但是庞尚鹏的奏疏到了内阁之后，申时行拟的票是：“待科道行勘议处。”也就是变相将庞尚鹏的要求给否决了，什么叫做待科道行勘议处，科道要行勘之后再上疏朝廷，然后在有内阁与各部院相商量之后决定应该怎么处理，这就不知道要猴年马月的，这显然不是庞尚鹏所喜欢的。
而礼部尚书陈经邦业向朝廷上疏，陈述了礼部的看法，就是为朱纨追赠太子太保、左都御史、赐谥忠刚，这当即遭到了东南士绅的反对，他们认为这个谥号不足以表达朱纨的功业，所谓忠刚，危身奉上曰忠；虑国忘家曰忠；追补前过曰刚；强毅果敢曰刚；这其中有一个重要的含义就是追补前过，也就是对于朱纨擅杀之事在谥号中进行了体现。
礼部尚书陈经邦当即遭到了弹劾，很多言官因为他的闽粤身份上疏弹劾他，认为他是故意的挟私报复，陈经邦不得已上疏求去，被朱载坖下旨慰留，朱载坖认为朱纨的这个谥号是很恰当的，不管怎么说，当年他擅杀之罪是确实存在的，这点大家都是清楚的，而以嘉靖的脾气，对于敢于侵犯他权力的人，是绝对不会手软的。
所以朱载坖认为礼部所拟定的这个谥号还是很合适的，首先肯定了朱纨的忠诚，但是对于朱纨的过失也提出了委婉的批评，追补前过嘛，朱纨已经以自戕的形式追补前过了，所以朱载坖还是同意了礼部的这个方案，下旨施行。
同时对于庞尚鹏的奏疏，朱载坖直接退回内阁，没有任何批示，没有批示也是朱载坖的一个态度，就是要求改票，在内阁票拟制度中，皇帝如同意内阁的草拟，即亲自或交司礼监太监以朱笔照批于奏章下发，称为“批红”；如不同意，则发还内阁重拟，称为“改票”；如有奏章呈皇帝后不发内阁，不做处理，称为“留中”。历朝内阁权力的大小、地位的高低主要表现在“票拟”被采纳的程度上。
如之前李春芳、张居正等人担任首辅期间，所拟的“票拟”，几乎都转化为“批朱”的蓝本，阁权之重，阁职之隆，自不待言。申时行虽然不如李春芳等人受信任，但是之前即便是将内阁拟票驳回，朱载坖还是有御批的，但是这次是连御批都没有，说明朱载坖对此是极为不满的，直接要求内阁全部推翻重来。
事涉内阁和部院的冲突，申时行也不敢轻举妄动，毕竟现在朱载坖的态度是不明确，于是申时行奏请举行国务会议，召集阁部重臣一道商量此事，朱载坖使出不报大法，直接不予回应，不回应自然也是朱载坖的态度，只不过要给首辅面子，不把事情做绝罢了。
在这种情况下，申时行当然是知道朱载坖的意思了，此事朱载坖已经交给了太子处理，他是不会再出面处理此事了，申时行于是前往文华殿求见太子，申时行将会来意说明，朱翊釴笑着说道：“父皇不允，自然是认为大司徒说的有道理，元辅以为呢？”
申时行赶紧说道：“大司徒之言，确实是为国家考虑，但是闽粤之事，何其复杂，海寇、走私、宗族等事，皆非小事，草率决定，恐非国家之福也。”
太子于是说：“既如此，不如召大司徒来，诸位也听听大司徒怎么说？”
申时行也同意这样，于是将庞尚鹏叫到了文华殿，太子问道：“大司徒日前上本言闽粤事，其中或有未明，孤所以请教此事。”
庞尚鹏当然知道为什么叫他来文华殿，之前他的奏疏上去之后没有回音，那肯定是在拟票和批红阶段出现了问题，这点是很明确，太子召见更说明了这一点。
庞尚鹏于是陈述了自己的观点，首先就是闽粤的重要性，闽粤不仅仅经济地位重要，在大明的国防中地位也是极为重要的，是南洋水师的母港，大明经略南洋的出发地和南洋上各处据点的重要补给港口，所以闽粤必须保持稳定，这点是毋庸置疑的的，同时现在闽粤对于朝廷来说，最关键的问题就是两个，第一打击走私，保证朝廷的赋税，第二就是打击宗族势力，加强朝廷对于闽粤的控制。
庞尚鹏认为，抓大放小是一个很重要的事情，朝廷通过这次对于闽粤的打击，能够完成这两个任务就对了，要是长期的在闽粤折腾，对于闽粤的经济，朝廷的赋税和朝廷经略南洋都并非好事。
庞尚鹏说道：“殿下，诸位，闽粤之事，非独是闽粤之事也，江西之瓷器，广西之白糖，皆自闽粤而出，暹罗、占城之粮食，也系从闽粤转运，数省百姓之衣食，尽在其中，岂可轻忽？闽粤不宁，数省不宁，岂可不重？”
庞尚鹏的看法就是要迅速结束闽粤的这种状态，或者由朝廷下旨，明确这次整顿闽粤的目的，不要波及太广，庞尚鹏说道：“殿下，闽粤乃是大明之闽粤，朝廷之闽粤，闽粤之民，一如苏松之民，也是朝廷的赤子！”
申时行这才说道：“大司徒，闽粤之事，与苏松何干？”
庞尚鹏笑了笑说道：“元辅，下官只是打个比方罢了。”
朱翊釴问道：“内阁诸位先生，怎么看此事？”
王家屏先发言说道：“殿下，闽粤之事，确实复杂，不若等科道回奏，或者请旨陛下，方为稳妥。”
沈鲤说道：“殿下，治大国如烹小鲜，大司徒所见，还是有些道理的。”
沈鲤旗帜鲜明的支持庞尚鹏，这是申时行没有想到的，沈鲤一向不党不群的，这次怎么和庞尚鹏勾搭上了，申时行说道：“现在事情未定，朱纨一案陛下也尚未圣裁，众论纷纷，莫衷一是，此时恐怕不好收场啊。”
申时行也说的在理，毕竟朱载坖之前只处理了林希元一家，三法司尚未作出结论，至于其他的涉案官员，都察院也尚未行勘完，这个时候朝廷草草结案，确实有些说不过去。
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