同治十年（1871年），越南边境再次发生战乱，影响到了越南向清朝进贡的正常流程。冯子材又一次被委以重任，率军出境平叛，确保了贡道的畅通。同年，他顺利完成任务，返回国内。
随着时间推移，冯子材在光绪元年（1875年）被任命为贵州提督，负责西南地区的军事防务。然而，他的军事生涯并未因此而平静下来。光绪四年（1878年），冯子材的旧部李扬才因为个人失意，率军进入越南，意图恢复越南李朝的统治。冯子材奉命率军前往越南，平定了李扬才的叛乱，并将其生擒。但在这一过程中，冯子材揭露了候补道赵沃等人在新街之战中的不实行为，引起了两广总督刘坤一的不满。刘坤一为了保护与自己关系密切的赵沃，导致冯子材最终被排挤出权力中心。
冯子材在光绪七年（1881年）重返广西任职，但仅一年后，即光绪八年（1882年），他因病请求退休，回到了家乡。
四、镇南大捷
光绪十一年（1885年），中法战争期间，冯子材被清廷委以重任，辅助处理广西边境外的军事事务。此时的冯子材已经是一位年届古稀的老将，但他依然精神矍铄，斗志昂扬。在得到清廷命令后，冯子材迅速投入到了紧张的备战状态。
当法军焚烧镇南关（今友谊关）后退兵时，冯子材意识到龙州正处于危险之中。他认为镇南关前的隘口地形险要，适合设防。于是，他命令部队修筑长墙，并亲自率军扼守，同时派遣王孝祺的 勤 军 驻扎在后方作为支援。法军声称将在某一特定日期进攻，冯子材凭借丰富的作战经验判断敌军可能会提前行动，因此决定采取先发制人的策略。
在广西巡抚潘鼎新的反对和其他将领的犹豫态度下，冯子材力排众议，坚持出击。他亲自率领勤军夜袭文渊，逼近敌人的堡垒，取得了初步胜利。法军随后发动了大规模进攻，兵分三路，试图突破清军防线。冯子材激励士气，鼓舞将士们誓死守卫国土，坚决不让法军越过镇南关一步。
战斗中，法军火力凶猛，炮火连天，但清军在冯子材的指挥下，坚守阵地，顽强抵抗。经过激烈交锋，法军逐渐退却。在接下来的日子里，法军再次发起进攻，冯子材居中指挥，各路将领各司其职，共同抵御法军的攻势。在关键时刻，冯子材身先士卒，亲自持矛冲锋，鼓舞了士气。在他的带领下，清军奋勇作战，最终取得了胜利，追击敌人至关外二十里。
战后，冯子材率部攻克文渊，进而收复谅城、长庆等地，俘获并斩杀了多名法军士兵。越南人民得知冯子材的到来，纷纷前来欢迎，并积极支持清军作战，为他们提供粮食和向导服务。在越南民众的帮助下，冯子材进一步稳固了战线，并准备进一步进军北圻地区。
正当冯子材准备进一步行动之际，清廷下达了停战诏书。冯子材心有不甘，但仍服从命令，率军班师回国。当他离开越南时，无数越南民众夹道哭泣，表达了对这位英雄的不舍之情。冯子材也为之动容，不禁泪流满面。回到国内，他受到了军民的热烈欢迎，沿途百姓纷纷跪迎，场面感人至深。
冯子材从越南撤军回国后，被清廷任命为钦廉一带的防务督办，并协同办理广西军务。此外，他还被授予了太子少保的荣誉称号，世职也被提升为三等轻车都尉。
五、扶病远征
光绪十三年（1886年），冯子材在经历了镇南关大捷后的短暂休整期后，又面临着新的挑战。这一年，他被委派率军前往琼州（今海南岛），负责平定当地的黎族起义。冯子材凭借其丰富的经验和高超的指挥能力，迅速平息了这场动乱，为此，清廷特地下诏对他进行了表彰。然而，尽管获得了嘉奖，冯子材的身体状况已经开始出现了一些问题，因此在随后被调任云南提督时，他以健康不佳为由并未立即赴任。
到了光绪二十年（1894年），冯子材的地位得到了进一步提升，清廷加授他尚书衔。同年，中日甲午战争爆发，冯子材再次被征召，负责召集旧部驻守镇江，随时准备应对战局变化。随着《马关条约》的签订，中日战争告一段落，冯子材也随之撤离江南。
光绪二十二年（1896年），中英两国围绕片马地区的边界争议日益加剧，冯子材被任命为云南提督，前往该地处理边境事务，稳定了当地的局势。这段时间，冯子材不仅需要处理军事上的事务，还要兼顾地方治理，确保云南地区的安宁。
到了光绪二十六年（1900年），冯子材正在为加强省内的防务做准备，此时正值义和团运动爆发，北方局势动荡不安。冯子材上书朝廷，表示愿意率部入京勤王，但清廷考虑到实际情况，并未批准他的请求，只是对其忠勇之举给予了高度评价。
光绪二十七年（1901年），冯子材再次被调动，这次他被任命为贵州提督。然而，年迈的冯子材健康状况每况愈下，终于在光绪二十八年（1902年），因身体原因被免去了职务。
就在冯子材即将退出历史舞台之际，光绪二十九年（1903年），广西钦廉一带的会党活动频繁，两广总督岑春煊请冯子材出山管理团防。冯子材虽已年届八旬，但仍怀揣报国之心，立即着手招募并训练军队，准备再次为国效力。然而，正当他与两个儿子准备踏上战场之时，却突然病重，不久便离开了人世，享年八十六岁。
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