东京都，夜幕下的街头刚刚结束一场追逐战。佐藤美和子一个漂亮的擒拿，将最后一名抢劫犯按倒在地，高木涉连忙上前铐上手铐。“束手就擒吧！”佐藤的声音带着不容置疑的威严。
两名抢劫犯喘着粗气，其中一人看着警灯闪烁的方向，突然低声说了一句：“没用的……‘海盗旗’已经……”
“海盗旗？”高木愣了一下，刚想追问，那犯人却不再说话，只是露出一丝诡异的笑容。佐藤皱起眉头，这个词显然不简单，她默默记在心里，打算回去后立刻汇报。
与此同时，毛利侦探事务所里一片欢腾。毛利小五郎高举着一张彩票，兴奋得手舞足蹈：“哈哈哈哈！30万日元！我毛利小五郎终于时来运转了！巴黎，我来了！”
“爸爸，你要去巴黎？”毛利兰有些惊讶。
“那是自然！”小五郎得意地扬着下巴，“这可是我凭本事中的奖，当然要去享受一下！”
然而，他的美梦很快就破灭了。在兰、园子以及闻讯赶来的少年侦探团的“软磨硬泡”下，小五郎最终只能不情不愿地放弃巴黎之行，改道前往神海岛——一个以海底遗迹和海盗宝藏传说闻名的小岛。
“可恶啊！我的巴黎……”小五郎一路上都在唉声叹气，而其他人则兴奋地讨论着岛上的传说。
“神海岛有沉入海底的古代遗迹呢！还有海底宫殿！”步美眼睛闪闪发光。
“最厉害的是300年前的女海贼Anne Boney和Mary Read的宝藏传说！”光彦补充道，“据说她们是历史上真实存在的女海盗，藏了很多金银财宝在岛上！”
阿笠博士推了推眼镜：“确实有记载，这两位女海贼在当时可是让不少商船闻风丧胆呢。”
柯南听着大家的讨论，心里却想起了佐藤警官可能会关注的“海盗旗”，总觉得这趟旅行或许不会那么平静。
一行人抵达神海岛后，果然如传闻所说，因为两个月前“宝藏被找到”的流言，岛上挤满了游客和寻宝人。毛利小五郎原本预订的酒店早就没了房间，正当他大发雷霆时，当地观光课的课长岩永出现了。
“毛利先生，实在抱歉让您遇到这种情况。”岩永是个看起来很和蔼的中年男人，他笑着提议，“我知道一家不错的民宿，主人是美马和男先生，或许可以安排你们住下。”
在岩永的带领下，众人来到了美马和男的民宿。美马先生看起来五十多岁，眼神深邃，话不多，但很热情地接待了他们。“神海岛因为宝藏传说热闹起来，也是最近的事。”他淡淡地说，“不过，传说终究是传说，太当真的话，可是会出事的。”
柯南注意到美马先生说这话时，语气里带着一丝不易察觉的复杂情绪。
安顿下来后，少年侦探团立刻被岩永提议的“寻找宝藏游戏”吸引了。“岛上有一些根据传说设计的暗号，找到的话有小奖品哦。”岩永笑着给了他们一张简易地图。
“太棒了！我们一定能找到‘宝藏’！”元太干劲十足。
柯南虽然觉得这只是普通的观光活动，但看着伙伴们兴奋的样子，也跟着加入了。
另一边，兰和园子对潜水看海底宫殿充满了期待。她们来到一家潜水店，准备预约海底之旅。在店里，她们碰到了三个看起来就很粗犷的男人，正在和店主讨论潜水路线。
“那几个是宝藏猎人吧？”园子小声对兰说，“看他们的装备就知道了。”
三人中，一个身材高大的男人叫松本光次，眼神锐利；另一个瘦一些的是伊豆山太郎，看起来很急躁；还有一个留着络腮胡的男人，没怎么说话，只是盯着墙上的海底地图。
兰和园子没太在意，跟着当地的潜水导游准备出发。“海底宫殿很壮观，但要注意安全，最近海里不太平。”导游叮嘱道。
三人潜入水中，阳光透过海水洒下，海底的景象如梦似幻。巨大的珊瑚、游动的鱼群，还有远处隐约可见的、被海水淹没的古老建筑遗迹——那就是传说中的海底宫殿。
“好漂亮啊！”园子忍不住比了个手势。
就在这时，导游突然指向不远处，脸色一变。兰和园子看过去，只见那个络腮胡男人正在水中挣扎，周围竟然围着一群鲨鱼！松本和伊豆山太郎虽然立刻上前试图驱赶鲨鱼、营救同伴，但鲨鱼实在太多，疯狂地围攻着。
最终，络腮胡男人没能被救回来，被鲨鱼拖入了深海。
兰和园子吓得脸色苍白，被导游迅速带回了岸上。消息很快传开，柯南第一时间赶到现场。警方还没到，他仔细观察着松本和伊豆山太郎的反应，两人虽然表现得很懊恼，但柯南总觉得哪里不对劲。
“那个男人的潜水衣……”柯南注意到被打捞上来的遗体上，潜水衣内侧有奇怪的褶皱。他悄悄检查了一下，发现有塑料袋摩擦过的痕迹。“难道是……”
柯南立刻推断：“这不是意外！有人故意在他的潜水衣下面放了装着鱼血的塑料袋。潜得越深，海水压力越大，塑料袋就会破裂，鱼血的气味引来了鲨鱼群！”
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