李傕和郭汜这两个叛贼原本打算杀掉献帝，但张济和樊稠却劝阻他们说：“不可。如果现在就杀了他，恐怕会引起众人的反感。不如仍然尊奉他为主公，诱骗其他诸侯入关，先削弱他们的力量，然后再找机会杀他，这样天下就可以图谋了。”李傕和郭汜听从了他们的建议，于是暂时按下了杀机。
献帝在楼上宣布谕旨：“既然王允已经被杀，你们为什么还不退兵？”李傕和郭汜回答说：“我们为皇室立下了功劳，但还没有得到封赏，所以不敢轻易退兵。”献帝问：“你们想要封什么爵位？”于是李傕、郭汜、张济和樊稠四人各自写下了自己期望的职位，并强迫献帝接受。献帝无奈，只得封他们为将军和侯爵，让他们共同执掌朝政。其他如李蒙、王方等人，也都得到了校尉的职位。然后他们谢恩，领兵退出了长安城。
之后，他们又下令寻找董卓的尸体，只找到了一些零碎的皮骨。于是他们用香木雕刻成董卓的形体，进行了安葬。然而，在安葬的过程中，天降大雷雨，平地水深数尺，雷电劈开了棺材，将董卓的尸体提了出来。李傕等天晴后再葬，但当晚又发生了同样的事情。经过三次改葬，都未能成功，董卓的零皮碎骨最终被雷火消灭。可见上天对董卓的愤怒是多么强烈！
李傕和郭汜掌握了大权后，对百姓进行了残酷的统治，并密派心腹侍奉在献帝左右，监视他的一举一动。献帝此时处境艰难，朝廷官员都出于这两个叛贼的掌控之下。为了争取人心，他们特别宣召朱儁入朝，封他为太仆，共同执掌朝政。
一天，有人报告说西凉太守马腾和并州刺史韩遂率领十多万大军杀向长安，声称要讨伐叛贼。原来，马腾和韩遂曾先派人到长安与侍中马宇、谏议大夫种邵、左中郎将刘范三人密谋策划内应。三人秘密上奏献帝，封马腾为征西将军、韩遂为镇西将军，并各自接受了密诏，合力讨伐叛贼。
当李傕、郭汜、张济和樊稠得知两军即将到来时，他们共同商议御敌之策。谋士贾诩建议说：“两军远道而来，我们应该深挖沟壑、高筑堡垒，坚守不战。不出百日，他们的粮草就会耗尽，自然会撤退。然后我们再引兵追击，定能擒获马腾和韩遂。”但李蒙和王方却表示反对，他们认为应该主动出击，立即斩杀马腾和韩遂。贾诩警告他们说：“如果现在出战，必败无疑。”但李蒙和王方却坚持己见，并表示如果战败就甘愿受罚。于是贾诩建议让张济和樊稠屯兵在长安西二百里的盩厔山险峻之处坚守待敌，而让李蒙和王方带领一万五千人马去迎战马腾和韩遂的军队。
两军相遇后，马腾和韩遂率领西凉军摆开阵势与李蒙和王方对峙。马腾和韩遂大声辱骂李蒙和王方是反贼，并问谁敢去擒拿他们。话音刚落，只见一位面如冠玉、眼若流星的少年将军从阵中飞出，原来那就是马腾的儿子马超。他年仅十七岁但英勇无敌。王方见他年幼轻视于他跃马迎战但不到几个回合就被马超一枪刺于马下身亡。马超勒马便回李蒙见王方已死便骑马从马超背后赶来想要偷袭他但马超却假装不知道马腾在阵门下大喊提醒马超背后有人追赶但马超却将计就计等李蒙靠近时突然闪身躲过李蒙的一枪然后轻舒猿臂将李蒙生擒过去西凉军士见主将被擒纷纷望风而逃马腾和韩遂则乘势追杀大获全胜直逼隘口下寨并将李蒙斩首示众。
李傕和郭汜得知李蒙和王方都被马超所杀，才开始相信贾诩的先见之明，并重视他的计策。他们决定紧守关防，任由西凉军挑战，但并不出兵迎战。果然，不出两个月，西凉军因为粮草匮乏而商议撤军。然而，就在这时，长安城中的马宇家奴出卖了家主马宇以及刘范、种邵等人，揭露了他们与马腾、韩遂的外联内应计划。李傕和郭汜大怒，将这三家的老小全部斩首示众，并把三颗首级悬挂在城门前示众。马腾和韩遂见军粮已尽，内应又被泄露，只得拔寨撤军。李傕和郭汜命令张济率军追赶马腾，樊稠率军追赶韩遂，西凉军大败。马超在后面死战，成功击退了张济。然而，当樊稠即将追上韩遂时，韩遂利用同乡之情说服了樊稠放他走。
不幸的是，李傕的侄子李别看到了这一幕，并报告给了他的叔叔。李傕大怒，想要出兵讨伐樊稠。但贾诩建议设宴邀请张济和樊稠庆功，然后在席间擒获并斩杀樊稠，这样可以毫不费力地解决问题。李傕欣然同意，并设宴邀请了张济和樊稠。然而，在酒宴进行到一半时，李傕突然变色质问樊稠为何与韩遂勾结谋反。樊稠大惊失色，还未来得及回答，就被刀斧手拥出并斩首于案下。这一幕吓得张济俯伏在地，但李傕扶起他说：“樊稠谋反，所以我才杀了他。你是我的心腹，何必惊惧？”接着，他将樊稠的军队拨给张济管领。张济随后返回了弘农。
经过这一系列事件后，李傕和郭汜成功击败了西凉军，使得诸侯们无人敢与他们抗衡。贾诩多次劝说他们安抚百姓、结纳贤才，这使得朝廷逐渐恢复了生机。然而，就在这时，青州黄巾军又起，聚众数十万人，劫掠百姓。为了应对这一局势，太仆朱儁推荐了一个人，认为只有他才能平定这群贼寇。当被问及是何人时，朱儁回答说：“要破山东群贼，非曹孟德不可。”李傕和郭汜进一步询问曹孟德现在何处，朱儁告诉他们曹操现在是东郡太守，并拥有大量军队。如果命令他去讨伐贼寇，必定能够迅速取得胜利。于是李傕大喜过望，连夜草拟诏书派人送往东郡给曹操并命令他与济北相鲍信一同讨伐黄巾军。
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