会议当天，众臣因慈禧前后不一的态度而困惑，无法达成一致意见。醇郡王奕譞急忙从东陵赶回北京，上疏为奕?求情，请求慈禧宽恕他过去的错误，给他改正的机会。慈禧将此奏折也发交王大臣会议。会议中，倭仁起草了一份否定奕譞意见的疏稿，但肃亲王隆懃等人支持奕譞，导致倭仁不得不多次修改疏稿。最终，军机大臣支持倭仁的意见，而礼亲王世铎及其他王公大臣则支持肃王的意见。
由于群臣意见分歧严重，慈禧意识到如果不妥善处理，不仅会遭到内部反对，还可能引起外国干涉。因此，她在三月十六日发布上谕，部分恢复了奕?的职务，但仍不允许他进入军机处。然而，群臣仍对此不满，慈禧只好在四月十四日允许奕?重新担任军机大臣，但议政王的名号不再恢复。
这一事件不仅削弱了奕?的权力，还加深了慈禧与其他朝臣之间的裂痕。慈禧在处理政务时，常常依赖太监传达信息，其中最着名的便是安德海。同治八年（1869年），安德海违反祖制擅自出宫游玩，并在山东被巡抚丁宝桢扣留。慈禧对此惊慌失措，而慈安则召集奕?等人商议，决定将其就地正法。慈禧虽对此不满，但迫于舆论压力，未敢公开反对。
同治十一年（1872年），同治帝已届十七岁，需要册立皇后。慈安倾向于户部尚书崇绮之女，而慈禧则坚持立员外郎凤秀之女为后。最终，同治帝选择了慈安的意见，立崇绮之女阿鲁特氏为后，选凤秀之女为慧妃。慈禧对此十分不满，并在婚后干预同治帝的生活，令其疏远皇后。这种干预使同治帝十分苦恼，也进一步加剧了慈禧与慈安之间的矛盾。
撤帘与二次垂帘
同治十二年正月二十六日（1873年2月23日），十八岁的同治帝正式亲政，两宫太后撤帘归政，将政权交还给年轻的皇帝。然而，同治帝亲政后依然难以完全摆脱慈禧的影响。慈禧为了享受奢华生活，授意同治帝修缮圆明园，以便她可以搬出紫禁城居住。同治帝也希望借此机会让慈禧远离皇宫，减少她对朝政的干预。然而，当时财政紧张，圆明园在第二次鸦片战争中被英法联军焚毁，修复工作需要巨额资金，同治帝的这一计划引起了包括奕?在内的许多王公大臣的强烈反对。
尽管如此，同治帝依然坚持动工修复圆明园。然而，随着圆明园工程监督李光昭的贪污丑闻曝光，同治帝被迫考虑停止修复工程，改为修缮三海。即便如此，同治帝依然表示，停止工程需要获得慈禧的同意。从七月中旬开始，围绕园工问题，以奕?为首的内外重臣与同治帝发生了多次争执，使得同治帝对奕?等人的反感日益加深。同治帝甚至一度想要斥责奕?，并打算革职包括奕?在内的多位军机大臣，同时准备召集六部官员宣布这一决定。慈安与慈禧闻讯后，急忙前往弘德殿，流泪安慰奕?，并撤销了这一荒唐的上谕。
同治帝的反复无常和对国政的轻率处理，使慈禧在背后负有很大的责任。慈禧对同治帝的干预并未停止，这不仅影响了同治帝的执政能力，也让朝臣们感到不安。
到了同治十三年（1874年）十一月，同治帝不幸染病，御医诊断其病情为天花。在慈禧的授意下，所有内外各衙门的陈奏事件，又开始由她亲自批览裁定。十二月初五日（1875年1月12日）酉时，同治帝在养心殿东暖阁去世。戌时，慈安与慈禧在养心殿西暖阁召见了奕誴、奕?、奕譞、李鸿藻、徐桐、翁同龢等二十余位王公大臣。
在此次会议上，慈禧首先发问：“此后垂帘如何？”一位军机大臣回答：“宗社为重，请择贤而立，然后恳乞垂帘。”慈禧则表示：“文宗（咸丰帝）无次子，今遭此变，若承嗣年长者，实不愿，须幼者乃可教育。现在一语即定，永无更移，我二人同心，汝等敬听。”慈禧选定的人选是奕譞的儿子、年仅四岁的载湉，他同时也是慈禧与咸丰帝的侄子。这一违背祖制的决定令在场的王公大臣感到震惊，奕譞更是惊恐万分，碰头痛哭，昏迷伏地。最终，诸臣遵命退至军机处拟旨。
慈禧随即派遣御前大臣及孚郡王奕譓等人带暖舆前往宣武门外太平湖醇亲王府迎接载湉。次日凌晨，载湉被迎入乾清门，至养心殿谒见两宫皇太后，并以继承文宗显皇帝为子的名义入承大统为嗣皇帝，年号光绪，即光绪帝。慈安与慈禧再一次开始了垂帘听政的时代。
四、大权独揽
光绪帝登基后，慈禧意图有所作为。一方面，她努力笼络内外重臣，通过赏赐珍稀物品和给予优待来换取他们的效忠和支持；另一方面，她发布谕旨，要求各地督抚勤勉节约，忠诚于职守，并强调吏治的重要性，以稳固民心。然而，边境危机的加剧和宫廷内部的权力斗争使得慈禧不堪重负，最终在光绪六年（1880年）至光绪七年（1881年）初患上了严重的痢疾。在这段时间内，慈禧无法处理政事，朝政主要由慈安一人负责。
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