一、会剿湖北教匪
嘉庆元年（1796年），正值白莲教起义在湖北等地风起云涌之际，朝廷下令恒瑞率领三千驻防兵，与都统永保共同会剿湖北境内的教匪。三月，恒瑞与总兵文图合力，在竹山地区重创了叛军。随着永保的到来，两军汇合后，由房县出发，向叛军展开了更加猛烈的攻势。与此同时，文图则负责清剿三里坪、喇叭洞一带的残余叛军力量，确保了这些区域的安全。
恒瑞则率部追击逃窜的叛军至保康，但由于种种原因，并未能给予叛军致命打击。此时，叛军头目姚之富占据襄阳，其势力已经达到了鼎盛时期，严重威胁到了当地的治安和社会稳定。鉴于此，朝廷命令恒瑞全力进剿姚之富及其部众。
五月，恒瑞与明亮合作，军队推进到了吕堰地区。在此期间，他们连续在岳家沟、刘家集等地与叛军交战，共擒获并斩杀了两千余名叛军。随后，叛军包围了枣阳，恒瑞设下埋伏，在王家冈引诱叛军进入伏击圈，并一举击败了敌人。紧接着，在蒋家垱、曲家湾两地，恒瑞再次重创叛军，从而解除了枣阳的危机。
然而，狡猾的叛军假装投降，试图从背后偷袭官军。恒瑞立即调整战术，将后方部队调至前方，有效地击退了叛军的进攻。随后，叛军逃往丫儿山，与驻扎在张家垱的叛军相互呼应，形成犄角之势。面对这一局面，恒瑞组织了一昼夜的激战，最终突破了叛军的防线，攻破了十多个敌营，大量消灭了叛军，因此受到了朝廷的表彰。
到了七月，恒瑞在随州龙门山再次击败叛军，并与永保联手攻打钟祥的叛军巢穴。连续攻克了邓家河、黑沙河、双沟等地，迫使叛军分散逃窜。叛军一部分逃向了唐县、吕堰，恒瑞穷追不舍，追至滹沱镇时，叛军又逃往了仓台。不久后，姚之富越过滚河，包围了邓州的景安。面对这一情况，朝廷严厉斥责了各路将领的怠慢，并逮捕了永保，同时要求恒瑞戴罪立功，以挽回局势。
二、西北破贼
嘉庆二年（1797年），恒瑞被派往西北，与惠龄等将领共同镇压襄阳地区的叛军。正月，恒瑞与惠龄联合行动，成功捕获了叛军首领刘起荣。随后，他又与庆成在郑家河击败叛军，并抓获了叛军头目李潮。在泰山寺和龙凤沟的战斗中，恒瑞再次取得胜利，捉拿了叛军首领姚爽等多人。由于这一系列的胜利，朝廷赐予了他花翎以示奖励。
然而，叛军并未因此完全溃败，反而分散逃窜。部分叛军由河南进入陕西，恒瑞紧随其后，追击至山阳。在那里，他遇到了叛军首领王廷诏和李全，并将其击退。到了五月，恒瑞继续追击叛军至陕南，并在黄龙垱与惠龄联手发动夹击，歼灭了三千多名叛军。但是，王廷诏和李全再次与其他叛军头目姚之富汇合，共同向紫阳方向移动，并成功渡过了汉江。由于恒瑞未能有效阻止叛军的转移，他被剥夺了此前获得的花翎。
随着叛军的进一步扩散，他们开始分路进入四川。其中，王廷诏等人窜入了开县、云阳和万县，威胁到了夔州，并与大宁的叛军形成了呼应之势。恒瑞率军追赶，连续击败了叛军，迫使他们逃向太平地区。
到了八月，当阳一带的逃逸叛军开始掠夺白河和洵阳地区。为了遏制叛军的活动，朝廷命令恒瑞迅速前往兴安进行阻截。在兴安，恒瑞与庆成在张家滩对叛军发起了攻击，并通过牛泛岭绕到了叛军前面，夺取了叛军的九个营地。王廷诏等人逃往紫阳，恒瑞与惠龄再次联手，成功击退了叛军。随后，恒瑞率领军队返回汉中，先后在西乡和褒城黄沙铺击败了叛军。
十一月，叛军首领姚之富等人向西逃跑，意图渡过汉江，向北逃窜。叛军的行踪转向宁、沔地区。在此期间，恒瑞的军队在桑树湾与叛军首领高均德遭遇。恒瑞制定了一个四面包围的计划，并且命令撒拉尔回兵，伪装成乡勇，诱使叛军进入陷阱。随后，恒瑞亲自率领部队从山梁上冲下，庆成等将领则从不同方向发起夹击，造成了大量叛军伤亡。捷报传回朝廷后，恒瑞得到了丰厚的奖励。
十二月，恒瑞在保宁击败了王廷诏，并进一步解除了营山的围困。
三、扼西南贼势蔓延
嘉庆三年（1798年），四川地区的叛军活动日益猖獗，其中叛军首领罗其清率部侵犯了顺庆地区。面对这一紧急情况，恒瑞与庆成迅速前往支援。然而，由于叛军的力量逐渐扩大，恒瑞意识到仅凭自己的部队难以彻底解决这一问题，于是请求勒保和宜绵派遣军队前来协助共同镇压叛军。
叛军并没有停止他们的行动，他们窜入了蓬州，并与当地的一位名叫冉文俦的人物勾结起来，开始骚扰仪陇地区。为了防止叛军进一步扩散，恒瑞采取了果断措施，扼守住了磨盘寨，与惠龄等将领联手对叛军进行了围剿。在恒瑞的指挥下，冉文俦被击败，被迫撤退。不久之后，陕西的叛军龙绍周也加入了冉文俦的行列，但在杨家寨的战斗中，恒瑞再次取得了胜利。
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