对于此事，朱载坖决定首先在京营之中加以推动，然后对于现有的镇协，也要予以改革，大明的军镇分为两种，一种是在大明沿边所设立的军镇，最典型的就是九边军镇，这些军镇是大明边防的主要力量，总兵、提督的职权也很重，所辖兵力也十分之庞大，这些边兵的战斗力也很强，这些沿边军镇，军额很多，在官军中所占的员额比例是很重的。
另一种就是所谓的腹里总兵，也就是镇守总兵官，由于内地没有严峻的军事威胁，所要防备的也主要是民变、土司叛乱等战斗力和威胁没有那么的大的事务，所以腹里的总兵官职权相对较低，所统帅的官军数量也不多，但是从品级上来说确实基本一致的，这点确实是一个不合理的制度。
同时朱载坖命令朝廷讨论大明的军事制度，其中对于总兵官有一个很重要的问题，就是如何处理总兵官和都司的关系，这点也是非常之重要的，从职权上来说，总兵官是当地最高军事长官，具有节制当地都司卫所与官军的权力，镇守一方、专制一地、权力甚专、职责甚广。但另一方面，都司为三司之一，专管军政，控制一省卫所，地位既隆，权力亦重。尤其行都司居于边地，综治军民，军政合一，实为地方最高军政机构。不仅如此，都司卫所制度行之既久，已根深蒂固，雄踞一方。
不过朱载坖认为这个问题是好解决的，总兵官是地方最高军事长官，统率作战，而都司将领却为总兵官下属，偏重日常卫所管理，二者权责分工还是明确。另一个令朱载坖比较比较头疼的事情就是所谓的参随制度，这也是朱载坖比较反感的事情。
所谓参随，原本的含义就是参随服侍之意，从前元就有这样的制度，元人总结道：“又有专以参随服事为生，旧有百事皆能者，如纽元子学像生，动乐器，杂手艺，唱叫白词，相席打令，传言送语，弄水使拳之类，并是本色。”后来变成了武官们的幕僚群体，也就是所谓的参赞军务、随从征进。
在大明初年，大将出征频繁，这些参随也起了很大的作用，这个时候参随的选拔皆由国家掌控，将帅仅是听命安排。在此基础上，不同参随的选拔方式亦有所区别，大体而言，参随的选拔主要有调遣、充任、自辟三种。
调遣主要适用于武官，元明之际战争频仍，太祖常征调各级武官，去完成一些临时的军事任务，这是当时参随的主要任务。
而充任主要适用于旗军，根据各人情况的不同，又可以分为拨充、选充两种，拔充一般是从投降大明的人中选拔，而选充一般是从大明的卫所旗军中选拔。
还有一种长官自辟参随的方式，不过很快太祖就将其予以禁止，废除长官辟署制度，各级官员的辟除、升迁、调用、贬谪，皆由吏部主之。
在这个时候的参随，与其上官的关系较为疏离，对军籍人员而言，任务一旦结束，参随的身份便自动消去。这些人还是还归本卫管理的，大将们也只是临时征用罢了。
太祖本人对于这种参随制度是极为反感的，因为太祖皇帝认为，若参随一直跟随上官，在军中的特殊环境影响下，便很容易成为后者的“私兵”，出现“兵将勾结”的现象。对于这一点，府军前卫表现的尤其明显。由于府军前卫一向由常遇春统领，常遇春死后，又被其妻弟蓝玉接手，在长时间的接触之下，府军前卫最终成为蓝玉谋反的班底。
蓝玉曾经对府军前卫大小军官们说过：“你府军前卫一了是参随我的卫分，你每众头目闲时便来我这里说话。”这无疑使得太祖皇帝起了杀心，府军前卫是亲军，你一个国公，把皇帝亲军的大小军官都换成了你的参随，你想干什么？这身人皮还想不想披了？
所以太祖在大开杀戒之后，还对于参随进行了严格的规定，太祖皇帝对于参随的规定主要是两个方面，其一就是参随皆由军籍人员充当，作为卫所士卒或者军官，毕竟是受到卫所管理的；而且参随由国家委派，将帅仅是听命安排，武官采用调遣的方式，旗军则用充任，又分拨充、选充两种，二者的使用情况有所不同；参随的升授皆由军功一途，若参随阵亡，功劳由其后代继承；参随的待遇主要发给阵亡、病故武官的无职子弟，一律皆领半俸。
其二就是参随是一种临时的军事任务，地位主要由其本来官职决定。有时在特殊的环境下，参随的地位较高，这与其上官的信任程度有关。参随与其上官之间的关系一般较为疏离。但参随时间过长，便很容易成为后者的“私兵”，出现“兵将勾结”的情况。为了打击和防范这种情形，太祖通过削减人数、限制出身、轮番更替的方式对参随进行约束。
但是太祖的制度是好的，在实际的执行过程中，太祖的这些制度都很难维持长久，从永乐之后，随着文臣甚至是太监都出镇地方，参随上官的种类日渐多样，主要有征伐将帅、镇戍官、钦差内官以及钦差文官四种。参随的选拔方式日渐多样，除奏带、武举两种合法途径外，还有投充、私自调遣、私自挑选等。
而这些参随和上官的关系就更加紧密了，因为他们不是朝廷所任命的官吏，而不是卫所的军官士卒，一身荣辱，系于上官，所以他们和上官的关系就极为紧密，而且参随的数量也急剧增加的，动辄数以百计，其中平民、随征家人、无赖以及各种罪犯都在其中。
由于参随日渐增多，朝廷负担不断加重，于是，朝廷规定只有员额参随才享受优待，超额、违例奏带的参随，朝廷便不再供养，皆交其上官自理。这就使得参随和上官的关系更加紧密了。
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