朱载坖是很清楚的，要控制住闽粤的地方官府，首先就是控制住官军，闽粤的地方宗族势力确实很强大，但是绝对没有强大到可以对抗朝廷官府这个地步，这点朱载坖还是很清楚，同时对于闽粤两省，朱载坖认为还是有有所区别的对待。
闽粤两省的宗族势力确实是十分之庞大的，但是这两省在具体的表现上是有所不同的，福建的宗族更多的表现为所谓的科举家族，这些科举家族的势力在闽省是极为强大的，科举家族所掌握的资源如同一把双刃剑，用以谋公，则有利于地方社会秩序的构建与运作；用以谋私，则必然在不同程度上对地方社会秩序产生消极的影响。尤其是在开海之后，经济发展，与社会财富的增加，官民竞相逐利，僭越、奢靡之风盛行。
这些科举家族利用自己所掌握的政治权力、社会地位等官宦之家为害乡里、鱼肉百姓的问题十分严重，之前林庭机就曾经上疏朝廷，陈述福建这些累世簪缨的仕宦家族欺压良善的行为，在奏疏中，林庭机曾经说过：“吾侪登一第，乡 之人为吾侪望慕赞叹，及其既也，无以厌，厥心乃苦，若增一盗籍而幸其早于鬼隶。士大夫家之鱼肉小民，为害于闾里，以为甚于盗贼。余谓今士子初登第，其家即舆马喧阗，笙歌鼎沸， 通宵燕会，贺客盈门，父兄子弟鲜衣美食，僮仆饫酒肉，扬扬得意，如此而不贪饕于官，为?于乡，安可得也？”
所以对于福建来说，重点要打击的就是这些所谓的科举世家，主要是要断绝他们对于科举的垄断，这点是最重的，朱载坖在和学部尚书蔡国熙研究之后，对于福建的这些科举家族，他们之所以能够长期霸榜科举，最主要的手段就是一经传家，也就是一家只治一经，专门应付科举。
不得不说，这种手段确实是很有效的，以专治诗经的黄家为例，黄寿生，字行中，建文元年以《诗》中福建乡试中式第20名，求归养年迈的母亲，亲终后贡入太学，永乐六年应天乡试高中解元，永乐九年考中进士。黄寿生子孙皆承其家学，以治《诗》传家，水平相当高， 共出了三位解元：黄寿生（永乐六年应天解元）、黄乾亨（寿生曾孙，成化十 年福建解元）、黄如金（乾亨子，弘治十八年福建解元），一家就以诗经作为本经，父子相继，子孙承袭，普通人家的孩子，就是卷死也卷不赢他们啊。
还有莆田林氏，专治尚书，也是极为厉害的，无论是举人、进士的规模，还是科举功名延续的代数之多，都居全省首位，无一可与其相媲美。林家第一个中进士的是林洪，洪武二十九年举人、建文二年进士，随后一发不可收拾，林洪为洪武二十九年乡试第29名，其胞弟林贤为永乐六年乡试第16名；景泰四年福建乡试取中135人，林耔第26名，其子林炯第69名；林塾为弘治十四年乡试第17 名，林富为弘治十一年乡试第30名，林奎为弘治八年乡试第46名，林墰为正德五年第23名；林应骢为正德十一年第3名；林云同为嘉靖元年第16名，林万潮为嘉 靖十三年第28名，林议、林凤鸣分别为嘉靖十九年第27名、第46名，林廷升为嘉靖四十三年第28名，林兆箕为隆庆元年第42名，林兆珂为隆庆七年年第46名，林兆珫为隆庆二十三年第36名，林玑为隆庆十六年第28名。
其家族在科举上的造诣之深厚，是其他家族难以望其项背的，这种情况在大明其他地方都是极为少见的，要说文风鼎盛，莫过于江浙，在江浙地区，父子进士甚至于祖孙三代进士确实是不罕见的事情，但是要说那个家族能够一直垄断科举，代代家族中都有举人进士，这在江浙是很难想象的。
李春芳状元及第，儿子一样连举人都考不上，徐阶探花出身，徐阶的几个儿子什么造型也不是不清楚，所以朱载坖认为，这种情况是很不寻常的。在和内阁、学部等衙门分析了之后，朱载坖得出了结论，这些所谓的科举家族，利用的就是福建全省文教的相对不发达和他们对于文教的垄断所造成的。
虽然福建有很多的科举家族，他们世代从事科举，在大明的朝廷上占据很大的份额，但是整个福建地区的文教并不是特别发达，这点和苏松、江浙等地完全不同，最主要的问题自然还是经济，福建本身的耕地就不多，土地兼并也很严重，在这种情况之下，能够有能力读书上学的子弟数量自然是远远不如江浙，再加上这些所谓的科举家族对于知识的垄断，使得普通百姓的子弟更加难以出头。
反观南直、浙江，由于教育的普及，受教育的子弟多，使得即便是累世簪缨的家族也不可能垄断科举，南直、浙江等地的生员规模极为庞大，竞争压力极大，父祖进士翰林，子弟不能中举者比比皆是，反而是中产之家的子弟，凭借天分和勤学，才有可能脱颖而出，中举人进士。
所以从某种意义上说，福建是局域网单机游戏，而江浙是联网对抗，难度系数不一样，再加上福建的这些科举家族专治一经的办法，每个家族之间尽可能的避免家族之间的冲突，大家各有各的所长，所以才能够保证这些所谓的科举家族代代传承，累世簪缨。
而福建宗族中势力最强的就是这些所谓的科举家族的，朝廷要对付的主要也就是他们，而广东宗族的表现形式则是完全不同。广东的宗族势力更多的呈现出的是经济属性，而非政治属性，广东的这些宗族，主要的追求经济利益，这点是和福建的宗族有极大的不同的。
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