朱载坖的上谕下达之后，内阁和部院官员都纷纷上疏，为文选清吏司求情，申时行认为文选清吏司在此事上确实是有过错的，但是只应该追究相关人员的责任即可，不应该这么不问青红皂白的将整个文选清吏司全部罢黜，这点确实是有些过分了，而且文选司不同于其他的衙门，是吏部的核心衙门，朱载坖直接将整个文选司都团灭了，是使得吏部的政务无法办理的。
但是朱载坖表示，三条腿的蛤蟆不好找，想当官的人多了去了，要求署部事的杨俊民和掌流外铨选院的左侍郎赵志皋选定文选司相关官员的名单，然后上报朱载坖予以批准。
对于其余的奏疏，朱载坖一律留中不报，太子对于朱载坖的行为是有些不能理解的，这次吏部的作为确实是极为过分的，显然是不把朱载坖这个皇帝当回事了，朱载坖惩处这些涉事的官员是应该的，但是这次直接按照部门一个部门的通杀确实波及有些过大。
朱载坖问道：“太子是不是觉得朕有些过了？”
太子说道：“父皇，文选司毕竟要害衙门，是否要慎重。”
太子并不是不同政务的人，文选司不要说在吏部，就是在大明朝廷各部院中都算是十分有实权的部门，这点是朱翊釴所知道，其所主管的文官铨选，首先以作缺为基础制度，成化以来，在内缺官照旧移报本部，在外所司五日一申巡抚都御史、巡按御史，都御史、御史两月一奏，以凭铨补，然后上报吏部，作为吏部除授官员的依据。
按照文选司的制度，各衙门将缺官统计好之后，就进行所谓的做缺程序：“凡内外官考满、侍亲、致仕、丁忧、 残疾、极刑，考功、稽勋来付及本司迁调改降，内外衙门开到为事提问等项官员， 俱呈本部立案作缺，今照前项缺官，或抚按奏抄下部，或布政司类申到部，或各部院咨到本司，主事一员每月督同该科吏填注缺册作缺，仍详对过写上缺贴。”
在做缺之后，就是拟缺和收选两个步骤了，首先是拟定当月吏部应补官缺总数，也就是拟缺，然后登记赴部应选者，形成应选者名录，也就是收选，在完成这个步骤之后，才是根据各种官缺，分门别类的予以拟定人选。这是整个文选司上下官吏一道完成的事情，绝对不是某一个官员能够完成的，这点朱载坖是很清楚的。
朱载坖认为这次是整个文选司上下，沆瀣一气，合谋抗旨，朱载坖认为这不是某一个官员的责任，而是整个文选司的责任，这也不是哪一个官员在犯罪，而是整个文选司在犯罪，所以朱载坖的处理办法就是收拾整个文选司，朱载坖认为收拾单个官员没有任何意义。
因为这个问题朱载坖是很难将其上纲上线的，即便是朱载坖要追究此事，文选司到时候不过将一个所谓的涉事官员拉出来顶缸罢了，对于整顿朝廷来说是没有任何意义的，在朱载坖这里搞什么法不责众，没有任何意义，既然是这一个衙门合谋犯罪，那就处置整个衙门，没什么大不了的，只有通过这种形式，才能够将整个官僚队伍明白朝廷命令和皇帝诏令的严肃性，这点是极为重要的。
朝廷上下其实都很清楚，朱载坖这次是因为之前朝廷上下对于太子政令的各种抵触而发作的，而朱载坖的处置办法也是极为简单粗暴的，就是直接将整个衙门干掉，朱载坖很清楚，惩处一两个官员不能够解决问题，必须要对这些所谓的实权衙门予以重处，才能够彰显皇帝的权威。
这些年以来，朱载坖通过各种政治改革措施，加强朝廷对于地方的控制，使得都察院和吏部这样的本就比较强势的部门更加强势，他们手中握有官员们最害怕的两种权力，监察和人事，对于官员们来说，这都是能够决定他们命运的衙门，所以这些衙门的官员就有些忘乎所以，不把皇帝当回事情，去年和这次的事情就是极为重要的例子。
同时由于现在经济的发展，出现了一批有雄厚资本的海商集团，在他们的操纵之下，一些沿海地方的地方势力相对做大，这些事情也都是朱载坖知道的，但是朱载坖之前没有合适的借口去处理他们，但是现在朱载坖有了合适的理由，自然是要再度打击这些所谓的地方势力了。
而在文渊阁，内阁和都察院、吏部的堂官们正聚在一起，商量怎么应对朱载坖的上谕，申时行很清楚朱载坖的上谕既然已经下达了，那就是必须要执行的，作为内阁首辅，申时行必须维护朝廷的稳定，首先就是要保证吏部的正常运行。
所以申时行问道：“杨天官，现在文选司情况如何？”
文选司是朝廷铨政的要害，必须要立马恢复运转才行，杨俊民这个署部事的堂官自然是要承担责任的，杨俊民刚吃了挂落，心情正是极度不爽的事情，这事杨俊民确实是遭了池鱼之灾，降调几个御史言官，堂堂吏部尚书，大冢宰，不可能去关心此事的，杨俊民对于此事确实是不知情，若非朱载坖下旨切责，杨俊民都不知道文选司干的好事，这下陆光祖滚蛋，杨俊民也吃了挂落，对于申时行的问话，自然是有些不耐烦的。
杨俊民说道：“其他官吏，本部可以除授，铨郎事关重要，老夫不敢决断，还请内阁裁定吧！”
文选司郎中这个职务，确实是极为重要的，平时那都是个各方争取或者拉拢的对象，各种政治势力平时恨不得挤破脑袋想把自己人安排到这个位置上来，但是现在，这个文选司郎中确实一个烫手山芋，没人敢接手，因为朱载坖刚刚将文选司团灭，现在新任的文选司郎中要尽快恢复整个文选司的运作，还要不出纰漏，这可不是等闲人能够办。
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