双方又进行了一个小时的炮战，这场炮战可以说是单方面的屠杀。人民革命军的两艘战列舰在敌人射程之后，进行炮击，并使用了装填TNT炸药的爆破弹，使得西班牙殖民军的炮兵损失异常惨重。
到6月15号中午，马尼拉炮台防守的215名西班牙官兵全部阵亡，所有岸防炮均被炸毁，而马尼拉城里面的西班牙炮兵部队也损失惨重，几乎所有远程火炮均被炸毁，城内有376名西班牙官兵被击毙。
马尼拉港口码头也被乘坐小艇登陆的人民革命军占领。由于西班牙菲律宾舰队司令帕特里西奥?蒙托霍在鱼雷艇袭击中，伴随旗舰沉入大海，再加上双方海战持续时间很短，大部分西班牙海军将领要么被俘虏要么战死，使得他们并没有人下令自沉在码头上的三艘海军运输船以及东北特区旅顺运输公司的“南安号”“安溪号”运输船。所以人民革命军海军登陆人员，赶紧开走这五艘运输船前往巴拉望岛协助运输陆军部队。
至此马尼拉湾海战正式结束，此战西班牙菲律宾舰队全军覆没，而人民革命军海军远征舰队无一战舰受损，只有11名士兵在海战和登陆过程中受了轻伤。
6月15号下午一时，6月14号上午从巴拉望港出发的运兵船在3艘巡洋舰护送下到达了马尼拉，并在马尼拉港口靠岸登陆。
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