌波恩爱之时，总是能想到小龙女，此时武功虽成，毕竟夫妻不能同心，是以那“玉女素心剑法”总是差了些火候。好在他内功极强，心想这天下已无人能让他二人联手对敌，也不在意。
这日下山一番打听，得知杨过与小龙女要在襄阳给儿子杨破天过百日。他想以自己如今武功，应已不惧郭靖等人，不如先去襄阳一趟。
他二人才修成古墓派高深功夫，一路上使用古墓派轻功赶路，只觉已天下无敌，行至汉水附近，见一队蒙古官兵抢劫村子，才要出手。村子后掠过一个人来，只随手弹出几个石子，便将那一队蒙古官兵打的脑浆迸裂而死。
公孙止心想这人武功不弱，正好试试自己修炼成果。未曾出手，那人已发现了两人，目光射了过来。
洪凌波心中一惊，道：“是东邪黄药师！”她曾与李莫愁在黄药师手中吃过亏，此刻武功虽成，内力却未上去，见到他身影，心中便先怕了。
公孙止听闻此人是黄药师，心中更喜，道：“在下讨教几招桃花岛的功夫！”说着已挺剑刺上。
黄药师见公孙止这一剑劲力不弱，也来了兴致，抽玉箫对战。拆了几招，看出这剑法乃是古墓派的玉女剑法，心想江湖上古墓派的几个传人剑法虽好，功力却均不深，此人武功不弱，或许是古墓派的前辈，今日倒要试试深浅。
两人拆至二三百招之上，公孙止但觉胜不了黄药师，左一招玉女剑法，右一招全真剑法。玉女剑法讲究轻灵快捷，杀伐之气不重，全真剑法中正平和，力气却大了不少。两者剑法理论不同，配合起来轻重不一，却多意外之喜。
又斗了四五百回合，但听嚓得一响，黄药师手中的玉箫竟给公孙止黑剑削去了半截。黄药师心想这人黑剑是天下难得的宝剑。他虽借宝剑之利，总之是自己输了。便要回身罢斗。却听得公孙止哈哈一笑，道：“久闻东邪大名，原来也不过如此！”
黄药师听他言语毫不客气，心想自王重阳死后，这天下就只凌云的独孤九剑让自己心服，你算个什么东西，当下自腰间又抽出一支铁箫来，说道：“在下还有一门功夫，要向阁下请教。”
公孙止见他手中铁箫材质不如自己，心想还不是用箫么，铁箫玉箫又有什么分别，今日必须要你心服口服，也不多说，挺剑便刺。
哪知剑锋未到黄药师胸前，对方的铁箫却先一步击到自己手臂曲池穴旁。此刻只需自己长剑再前送三寸，定能刺穿他心脏，可手臂只需再向前半寸，那铁箫必然撞在自己手臂曲池穴上。
若自己闭穴功夫未破，那也不用理会，可偏偏已没了闭穴功夫，这一剑若再往前半寸，穴道被封，那是自己输了，只得回剑防守，挡开黄药师这一击。
等再出手时，已换上了玉女剑法，这玉女剑法以快闻名，劲力却不甚强，黄药师已摸清楚这剑法主旨，等到长剑刺来，左手在剑身上屈指一弹，却正是他最为拿手的弹指申通功夫。
公孙止剑锋一偏，失了目标，黄药师右手的铁箫却已刺到他胸前。
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