另一边，樊其功在家中准备好了丰盛的晚餐，满心期待着妻子归来。时钟一分一秒地转动，从晚上11点到凌晨，瞿亚媛始终没有出现，电话也始终无人接听。樊其功的心一点点沉了下去，一种不祥的预感萦绕在心头。他反复拨打妻子的电话，听筒里只有冰冷的忙音，他又联系了瞿亚媛的同事、朋友，所有人都不知道她的下落。
第二天一早，一夜未眠的樊其功带着满脸的憔悴，匆匆赶到克拉玛依市公安局报案。得知失踪者是着名主持人瞿亚媛，公安局高度重视，立即成立了“5·21失踪案”专案组，由局长亲自指挥，抽调20余名经验丰富的干警全力投入侦查工作。一场跨越两年多的追寻，就此拉开序幕。
专案组首先将调查重点放在了丽莎身上，毕竟她是最后见到瞿亚媛的人。侦查员找到丽莎时，小女孩还沉浸在不舍之中，得知瞿亚媛失联的消息，瞬间红了眼眶。她哽咽着向侦查员讲述了与瞿亚媛相处的最后时光，并明确提到，瞿亚媛最后乘坐的是一辆红色出租车，时间是晚上10点20分左右。
这条线索成为了破案的关键。但当时克拉玛依市共有3700辆左右的出租车，其中红色出租车占了不小的比例，想要在没有车牌号、没有司机特征的情况下，找到那辆载过瞿亚媛的车，无疑是大海捞针。即便如此，专案组也没有丝毫退缩。他们一方面发动当地各大媒体，连续多日播出寻人启事，详细描述瞿亚媛的外貌特征与失联情况，呼吁知情人士提供线索；另一方面，抽调100多名侦查员，对全市的红色出租车展开地毯式排查，逐车询问，逐人核实。
侦查员们不分昼夜地奔波在城市的各个角落，走访了无数出租车司机与车主，排查范围覆盖了克拉玛依市区及周边的农场、油田。他们深入野外作业区，踏遍沙漠腹地，不放过任何一处可能的线索。可日子一天天过去，排查工作毫无进展，没有任何司机声称载过瞿亚媛，也没有找到任何与她相关的痕迹。
瞿亚媛就像人间蒸发了一样，消失得无影无踪。这个消息在当地引起了巨大的轰动，观众们纷纷为她祈祷，希望她能平安归来。而对于樊其功来说，这段日子更是度日如年。他本就患有心脏病，妻子的失联让他精神备受打击，身体状况一天比一天差，整日茶饭不思，精神恍惚，只能靠药物勉强维持。看着他憔悴的模样，专案组成员心中满是沉重，破案的压力也愈发巨大。
时间像克拉玛依的风沙，悄无声息地掠过两年多的时光。这两年里，专案组从未放弃对瞿亚媛的寻找，他们无数次梳理线索，扩大调查范围，走访了数万名群众，可案情始终没有任何突破，陷入了漫长的僵局。有人说，瞿亚媛可能是遇到了意外，坠入了戈壁的深沟；也有人说，她可能被人拐卖到了偏远地区。各种猜测层出不穷，却始终没有任何实质性的证据。
樊其功的身体越来越差，心脏病反复发作，多次住进医院。他始终没有放弃等待，每天都会坐在窗边，盼着妻子推门而入的身影。可每一次的等待，换来的都是无尽的失望。专案组的干警们也备受煎熬，他们深知，时间越久，找到瞿亚媛的希望就越渺茫，可他们始终坚守着，不愿让这起案件成为一桩无头悬案。
转机发生在2004年11月14日，一个普通的秋日。新疆托里县一位69岁的放羊老汉，像往常一样赶着羊群在戈壁滩上放牧。托里县的戈壁滩荒无人烟，寸草不生，除了偶尔掠过的风沙，几乎看不到任何生命的痕迹。老汉在这里放羊多年，对这片荒原的每一寸土地都了如指掌，平时别说大型动物，就连一只麻雀、一只老鼠都难得一见。
当天下午，老汉赶着羊群走到一片偏僻的洼地，低头准备拿出火柴点烟时，眼角的余光突然瞥见不远处有一截枯黄的东西，似乎在风中微微晃动。这反常的景象让老汉心里咯噔一下，一股寒意瞬间涌上心头。他强压着恐惧，停下脚步，仔细打量着那个东西。
戈壁滩上的风越来越大，那截枯黄的东西晃动得愈发明显。老汉好奇心作祟，又壮着胆子慢慢往前走了十几步。当他看清眼前的景象时，再也抑制不住内心的恐惧，尖叫一声，一屁股坐在了地上，手里的火柴盒也掉在了沙地上。那根本不是什么植物，而是一截人的断臂。
断臂早已被沙漠的烈日烘烤得干枯发黑，像一截枯柴一样，表面布满了风沙侵蚀的痕迹，不知在这片戈壁中经历了多少日晒风吹。最引人注目的是，断臂的手指上还戴着一枚硕大的戒指，在荒芜的沙地里格外刺眼。老汉吓得浑身发抖，好半天才缓过神来。他连忙从口袋里掏出手机，颤抖着拨通了儿子的电话，让儿子赶紧骑马去公安局报案。
公安局接到报案后，立即组织了300多名警力，火速赶赴现场。戈壁滩路况复杂，车辆难以通行，干警们只能徒步跋涉，顶着刺骨的寒风，一步步靠近案发地点。到达现场后，刑侦技术人员立即对断臂进行了保护和初步勘察，随后小心翼翼地将其送往专业检测中心进行DNA鉴定。其余干警则以断臂发现地为中心，向四周展开地毯式搜寻，方圆十公里的范围都被纳入排查范围。
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