四、甲午主战
光绪二十年（1894年），翁同龢作为户部尚书，面临着前所未有的挑战。这一年，恰逢慈禧太后六十大寿，筹备庆典的任务落在了他的肩上。然而，清朝财政已经捉襟见肘，翁同龢不得不面对内务府频繁索款的压力。他感到十分为难，甚至产生了辞职的想法，但考虑到对光绪帝的忠诚与责任，最终选择了继续留任。
同年春天，朝鲜爆发了东学党起义，朝鲜政府请求中国出兵援助。日本趁机也派遣军队进入朝鲜，使得朝鲜半岛的局势变得异常紧张。六月十三日，总理各国事务大臣奕匡建议光绪帝召集资深大臣商讨对策，翁同龢被选为其中之一，与李鸿章及其他军机处和总理衙门的大臣一起会商朝鲜问题。
在朝鲜问题上，翁同龢主张强硬立场，认为应该尽快筹备战争，以应对日本的军事威胁。他建议调动东北和旅顺的兵力前往朝鲜，对抗日本军队。六月二十日，李鸿章请求俄国驻华公使喀希尼从中调停，翁同龢则代拟电旨，指示李鸿章不应完全依赖俄国。他还推荐了刘永福、杨岐珍前往台湾戍守，并要求袁世凯前来京城报告朝鲜情况，这些提议均得到了光绪帝的认可。
随着局势的发展，中日正式宣战。然而，清军在平壤之战中遭受惨败。翁同龢在军机会议上与李鸿藻激烈争论，指责李鸿章在处理朝鲜问题上的失误，并请求光绪帝对其进行处罚。光绪帝最终听取了翁同龢的意见，剥夺了李鸿章的部分荣誉。
在后续的外交与军事行动中，翁同龢继续坚持强硬立场。他主张加强前线作战力量，并提出向湖南巡抚吴大澄征召湘军赴前线作战，同时建议重新启用恭亲王奕欣。慈禧太后同意了他的建议，并单独召见他，命令他前往天津传达旨意，要求李鸿章与俄国继续协商。翁同龢在天津严厉批评了李鸿章的失误，并传达了慈禧太后的旨意。
九月十六日，英国介入调停，建议中国向日本赔款议和。对此，翁同龢与李鸿藻坚决反对，他们主张应当继续增派援军，鼓励前线将士，并加强海军力量。翁同龢的意见得到了慈禧太后的支持。此外，他还提出了向英国商人借贷以及聘请德国军官汉纳根训练新军的计划，尽管遇到了一些反对声音，但最终促成了胡燏棻在天津马厂编练“定武军”。
随着战事的进一步恶化，清廷成立了督办军务处，翁同龢被任命为会办军务大臣。在与英使欧格讷关于赫德管理中国军队的提议上，翁同龢表达了强烈的反对态度，他认为这将导致中国丧失过多主权。
随着北洋水师的全军覆没，清廷被迫派遣李鸿章前往日本议和。翁同龢坚决反对割让台湾，并在李鸿章赴日前拜访他时明确表示台湾“万无议及之理”。然而，当李鸿章带回包括割让台湾在内的议和条款时，翁同龢悲愤交加，但在光绪帝面前仍极力主张“台不可弃”。尽管如此，最终光绪帝只能接受现实，允许李鸿章签订《马关条约》。
条约签订后，翁同龢继续承担着筹集资金以支付巨额赔款的任务，多次与外国商人交涉借款。
五、开缺回籍
甲午战争后，翁同龢在对外交涉中的角色日益突出。光绪二十一年（1895年）闰五月十六日，他被任命为总理衙门大臣，兼管同文馆事务。同年六月初九日，李鸿章留京入阁办事，而翁同龢则继续在外交事务中发挥作用。十月初一日，胡燏棻调任津榆铁路督办后，翁同龢与李鸿藻联名保举袁世凯办理练兵事宜，并从户部拨款支持袁世凯的小站练兵。
到了光绪二十二年（1896年），慈禧太后下令裁 撤 汉 书 房，翁同龢结束了作为光绪帝师傅长达二十多年的生涯。同年，李鸿章出使俄国并与俄国签订了《中俄密约》。翁同龢奉旨与张荫桓一起参与了相关文件的讨论，但他对这一条约持消极态度。在此期间，翁同龢还努力阻止列强对中国权益的侵犯，比如反对法国费务琳公司修建龙州铁路，反对容闳提出的借美国款项筹建中国银行的建议。同时，他也支持盛宣怀创办中国通商银行和修建卢汉铁路，并从户部拨款支持。
光绪二十三年（1897年）八月十五日，翁同龢被任命为协办大学士，但仍兼任户部尚书。这一年，德国借口山东曹州教案入侵胶州湾，翁同龢与张荫桓奉旨办理对德交涉。在与德国驻华公使海靖的多次交涉中，翁同龢坚持要求德国先撤军再谈判，并将教案与撤军分开处理。然而，德国方面并不接受这一方案，甚至以撤旗回国和开战相威胁。翁同龢对此感到非常愤怒，最终光绪帝劝他继续与海靖交涉，但他表示强烈反对，甚至在光绪帝面前表达了自己的不满情绪。尽管如此，他仍然未能改变局势。
光绪二十四年（1898年），詹事府右中允黄思永提议开办昭信股票，筹集对日偿款。翁同龢代表户部复议，并亲自拟定了股票章程，但最终筹集的资金远不及所需。同年正月十三日，光绪帝索阅黄遵宪的《日本国志》，翁同龢的回答未能满足光绪帝的要求。光绪帝还准备允许外国公使觐见时乘坐车辆进入禁门，翁同龢则认为不合礼仪，结果再次遭到光绪帝的批评。
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