随后不久，彭玉麟与杨岳斌共同指挥水师再次向岳州发起了进攻。面对太平军坚固防守的南津要塞，两人巧妙地利用地形优势设下埋伏：彭玉麟隐藏于君山附近，而杨岳斌则潜伏在雷公湖区域。通过派出小艇诱使敌方舰队出击，当太平军船只进入预定范围时，两边伏兵同时发动袭击，一举摧毁了超过一百艘敌舰，并多次击退了对方的反击尝试。接着，他们又针对擂鼓台进行了突击行动，尽管面临数量上的巨大劣势，彭玉麟与杨岳斌依然勇敢地驾驶着轻快的小船深入敌阵焚烧敌舰，迫使其分心救援从而赢得了宝贵的战机。不过，在接下来的战斗中，由于过于自信，广东水师总兵陈辉龙等人不慎落入敌人圈套，导致自身及多位重要将领如褚汝航、夏銮牺牲。关键时刻，又是彭玉麟与杨岳斌挺身而出试图挽救局势，虽然未能扭转败局但也展现了非凡勇气。从此以后，湘军水战几乎完全依赖于这两位杰出将领。
四、血战湖北
咸丰四年（1854年）八月，随着湘军陆军在多场战役中取得胜利，水师也随同陆上部队进发。湘军驻扎于沌口，准备攻打武昌。彭玉麟与各军将领共同商议后，决定首先渡过长江，清除武昌城外的太平军据点。当时，沿江的太平军从塘角至青山一线布置了防线，并使用岸炮轰击湘军水师。然而，湘军水师保持良好的纪律和阵型，稳步前进。面对如此有组织的攻势，沿岸的太平军开始向东撤退。最终，武昌和汉阳同时被湘军攻占。战后，由于其卓越贡献，彭玉麟获得了升迁，被授予同知之职。
当太平军放弃武昌、汉阳后，东王杨秀清命令燕王秦日纲加强田家镇的防御。这里位于武昌与黄石之间的长江北岸，是通往安徽的重要门户，地理位置极其重要。秦日纲依据有利地形，采取“连舟断江”的策略，在江面上设置了铁索相连的障碍物，并在后面部署了装有大炮的竹木筏以及辎重，使得整个防御体系看起来犹如一座坚固的城市。
十月十二日，彭玉麟、杨岳斌与塔齐布、罗泽南等将领在距离田家镇不远的地方商讨破敌之策。当晚，他们制定了详细的作战计划，将水师分为四个部分：第一队负责切断铁链；第二队攻击敌方炮船以掩护第一队；第三队待铁链被切断后立即冲锋，焚烧敌舰；第四队则留守老营防止敌人反扑。次日清晨，战斗正式打响。孙昌凯等人驾驶快艇直冲向横跨江面的铁链，用斧头砍断固定铁链的挂钩，并点燃炉火将铁链烧红后予以斩断。与此同时，彭玉麟指挥舢板小船猛烈攻击敌方炮船，为孙昌凯等人的行动提供掩护。铁链一旦被切断，杨岳斌即率部顺流而下，直至武穴，然后放火烧毁沿途遇到的所有太平军船只。得益于适时刮起的东南风，大火迅速蔓延开来，共摧毁了四千余艘敌舰，并俘获五百余艘。为了避免士兵因贪图战利品而涣散军心，彭玉麟下令焚毁所有缴获的船只。随后一天，太平军自焚营地，撤离田家镇，向东退往黄梅。湘军趁势追击，彭玉麟所部甚至推进到了九江府附近的江面。此次胜利使湘军水师声名远扬，清廷赐予彭玉麟巴图鲁称号，并要求各地水军学习其战术。
进入咸丰五年（1855年），为了阻止湘军继续向东挺进，太平天国加强了石钟山、湖口及九江等地的防守力量。翼王石达开亲自坐镇湖口指挥，罗大纲守卫对岸的梅家洲，林启容则坚守九江，三地互为犄角之势。曾国藩率领一万五千余人围攻九江，但进展缓慢，伤亡惨重。与此同时，彭玉麟带领水师参与其中，虽在小池口和湖口取得了一些局部胜利，却未能改变整体局势。一次夜间突袭导致曾国藩所在的帅船被毁，给湘军带来了重大损失。鉴于直接攻克九江难度极大，曾国藩转而尝试攻取梅家洲和湖口。期间，萧捷三受命率领一百二十多艘小型战船试图通过长江进入鄱阳湖消灭太平军水营，结果不幸被封锁，与外界隔绝。失去这些灵活机动的小船支持后，湘军的大船变得极为脆弱，多次遭到夜袭，遭受严重破坏。无奈之下，曾国藩只得下令撤退。彭玉麟虽然尽力救援，但最终只能跟随残余部队返回武汉。自此，湘军水师被迫分裂为内湖和外江两个独立的部分。
不久之后，曾国藩指示彭玉麟带领尚存的七十多艘较为完好的战船前往沔阳州新堤进行修整。就在这个时候，武昌、汉阳再次落入太平军手中。彭玉麟随即在当地招募新兵并建造船只，逐渐恢复了外江水师的力量，使其人数达到了三千左右，由他和杨岳斌共同指挥。同年七月，应湖北巡抚胡林翼之邀，彭玉麟带领部队从金口出发，先是攻克蔡店及其周边地区，接着又成功占领了汉阳，并在此过程中俘虏了多名太平军高级将领。随后，他还接连夺取了五显庙、晴川阁等地，并在叶家洲焚烧了两百余艘敌船，进一步巩固了湘军在该区域的优势地位。
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