为了进一步削弱阿拉伯商人在印度半岛的利益，达·伽马命令卡利卡特的统治者驱逐当地的阿拉伯人。随后，他在附近海域的一次战斗中击溃了一支阿拉伯船队，进一步巩固了葡萄牙在该地区的军事优势。
对于萨摩林来说，葡萄牙人的这次远征不仅仅是贸易和勒索，而是对当地权力结构的直接挑战。达·伽马在返回葡萄牙之前，留下了5艘战船在科钦和奎隆，这是近代欧洲人在亚洲地区建立的第一支常驻舰队。这些战船不仅保护了葡萄牙在科钦和奎隆的商站，还在贸易季节封锁红海，阻止穆斯林商船进入印度洋，从而独占香料贸易。
在整个过程中，军事行动虽然占据了重要位置，但外交和利益的考量才是达·伽马制胜的关键。他通过与当地盟友的合作，成功地打破了卡利卡特的垄断，为葡萄牙在印度洋的扩张奠定了坚实的基础。
1503年2月，达·伽马满载着从印度西南海岸掠夺来的大量价值昂贵的香料，率领13艘船只返回葡萄牙。同年10月，他顺利抵达里斯本。据说，这次航行带来的香料、丝绸、宝石等财富，其纯利润竟然超过了第二次航行总费用的60倍以上。达·伽马的这次远航不仅为葡萄牙带来了巨大的经济利益，也巩固了他在葡萄牙历史上的地位。
返回葡萄牙后，达·伽马买下了许多原本属于布拉干萨皇室的土地，成为了一位富有的贵族。然而，他在接下来的二十年里过着相对平静的生活，没有积极参与印度事务。这段时间内，葡萄牙皇室更倾向于支持阿方索·德·阿尔布克尔克等人参与印度事务，达·伽马并未受到宫廷的特别欢迎。
直到斐迪南·麦哲伦投靠西班牙后，达·伽马才重新引起了国王的注意。他向国王威胁说，如果得不到足够的重视，他也会效仿麦哲伦投靠西班牙。这一威胁最终促使国王重新考虑达·伽马的价值，避免将印度总督的职位落入西班牙手中。
五、因病去世
瓦斯科·达·伽马在完成第二次远航印度的使命后，不仅为葡萄牙带来了巨大的经济利益，也巩固了自己在国家中的地位。1519年12月29日，葡萄牙国王曼努埃尔一世签署了一项皇家法令，封达·伽马为维迪格拉伯爵一世。这项法令不仅授予达·伽马及其子孙众多特权，还使他成为葡萄牙历史上第一个没有王室血统的贵族。这一荣誉不仅是对他个人成就的认可，也是对他在印度洋贸易和海上霸权建立中所作贡献的高度肯定。
然而，曼努埃尔一世在1521年去世后，他的儿子若昂三世继承了王位。若昂三世上任后，开始重整葡萄牙的海上霸权，达·伽马成为新国王的重要顾问，为新国王提供意见和策略。面对西班牙对摩鹿加群岛的威胁，达·伽马主张将重心放在印度，而不是像曼努埃尔一世那样专注于阿拉伯。他认为，印度的潜力更大，战略意义更为重要。
当时的印度总督杜阿尔特·德·梅内塞斯（Duarte de Menezes）因无能和腐败引发了多方不满。若昂三世决定用达·伽马替代梅内塞斯，希望凭借达·伽马的名声和过往成就，能够在葡属印度建立权威，改革当地政府，并制定新的策略。1524年，若昂三世正式任命达·伽马为印度总督，这是继1505年弗朗西斯科·德·阿尔梅达（Francisco de Almeida）之后，第二个获此殊荣的人。此外，达·伽马的第二个儿子埃斯特万（Estêv?o）被任命为印度海军指挥官，取代梅内塞斯的兄弟。若昂三世还承诺，达·伽马的几个儿子可以先后担任葡萄牙麻六甲舰队的队长。
1524年，达·伽马以“武力至上的问题调停者”的身份前往印度，意图替换无能的梅内塞斯并巩固葡萄牙在印度的统治。他派遣了更多的军舰到东非和西印度，以加强葡萄牙在这些地区的控制。然而，命运弄人，达·伽马在抵达印度果阿不久后，不幸感染了疟疾。12月，他在卡利卡特病逝。达·伽马的遗体被火化后，安葬在印度柯钦的圣法兰西斯教堂。
达·伽马的去世对葡萄牙在印度的事务产生了重大影响。他的去世不仅意味着失去了一位经验丰富的领导人，也使得葡萄牙在印度的改革计划暂时停滞。尽管如此，达·伽马的遗产仍然影响深远。1539年，他的遗体被运回葡萄牙，重新安葬在维迪格拉（Vidigueira），以表彰他对葡萄牙的杰出贡献。
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