十月二十七日（夏历十月十三日），清军水师全力进攻，首先切断了铁索，然后攻击炮船，最后闯入下游焚烧太平军的运输船只。当晚，秦日纲率部撤退至黄梅县城及九江对岸的小池口等地，指挥罗大纲、林启容、陈玉成等将领扼守要塞，阻止了敌人的进一步推进。
次年正月，石达开来援，太平军在九江大败清军水师，并重新夺回了武昌和汉阳。然而，由于在半壁山和田家镇的失守，秦日纲被革去了王爵，改为顶天燕。尽管名义上失去了王位，但秦日纲并未真正沦为奴隶，而是在乙荣五年（1855年）正月暂时挂上“奴”的头衔继续处理政务。同年八月十七日，秦日纲洗脱了“奴”的称号，被重新封为“顶天燕”，恢复了仅次于五王的高位。
五、解围天京
丙辰六年（1856年）二月，镇江的局势危急，太平军面临着清军的重重围困。在这个关键时刻，秦日纲接到了紧急命令，率领丞相陈玉成、李秀成、涂镇兴、陈仕章、周胜坤等军队前往解救镇江。二月十一日夜（夏历二月十二日夜），秦日纲率军突破了清军的封锁线，与镇江守军会合，极大地鼓舞了士气。
二月二十六日夜（夏历二月十七日夜），秦日纲指挥军队渡过瓜洲，并于次日黎明发起攻势，迅速攻破了清军钦差大臣托明阿的马营。接着，太平军一鼓作气，接连攻破了虹桥、朴树湾、三汊河等多个清军营地，迫使清军节节败退。二十九日（夏历三月初一日），秦日纲率领的太平军顺利进入扬州城。这是太平天国第二次攻克扬州，彰显了秦日纲的军事才能。
然而，考虑到太平天国的整体战略布局，需要集中兵力对付江南大营及在江西、湖北的军事行动，秦日纲在进入扬州后，迅速采购了当地的粮食并将其运回镇江。三月十一日（夏历三月十三日），秦日纲率军撤出扬州，留下部分兵力驻守瓜洲，作为镇江的屏障，以牵制江北的清军。
高资是太平军运送粮食的重要通道，清军意图夺取此地，分兵在此扎营。四月二十日（夏历四月二十四日），秦日纲亲自督军进攻高资的清军营地。二十四日（夏历四月二十八日），清江苏巡抚吉尔杭阿从九华山率军前来救援，但被秦日纲的军队逼入高资山区。当天夜里，吉尔杭阿企图逃跑，但最终被逼入高资营内。秦日纲随即对敌营进行了包围，切断了其与外界的联系。
二十五日（夏历四月二十九日）清晨，走投无路的吉尔杭阿选择了自杀。当天晚上，失去指挥的清军士气低落，纷纷弃营而逃。太平军趁机占领了高资敌营，取得了又一场胜利。
二十七日（夏历五月初一日），秦日纲继续率军进攻九华山的清军大营。九华山上有七八十个清军营地，得知主帅自杀的消息后，这些营地的守军也相继溃散。秦日纲在击破吉尔杭阿的部队后，清军江南大营派遣张国梁前来救援，并在丹徒镇驻扎。秦日纲指挥军队迎击张国梁，再次取得大捷。
五月初七日（夏历五月十一日），秦日纲率领胜利归来的部队凯旋回京，与石达开会师。十三日（夏历五月十七日），秦日纲和石达开联手，一举打破了清朝江南大营的围困。清军在遭受重创后，被迫撤退至丹阳，天京的危机终于解除。
六、处死爵除
1856年七月，太平天国发生内讧。北王韦昌辉与翼王石达开受天王洪秀全密令，乘夜带兵入城诛杀东王杨秀清，因其对同僚日纲（此处或指某将领，具体姓名不详，因原文“日纲”非历史人名）等多有威迫。杨秀清死后，韦昌辉滥杀无辜，引起众怒。石达开愤而出走，日纲则奉命追击至西梁山。
此时，京外太平军纷纷起而声讨韦昌辉，石达开亦集结大军。日纲见势不妙，转而攻击清军，试图挽回局势。然而，天王洪秀全最终诛杀韦昌辉，并逮捕日纲回京。十月二十二日（夏历十一月初一日），日纲在天京被处死，其爵位亦被剥夺。
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