朱载坖的上谕明发之后，在朝廷当即引起了极大的波澜，对于朱载坖的这个办法，朝廷上下议论纷纷，部院显然是比较支持的，使用庭寄之后，对于内阁的行政权力其实还是有所限制的，之前内阁辅臣们频繁的使用私函之前干涉地方行政，实际上是将部院架空，使得部院在相关事务的权力被内阁所侵夺，所以部院重臣们对于这次朱载坖禁止内阁使用私函处理政务是极为赞成的，这样使得部院的权力得到尊重。
在一般政务上，内阁还是要通过部院来指挥地方督抚和各省直地方官府干活的，只有特殊情况才会让内阁直接通过庭寄的方式指挥地方官府干活，这点是极为重要的。
当然有人欢喜有人愁，部院高兴了，那必然有人是不高兴的，不高兴的主要有三个衙门，第一自然是内阁了，朱载坖明确禁止内阁以私函处理政务，实际是对内阁辅臣的权力予以限缩，内阁辅臣们再也不能像之前那样直接以私人信件绕过部院、皇帝直接向地方督抚面授机宜了，庭寄毕竟是朝廷的正式公文，虽然不经过通政司和六科，但是司礼监文书房是必然要经过的，皇帝是知晓的，这就使得他们在这些方面的权力受到极大的限制。
另外一个不高兴的衙门就是通政司了，通政司是看似不重要但是实则是非常关键的衙门，作为掌内外文书章奏的衙门，通政司是朝廷运转的核心，之前所以的正式公文、奏疏等除了直接进呈皇帝的密疏之后，都要通过通政司，但是现在庭寄往来直接由兵部负责，不经由通政司，这使得通政司的权力和影响力大为受到影响。
而第三就是诸科给事中们了，因为诸科给事中作为近侍监察机构，其重要职能就是掌侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。凡制敕宣行，大事覆奏，小事署而颁之；有失，封还执奏。凡内外所上章疏下，分类抄出，参署付部，驳正其违误。对于给事中来说，其监察职能主要就是通过对于文书的形式审查实现的，而现在庭寄文书不再公布，这就使得给事中们对于这些文书的监察无效。
所以对于此事的讨论还是很激烈的，朝廷上下对于庭寄展开了讨论，大家关注的重点就是庭寄的性质，因为作为一种保密文书，他的管理权限是极为重要的，对此最关心的就是给事中们了，因为原本诸科的科抄是给事中们的大权，由给事中将朝廷内外章疏及帝王谕旨进行分类抄录后形成的文书，具有规范公文流转程序、统一文件存档的作用，同时在科抄的过程中，给事中就行使对于内外公文的形式审查职能，各种章奏、上谕、诏书、敕诰等都需经给事中审阅签署后方可移交相关部门。
而庭寄作为一种保密公文，显然是不能经过科抄的，庭寄公文的流转程序主要突出快速和保密两个特点，由兵部急递负责，同时由司礼监文书房作为庭寄的收发机关，同时为了严格保密，庭寄不能由文书官代笔，只能由内阁辅臣和军机大臣等亲自草拟密封之后交司礼监文书房发兵部急递。
这样就将朝廷的各种公文加以分级分类处理，对于一般的公文，成为明发，仍旧按照通政司、诸科给事中的程序运作，这部分公文主要就是巡幸、上陵、经筵、蠲赈及朝臣侍郎以上，外官总兵、知府以上升降调补等事，地方向朝廷陈奏非紧急公务等事项，内阁辅臣拟票批红之后，由内阁制诰房文书官拟写谕旨，经内阁传抄，交有关部门者，称为明发，或称内阁奉上谕。通过给事中复核之后，由通政司明发天下。
而一些机密要务，不便公开的事宜，如诰诫臣下、指示方略、考核政事、责问刑罚失当和地方的紧急事务、军情等机要文书，为防止泄露，不交通政司而由司礼监文书房直接从兵部接受，转送内阁或者是军机处处理，以密揭形式拟票进呈，批红取旨，然后内阁辅臣或者是军机大臣根据皇帝批红亲自草拟诏书，送司礼监审核之后密封直接交兵部以急递形式发出。
同时为了保证庭寄的严肃性和保密性，皇帝向内阁辅臣或者是军机大臣指示机宜后，内阁辅臣或军机大臣亲自独自承旨撰拟清折进呈，称为“述旨”，经司礼监转呈皇帝修改阅定后，再由司礼监文书房密封发出。封函书“办理军机处或者是内阁封寄某处某官开拆”或“传谕某处某官开拆”，并根据事情的缓急，于封函注明驿递日行里数，或三、四、五、六百里不等。
信函封口及年月日处，都加盖内阁或者是办理军机处印，并且加以火漆密封，以防擅自拆阅。然后交兵部邮驿总署递往。廷寄谕旨递到以后，只许受命者本人拆阅，不许别人代拆。受命大臣领旨以后，须将接到廷寄的时间、承旨寄信者衔名、谕旨的内容以及如何办理的情况，一一向皇帝复奏明白，以杜滥冒传旨。
同时在庭寄交办的事务完成之后，文书房将所有的往来文书整理之后，送给事中审核存档，但是不许科抄更不许外传，直接将相应文书存档备查。这样保证了给事中在事后的审核权，但是又要保证朝廷庭寄的保密性，同时相应的文书也要存档备查，这点是极为重要的。
通过建立庭寄制度，保证朝廷机要文书的正常运转，同时也将各种机要文书的流转纳入朝廷公文机制内，杜绝以私函理政务，内阁可以越过部院直接向地方督抚下达命令，但是必须是有皇帝授权的情况下，同时地方大员也可以将一些事情以庭寄的形式向内阁反映，保证下情上达，这点是极为重要的。
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