除了镇守总兵官之外，就是官军各军的提督军务总兵官，朱载坖命令将没有战事官军加以整编，也统一编制，实施新编制，以军师制度取代之前的镇协、营兵和都司卫所制度，统一大明官军的编制，将大明官军中的机动力量统一整编为各军，和镇守总兵官不同，各军提督军务总兵官所负责的就是下辖各军，统帅这些官军进行训练、作战，直接接受辖区提督的指挥。
同时各军的配置由参谋军务总署根据实际情况确定，报请军机处批准之后由皇帝下旨调动配置给各提督的辖区，各军是朝廷官军的进攻和野战主力，也是朝廷手中的机动力量，所以各军必须直接由参谋军务总署指挥，只是临时由参谋军务总署和军机处配置给各提督用以加强战略、战役方向官军兵力，各军的编制、配置等都直接受军机处的控制，将之前朝廷部署在各地的机动力量都统一整编为军师。
在镇守总兵官麾下，除了各都司卫所之外，也要按照实际情况配置相应的师、团，但是不设立军的编制，同时将都司从正二品降为正三品，受镇守总兵官的管理，这样的话镇守总兵官和提督军务总兵官分领军务，这样才能够保证朝廷对于官军的控制，这点是这次朱载坖进行军事改革的主要目的。
随着大明疆域的扩大，官军的员额也一直在增加，这些年也一直有大臣对于此事比较担忧，因为朝廷为了作战，常常要授权大将们指挥官军，大将们在军中威信过高，对于朝廷来说并非好事，这点朱载坖当然也是知道的，一方面朝廷要避免大将专兵给朝廷所带来的各种威胁，另一方面也要避免将不知兵对于大明国防的威胁，这其中的分寸是不好拿捏的。
朱载坖认为还是要加强对于官军的直接控制，同时还要加强朝廷对于官军各部的调度，所以朱载坖决定统一官军编制，统一号令，加强调度，这点是极为重要的，现在大明官军，尤其是陆军的规模已经超过百万，规模之大，是现在各国当中最强的，这么庞大的官军，要予以调度、指挥，首先就是要统一编制，按照参谋军务总署和清军督练总督所制定的编制表。
官军一共编成八十个师和一些独立旅、团，陆军员额一百三十五万余人，除了属于各镇守总兵官麾下的官军之外，官军一共编成二十个军，除了京军六军直属于皇帝之外，其余的十四个军部署于各战略要害，以保证大明的国防安全。
为了保证朝廷对于各地的控制，官军各军驻扎在大明的各处战略要地和边防重镇，同时这次大明的整个北部边疆防务也进行了大规模的调整，以前大明在北部边疆设立军镇作为防区，但是军镇的配置并不合理，最典型的就是山西，山西仅有一省，但是最多的时候宣府、大同、山西三镇，还有万全都司等边防机构，对于山西百姓的压力是极大的。
在经过朝廷的军事体制改革之后，山西仅剩一个镇守山西总兵官，统辖整个山西布政使司的边防事务，原来的万全都司和大同、宣府等镇都予以撤销，归入镇守山西总兵官麾下管理，各卫所为全部归入山西都司管理，而对于沿边堡垒，朝廷配置了大同、万全等分守参将各统帅一个师分守自己的信地，镇守总兵官麾下也有相应的机动兵力。
同时在山西、开平、东胜等地设立云翼军，下辖三个骑兵师和相应的配属部队，作为朝廷布置在这里的机动力量，直接保证大明外边和内边的安全，按照朱载坖的规定，在北方组建了机动力强的骑兵军屯驻在各个战略要地，作为朝廷威慑北虏，加强边防的机动力量，这点是极为重要的。
按照朱载坖的命令，还组建了骑炮兵，配属给各骑兵师加强他们的火力，骑马炮兵及其军官都骑马作战。每名骑马炮兵配备一把轻骑兵军刀和两把手枪，这些手枪固定在马鞍的羊皮覆盖物下。相比于普通的炮兵，骑炮兵的机动性更强，因为在和北虏作战之中，官军发现敌军骑兵往往会先于他占据阵地前方的高地，从而阻碍了他的侦察行动。为了更有效地驱逐敌军骑兵并夺回高地，朱载坖决定让炮群人员乘马行进，并跟随前卫部队或另一支强大的骑兵部队一同作战。
这些骑炮兵可以跟随官军骑兵机动作战，炮车等也经过了专门的加固，以保证能够适应骑兵的奔袭，这些骑炮兵以团为单位，配属在骑兵师中，除了京军中有一个骑兵军之外，朝廷还要组建四个骑兵军，其中三个部署在北方，用于震慑北虏，一个部署在开封，作为朝廷在中原的机动力量。
而剩余的各个步兵军，则是配置在朝廷各战略要地上，同时将南京京营和中都留守司合并，成立天武军，驻节南京，湖广的机兵和兴都留守司合并，成立虎翼军，驻节武汉，广州、缅甸、倭国等大明的战略要地也要驻守重兵，以守卫大明的国土。
不过令很多人不解的就是，这这次的官军编制调整中，水师也获得了两个军的编制，靖海和横海军，这是很多人所不解的，朱载坖随后让参谋军务总署予以解释，横海军主要是官军在暹罗、占城等地的驻军，负责和水师一道保护这些大明的藩属，而靖海军则是部署在满剌加外府、淡马锡城等大明的海外属地，用以守卫这些战略要地的部队，虽然属于水师管理，但是实际上是陆军，不过他们可以随时乘船机动，善于渡海登陆作战等，也是官军的一支极为重要的力量。
根据这个编制和部署，官军的兵力将会向南方倾斜，尤其是在南洋等地区，官军配置了三个军，兵力仅次于九边。
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