对于丘橓这样的人，朱载坖是极度反感的，朱载坖要通过严惩丘橓来表明自己的态度，严厉打击各种可能的政治清算，从嘉靖以来，官场上的政治清算行为越来越明显，这对于朱载坖来说是很要命的，一旦这种政治清算的风气展开，借由政治清算而对于朝廷政策的颠覆，会使得隆庆新政有人亡政息的可能性，这是朱载坖所不能接受的。
而朱载坖采取的办法就是对于这种情形加以严厉震慑，朱载坖给丘橓定了三条罪名，邀名挟权，辜恩误国，结党乱政，邀名挟权主要是指的他为了伪装自己清官的人设，所进行的一系列表演。
而辜恩误国，结党乱政则是对于他政治行为的定性，主要是两件事情，第一就是为杨选辩护而被世宗皇帝所处分的事情，这个杨选是山东济南府章丘县人，是丘橓的乡党，时任兵部侍郎兼蓟辽总督，这个货在蓟辽任上的时候，也是骚操作不断，当时古北口守将派遣尖哨出塞，朵颜卫抓获其中四人。酋长通汉叩关索要赏赐，副总兵胡镇将他与其同党十多人擒获。通汉的儿子恐惧，带被抓住的哨兵到墙下，请求交换他的父亲。通汉是辛爱黄台吉妻子的义父，杨选想用他来牵制辛爱黄台吉，要他的儿子来做人质，才遣还他的父亲。从这时起通汉的几个儿子轮流作为人质，半年换一次。
杨选还自以为得计，向世宗皇帝的奏报自己的功劳，结果呢？辛爱和把都儿等人大举从墙子岭、磨刀峪毁墙入侵，京师戒严。杨选还上奏朝廷，请求赏赐，首辅徐阶当即就指出：“寇营尚在平谷，选等往通州矣，谓追杀者，妄也。”结果呢？
北虏逐渐向东，大肆抢掠三河、顺义，于郑官屯将将军傅津等人包围。杨选派副将胡镇偕同总兵官孙膑、游击赵溱率军援救，孙膑、赵溱战死，胡镇力战才得以逃脱。北虏在大明境内，京畿重地滞留八日，京师戒严十日之久，几乎重演庚戌之变。起初，谍报称敌寇准备窥探墙子岭，兵部檄文要求严阵以待，而朵颜三卫为敌寇引导的人欺骗杨选说敌寇开赴潘家口。杨选宁可相信北虏，也不相信兵部的判断，这样的蠢货，已经是不多见的。
挑起此次争端的是你杨选，结果搞出了这么大的乱子，嘉靖岂能容你，当年的王忬，也是如此，辛爱黄台吉挟持朵颜三卫为向导，准备西入，声言东侵。王忬于是引兵向东。敌军于是趁机由潘家口入，渡滦河向西，大掠遵化、迁安、蓟州、玉田，驻内地五日，京师大震。王忬被嘉靖处斩。
而考量王忬和杨选的罪责，王忬显然是要轻的，王忬最多只能够算失机，被北虏所欺骗，而且在受骗之后，王忬还是积极的采取了补救措施的，而且王忬在蓟辽，并非全然无功，之前北虏进犯清河，总兵官杨照防御，斩首八百余级。尔后，土蛮十万骑进攻界岭口，被副将马芳击退。次日，敌骑二百奔还，马芳及欧阳安俘斩四十级。
而嘉靖对于王忬的处分是什么：“诸将皆斩，主军令者顾得附轻典耶？”将王忬处斩，而杨选此次所犯下之罪远远比之王忬要重的多了，首先挑起事端是你杨选吧？若非杨选扣留通汉，也不会导致朵颜三卫再度和黄台吉相勾结，进而导致这次联合入寇，而杨选在处置此事上的种种骚操作，更是比王忬要严重的多了，而且他所造成的后果，也要比王忬严重的多，王忬滦河之败，北虏大掠遵化、迁安、蓟州、玉田，驻内地五日，虽然也导致了京师大震，但是并没有直接导致京师戒严，王忬后续还是采取措施，不让北虏惊扰到京师的。
而杨选呢？放任北虏大掠三河、顺义，围诸将傅津等于郑官屯。选遣副将胡镇偕总兵官孙膑、游击赵溱击之。膑、溱战殁，镇力战得脱。寇留内地八日不退。又二日，寇始北去，京师解严。在后续朝廷的追责过程中，杨选居然百般抵赖，嘉靖指示朱希孝以纵通汉勾贼罪将杨选下诏狱，在锦衣亲军的讯问中，杨选拒不认罪，甚至将责任推给了嘉靖，他只承认质通汉父子事，并且表示这事是嘉靖知道的，这是准备起衅的锅推给了嘉靖了，自然会遭到嘉靖的严惩了，而在这个时候，丘橓为了给自己的乡党脱罪，利用自己兵科都给事中的身份，窜连给事中们向嘉靖上疏。
丘橓的奏疏是怎么说的：“自庚戌以来，封疆之吏，人人自奋，选将也，练兵也，转饷也，修墙也，分区摆边也，条列事宜，及奏报功次也，未尝不仆仆然称劳也。然不务粉饰，不涉支吾者几人哉？他姑弗论。只如昨日河东数战，说者遂以为二百年来之所未有，则前此各边纷纷报捷，凡所谓官军奋勇血战，斩获首级，夺回达马夷器，大虏败遁出境，皆纸上之空言可知矣。”
为了解蓟门之围，宣大官军千里勤王，马芳等诸将风尘仆仆从宣大赶赴蓟辽，与蓟辽官军一起将北虏逐出边墙之外，京师才刚刚解围，在丘橓的口中就是纸上之虚言了，那什么不是虚言了呢？杨选的失机有功，马芳、江东的救援有罪是吧？
而就是丘橓为杨选上疏求情之前，给事中丘橓等因劾镗奸贪八罪，言应岐原拟未尽其辜。他才刚刚弹劾了原任浙江总兵卢镗，因为卢镗初在胡宗宪帐下用事，及宗宪败，卢镗已经不自安求去，而王应岐这个时候已经被充军发配了，丘橓仍然上疏，要求追论他们二人的罪过，这个时候，丘科长倒是嫉恶如仇了，连已经上疏求去和被充军的官员都不放过了，但是面对杨选这种犯下弥天大罪的乡党，反倒是竭尽全力的救援，真他妈的一个好清官啊！
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